Powstała wraz Akademią (bezpłatna, 10 miejsc). W V 1603 otwarto w jej sąsiedztwie nowy obiekt na 50 miejsc (obydwa usytuowane na płn. od Akademii). W 1627 bursa spłonęła. Później udostępniono młodzieży parę pomieszczeń w nowym gmachu Akademii (w l. 70. XVII w. za stancję z wyżywieniem płacono w Zamościu 120 zł rocznie). 26 X 1677 w pobliżu Kolegiaty otwarta została kolejna bursa powstała w oparciu o fundację Wawrzyńca Starnigiela. Wraz z 11 studentami zamieszkiwał w niej kucharz, a obowiązywał wszystkich bardzo surowy regulamin i system różnorodnych kar.

 * Przepisy dla otwartej w 1677 bursy bardzo surowo traktowały nawet sprawy błahe, były niepedagogiczne (kary pieniężne za ciężkie przewinienia), a nawet o charakterze donosicielskim - pensjonariusze powinni baczyć na siebie wzajemnie, aby żaden z nich nic zdrożnego nie uczynił ani mówił. Gdyby który z nich dopuścił się jakiegoś przestępstwa, koledzy wiedzący o nim, winni natychmiast oskarżyć go przed rektorem. Gdyby rektor dowiedział się o wykroczeniu takim od kogoś obcego, wypędzi z bursy  nie tylko winnego, ale i tego lub tych, którzy się w denuncjacji zaniedbali. (za H. Gawareckim, "Kamena")