Powstał w 1604; w 1717 obejmował 8 parafii, 1800 - 12, 1900 - 14, 1955 - 15, 1985 - 13). W 1918 dekanat podzielono na dwie części zamojską (Zamość, Łabunie, Sitaniec, Wielącza, Stary Zamość, Skierbieszów i Krasnobród) i szczebrzeską .
Jest jednym z 19 dekanatów w diecezji. W 1978-94 istniał również dekanat nowomiejski (10 parafii). Przez pewien czas siedzibą dziekana zamojskiego były Łabunie (1919-33) i Szczebrzeszyn (1933-46). W 1994-2010 funkcję dziekana pełnił ks. Czesław Grzyb, ob. ks. Adam Firosz.
W Zamościu istniały krótkotrwale większe, pośrednie między dekanatem, a diecezją szczeble administracji kościelnej, jak oficjalaty czy konsystorze (1663, 1775, 1782 i 1811). W 1782 mieścił się tu jeden z 3 konsystorzy diecezjalnych i podlegało mu 6 dekanatów, ale wskutek zarządzenia z Wiednia biskup już w 1785 zniósł konsystorz. Oby jednak zachować ciągłość jurysdykcji kościelnej mianował ks. ks. kan. Mikołaja Olgierda arcydziekanem na "galicką" część diecezji.