Największe zbiory archiwaliów dotyczących przeszłości Zamościa znajdują się w zamojskim i lubelskim archiwum państwowym.
Archiwum Państwowe w Zamościu - Akta miasta Zamościa 1810-1958 (ok. 3200 jednostek), w tym dot. kasy, funduszy i finansów 1819-1917 i 1945, ludności 1863-1948, wyborów i posiedzeń 1883-1940, a także budżetu i podatków, szkolnictwa, przemysłu i opieki społecznej 1945-50 oraz Akta MRN 1950-58 (750 j.).
Ponadto w dużej części spraw Zamościa dotyczą akta PRN i Starostwa 1950-58 (ok 2 tys. j.), PPRN 1950-74 (ok. 5 tys. j.), miejscowych instytucji skarbowych i ziemskich 1937-48, geodezyjnych 1838-1918 (łącznie ok. 250 j.), wymiaru sprawiedliwości, jak Zjazd Sędziów Pokoju, Sąd Okręgowy, Prokuratura 1867-1950 (ok. 6 tys. j.), hipotecznych 1926-67 (ok. 500 j.), notarialnych 1810-1940 (330 j.), szkolnych 1916-59 (ok. 900 j.), gospodarczych 1924-62 (2200 j.). 
Głównie Zamościa dotyczy zawartość zbioru afiszów i plakatów (ok. 2 tys.). fotografii (14 tys.) oraz akt osób i rodzin (ok. 80 osób).
Archiwum Państwowe w Lublinie - zespół zamojskich ksiąg miejskich: m.in. akta wójtowskie i akta radzieckie od końca XVII w. (Księgi miejskie w Archiwum Lubelskim). Bogatego materiału dostarczają również zespoły akt: Archiwum Ordynacji Zamojskiej 1581-1821 (m.in. dot. budowy miasta, spraw gospodarczych, inwentarz miasta z 1821). Z okresu staropolskiego pochodzą akta Kolegiaty Zamojskiej 1590-1945 (m.in. protokóły posiedzeń, korespondencja) oraz Księgi Sądów Grodzkich (w szczebrzeskich m.in. wyroki sądu Ultima Institutiae Zamku Zamojskiego z 1633-65 i 1715-49), Księgi grodzkie i ziemskie krasnostawskie XVII-XVIII w.
 - XIX w. i pocz. XX w. - akta Naczelnika powiatu zamojskiego 1842-66, Zamojskiego zarządu powiat. 1867-1916 (378 j.a.), oraz Rządu Gubernialnego Lubelskiego 1816-1917 (gł. wydziału administracyjnego), Komisji Wojew. Lubelskiego 1816-66 (6 j.a.) i Urzędu Skarbowego 1821-67 a także akta związane z przynależnością Zamościa do guberni chełmskiej 1912-15 (gł. rządu gubernialnego, 25 j.a., urząd akcyzy 3 j.a., Izba skarbowa 1 j.a.) i okupacji austriackiej  - C.K. Komendy Powiatowej 1915-18 (225 j.a.).
 - z l. międzywojennych - akta Starostwa Zamojskiego z tego okresu (203 j.a.), Urzędu Wojew. Lubelskiego 1919-39 (gł. wydz. komunikacyjno-budowlany 68 j.a. - m.in. projekty budynków, przemysłowy 14 j.a.), Lubelskiej Izby Skarbowej.
Ponadto "zamosciana" zawierają - Akta Cechów (Cech szewców 1880-92),  Akta parafii Grekokatolickich (Cerkiew Wniebowstąpienia Pańskiego 1689-1870), Akta klasztorów grekokatolickich (Bazylianie w Zamościu 1654-1865, z odpisami od 1589, 36 j.a.), akta USC (zamojskie rzymskokatolickie 1810-75, 132 j.a., grekokatolickie 1826, 50 j.a., prawosławne twierdza 1838-59, 2 j.a., mojżeszowe 1826-75, 27 j.a.)
I n n e   a r c h i w a.
Kraków - Biblioteka PAN: odpisy źródłowe dot. kościołów zamojskich J. Wadowskiego, dokumenty dot. Kolegiaty, Akademii i ordynacji 1581-1866, historia Kolegiaty J. Jędrzejewicza, księga poborcza z 1750.
Kraków - Muzeum Narodowe, Biblioteka Czartoryskich: akta dot. franciszkanów 1623-1738 (kopiariusz dokumentów, ks. wydatków) i klarysek XVII-XVIII w.  (ks. wizytacji, protokołów, obioru ksieni).
Kraków - Archiwum Prowincji Franciszkanów-Reformatów: akta reformatów w Zamościu z XVII-XVIII.
Lublin - Archiwum Kurii Biskupiej: fragmentaryczne archiwalia Kolegiaty Zamojskiej, wizytacji biskupich z 1602, 1734, 1750 (800 s.), 1763 (sygn. 149), akta Kapituły Zamojskiej w księgach biskupa chełmskiego 1601-1804, Akademii Zamojskiej 1669-1783 (233, 236), franciszkanów 1807-14, księga podatkowa miasta Zamościa z 1697 i księga poborcza z 1696 (sygn. 231).
Lublin - Biblioteka  im. H. Łopacińskiego: księgi poborcze z 1691, 1694, 1734.
Lublin - Biblioteka KUL: archiwum Z. Klukowskiego.
Lublin - Biblioteka Seminarium Duchownego: akta dot. reformatów.
Przemyśl - Archiwum Kurii Biskupiej: akta dot. Kapituły w księgach biskupa przemyskiego 1788-1811.
Radom - Archiwum Państwowe: Komisja Rządowa Przychodów i Skarbu - akta dot. miasta z pocz. XIX w.
Sandomierz - Biblioteka Seminarium Duchownego: skrypty akademickie.
Warszawa - Archiwum Główne Akt Dawnych: Archiwum Zamoyskich - akta i dokumenty pergaminowe dot. początków Zamościa i Akademii, listy Sz. Szymonowica i profesorów Akademii; Komisja Rządowa Spraw Wewnętrznych - akta dot. Zamościa 1811-64, wiadomość statystyczna o mieście z 1864; Komisja Rządowa Wojny - akta dot. modernizacji twierdzy z l. 20. XIX w.; Metryka Koronna - przywileje z 1585 i 1600; gmina ewangelicko-augsburska w Zamościu 1808-1868; Zbiory Kartograficzne - plany i mapy 1809-22.
Warszawa - Biblioteka Narodowa: zbiory Biblioteki Ordynacji Zamoyskiej - akta archiwum rodzinnego, m.in. odpisy przywilejów nadawanych miastu, Akademii, Kolegiacie przez Zamoyskich, królów, papieży (sygn, 1576), dokumenty dot. spraw gospodarczo-administracyjnych miasta XVI-XIX w.,  album studentów 1595-1781 (wyd. drukiem 1994), ponadto rejestry kwestorskie Akademii (1664-1711 (sygn. 1572), wykłady i prace, katalog biblioteki z 1675, korespondencja Szymonowicza (sygn. 1638), Żywot T. Zamoyskiego 1620-1658 (sygn. 1597), diariusz B. Rudomicza 1656-72 (wyd. drukiem 2002), rejestr kamienic i domów z 1770 (sygn. 1827), stan kościołów z 1808 (sygn. 2019), historia kościoła ormiańskiego, opisanie ordynacji M. Stworzyńskiego z 1834 (sygn. 1815).
Warszawa - Archiwum Głównej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu - Instytut Pamięci Narodowej, m.in.: Kreishauptmann Zamość 1940-1944, instytucje wymiaru sprawiedliwości, np. Sąd Okręgowy w Zamościu 1947-1949, prokuratury powiatowa Zamość 1944-1949, 1951-1952.
Warszawa - Biblioteka Uniwersytecka: kronika Arakiełowicza 1684-1726.
Warszawa - Główna  Biblioteka Lekarska: materiały dot. historii medycyny zamojskiej.
Warszawa - Centralne Archiwum Wojskowe: akta 9 p.p. 32 j.a. z 1918-39, 3 p.a.l. 53 j.a. z 1920-39 oraz po 1 j.a. komendy Garnizonu Zamość, szpitala rejonowego i garnizonowej izby chorych z lat m-woj., ponadto Rejon. Komenda Uzupełnień 23 j.a z 1944-45. Archiwum Sił Powietrznych - Nowy Dwór Mazowiecki: Techniczna Szkoła Wojsk Lotniczych 4371 j.a. z 1946-95
Wrocław - Zakład Narodowy im. Ossolińskich: księga kancelarii Tomasza Zamoyskiego (9614/II), przywileje z XVII w. (3618/II), wspomnienia E. Kainki z k. XVIII w.
Zamość - Muzeum Ziemi Zamojskiej (osobne hasło).
Zamość - Biblioteka Kolegiacka: wizytacja biskupia z 1827, inwentarz z poł. XIX w., księga varia z k. XVIII w., dokumenty, pisma i księgi czynności kapitulnych od 1919.
W Zamościu są również instytucje posiadające zbiory o charakterze archiwalnym:
Zamość - Biuro Notarialne - akta hipoteczne od XVIII w.,
Zamość - Parafia Katedralna - księgi urodzonych od 1659, zaślubionych od 1658, zmarłych od 1744, księgi wizytacji biskupich i dziekańskich.
Zamość - Urząd Stanu Cywilnego - księgi stanu cywilnego od 1908 parafii rzymskokatolickiej do 1945, prawosławnej do 1910 i 1940-43, zamojskiego okręgu bożniczego 1863-1942, kościoła narodowego 1926-45.
Zamość - Delegatura Służby Ochrony Zabytków - dokumentacje, korespondencja, fotografie,
Zamość - ZO PTTK - protokóły. 
Też: Archiwalia zamojskie za granicą

* W 1918 "Kronika Powiatu Zamojskiego" pisała o prof. Uniwersytetu w Krakowie Semkowiczu, który posiada w prywatnym posiadaniu wiele aktów do dziejów Zamościa . Są to materiały, które mozolna pracą zebrał x. Kozicki.
 * 13 IX 1939 urzędnicy starostwa ewakuując  się zabrali skrzynie z najważniejszymi dokumentami. Wszystkie inne księgi oraz akta mobilizacyjne i tajne zostały spalone. (z pamiętnika starosty Sochańskiego)
 * W czasie okupacji akta Magistratu z XIX w. na polecenie niemieckie spisane zostały przez lubelskiego archiwistę i pozostawione w Zamościu. W 1951 rosyjskie akta miasta sprzed 1915 zabrane zostały do Archiwum lubelskiego, później oddane zamojskiemu Archiwum. Przed 1870 zachowane szczątkowo.