Cudowną sławą cieszył się Obraz Matki Bożej Opieki z racji okoliczności powstania oraz spisanych uzdrowień (np. gula w kolanie wielkości kuli armatniej po kilkunastu latach samoistnie pękła, wyleczenie z wrzodów w środku z zatwardzeniem wątroby). W 1671 wzmiankowano cudowny obraz MB Loretańskiej, do którego modlący się wiele łask odbierali, z bogatymi wotami, który miał ołtarzyk w kaplicy ordynackiej (w poł. XVIII w. już nie wymieniany).
Licznymi wotami za wysłuchane prośby ozdobiona była w przeszłości Matka Boża Zamojska (Obraz Matki Bożej Zamojskiej). W latach Wielkiej Nowenny nasiliła się cześć kopii obrazu MB Częstochowskiej, ob. w kaplicy Różańcowej (Katedralne obrazy).
W 1689 zasłynął Obraz Matki Bożej Bonifraterskiej ob. w Szczebrzeszynie. W 1658 zaczęła się historia Obrazu Matki Boskiej Łaskawej, który również trafić miał do Szczebrzeszyna. W V 1662 na Przedmieściu Lwowskim w domu wzorowego ślusarza płakał obraz NMP. Lud tłumnie przychodził oglądać ślady tego cudu i twierdził, że ślady łez, które spadały, są widoczne na podłodze. Prawdopodobnie był tym samym obrazem, o którym opowiedział Rudomiczowi ks. Kisterowicz - w domu pewnej Ormianki płakał łzami obraz Matki Boskiej, on łzy i krople potu obcierał i osuszał, a gdy wieść się rozeszła, umieszczono obraz w świątyni ormiańskiej, o którym też pisze się, że trafił później do Szczebrzeszyna.
W Geographii Kuropatnickiego (1786) wspomniany jest cudowny obraz św. Kajetana w kościele ormiańskim, dobrego pędzla, z kosztownymi 12 wotami, jedwabnicową zasłoną szychem przetykaną, oświetlony srebrną lampą (ostatni pleban miał zniknąć z nim bez wieści, naprawdę zakupiony w 1795 do kościoła św. Katarzyny, "zniknął" dopiero po rozebraniu kościoła) oraz słynący łaskami obraz św. Onufrego. W 1682 drugim ihumenem powstałego nie dawno monasteru w Werhratej został Izaak Sokalski z Zamościa, który przywiózł ze sobą otoczoną kultem ikonę MB, zw. odtąd Werhracką (później we Lwowie).
W 1672 chronił się w Kolegiacie cudowny obraz NMP z Tomaszowa (w twierdzy zdarzyły się cuda), a krasnobrodzki wizerunek MB u Ormian. Zamościanie doświadczali łask MB Chełmskiej (1667 uwolnienie od duchów, w 1675 odzyskanie zdrowia po napadzie). W XVII w.  za przyczyną obrazu Matki Bożej z kościoła w Janowie odzyskał w 1657 utracony w dzieciństwie wzrok późniejszy profesor Akademii Zamojskiej Kazimierz Michałowski, wzrok odzyskała też 7 lat nie widząc na oczy panna jedna z Zamościa piekarza córka. Kilku Ormian zamojskich przyjechało z dziateczkami strapionemi chorobami, i które tam zdrowe zostały. W 1679 wypadku uległ rydwan, z podróżującym ks. Sokołowskim proboszczem zamojskim i dwoma kanonikami oraz bratankiem proboszcza i tenże ciężko ranny podczas mszy św. odzyskał zdrowie.
Zob. też: Cudowna figura

 * Z diariusza B. Rudomicza - Pan Korolkiewicz pod przysięgą  zapewniał, że dziś świeca zapaliła się przed obrazem N.M.Panny w kościele p.w. Wniebowzięcia, które to święto obchodzone było w dniu poprzednim. Opowiadał dalej, że świecę razem z księdzem zgasił, ale ona znów sama się zapaliła i przez całą noc płonąc nic się nie zmniejszyła. Ksiądz z tego kościoła twierdził, że takie fakty zdarzają się tam częściej.
 * W monografii O cudownych obrazach... (1903) E. Nowakowski wylicza w Kolegiacie dwa obrazy: Matki Bożej z Włoch pochodzący, który tu sam Jan Zamojski umieścił oraz Obraz Matki Bożej Łaskawej a także (za Duńczewskim) cudowny obraz M.B. w kościele Bonifratrów.
 * Z kościołem ormiańskim wiąże się inne zdarzenie. 26 VIII 1658 przed Maryjnym obrazem sama zapaliła się świeca, zdmuchnięta, ponownie się zapaliła i świeciła całą noc.
 * Wg lokalnej opowieści przy ul. Żdanowskiej 5 mieszkała sparaliżowana kobieta, która w 1939 po wybuchu bomby rujnującej pół domu, WYBIEGŁA z niego...
!!! W 1993 Jarosław M. z Zamościa oferował cudowny trójkąt Mojżesza (kawałek płótna z prastarą inskrypcją - na potencję, bezsenność, ból itd.).