Podstawowym zadaniem drukarni było zaspokajanie potrzeb związanych z badawczą i dydaktyczną działalnością uczelni - ok. 40 pozycji o charakterze naukowym i praktycznym. Najwybitniejszym powstałym w niej dziełem była wydana w 1604 Dialectica Ciceronis... Adama Burskiego (osobne hasło). Wyszły stąd cztery publikacje edytorskie z zakresu filologii klasycznej i średniowiecznej (najcenniejsze De collocatione verborum... Dionizjusza z Halikarnasu, 1602, później wyd. m.in. w Cambridge 1728) oraz seria 8 dzieł prawniczych, m.in. dwa wartościowe zarysy prawa Tomasza Dreznera (osobne hasło), monumentalne folianty Statuta Regni Poloniae... J. Herburta (1597) i liczące ponad 900 stron Speculum Saxonum... (1602), poręczne kompendium J. Cervusa (1607) i będące ostatnim wytworem samodzielnej myśli prawniczej Akademii Digestum Iuris Saxonici... B.  Żelechowskiego (1643).
W Zamościu ukazały się dwie interesujące prace medyczne z zakresu osteologii i balneologii, oraz trzy poradniki medyczne (osobne hasło: Medycyna). Pierwsza rozprawa teologiczna wyszła dopiero w 1680. Z czasem miejsce prac teoretycznych zajęły książki o charakterze popularno-naukowym, itp. Była wśród nich pierwsza polska książka o pszczelarstwie (J. Ostroróg Nauka około pasiek 1614), prace dotyczące artylerii (osobne hasło: Armaty). Drukowano także różne kompendia i poradniki, np. "polityczno-wojskowe", geograficzno-historyczne.
Drukarnię opuściło blisko dwieście dysertacji ("conclusiones", "questiones", "theses",  "propositiones", itp.), głównie z dziedziny filozofii, następnie teologii i prawa (medycyny, matematyki i astronomii dotyczyło tylko sześć druków) będących podstawą do dysput naukowych.  Ponad połowa z nich związana była z Akademią. W najgorszym okresie, na przełomie XVII i XVIII w. nie ukazywały się w ogóle, a największe nasilenie  przypadło na ostatnie 40 lat istnienia Akademii. Wydrukowano też ponad 50 dysertacji związanych ze studiami zakonnymi, głównie miejscowych reformatów, także franciszkanów, ponadto jeszcze kilkanaście "konkluzji" zakonów z innych miast. Każda z takich publikacji liczyła zwykle od 2 do 7 arkuszy objętości.
Z podręczników akademickich wymienić należy przede wszystkim 7 wydań gramatyki łacińskiej (w tym cztery Grammaticae Methodicae... J. Ursinusa). "Ursiny" były jednym z najpopularniejszych wytworów drukarni. W l. 70. XVIII w. wyszły 3 podręczniki dotyczące "longinometrii", "planimetrii" i "solidometrii" F. Słupskiego oraz kilkusetstronicowe Institutiones arithmeticae... bazylianina A. Sławińskiego (1782). Obok podręczników drukowano także wypisy, antologie, wybory sentencji. Z 6 pozycji, wszystkie dotyczą Cicerona, m.in. bardzo obszerne Narrationes... zestawione przez Sz. Piechowicza (1611). Ponadto wyszły popularne "summy" wiedzy o filozofii i geografii, katechizm, tablice arytmetyczne. Do wydawnictw akademickich należały również tzw. "programaty" dotyczące corocznych egzaminów (od 1778), a także inne druki wewnętrzne.
Wśród publikacji drukarni ważną pozycję stanowiło ok. 70 okazałych częstokroć wydawnictw kościelnych. Było wśród nich kilkanaście żywotów świętych (m.in. św. Jana Kantego, a także Józefa Kalasantego, 1749) oraz książki związane ze znanymi miejscami kultu (m.in. Leżajsk, Chełm, Lublin), z najładniej wydaną Spartą polską... I. Kownackiego (1703) o obrazie MB w Łucku.
Zwraca uwagę "seria" ascetystyczno-kontemplacyjna złożona z 9 okazałych książek, łącznie liczącej prawie 4 tys. stron, wśród nich Wojna duchowna... Scupolego (pierwszy raz w Zamościu w 1683, po czym jeszcze 6 wydań w innych miastach) oraz 800-stronicowe Skarby niebieskich tajemnic... św. Brygidy (1698), będące jednym z okazalszych wydawnictw w dziejach drukarni, Rozmyślania codzienne Piotra z Alkantary (1759). Wspomnieć też można druki dewocyjne, np. Wierna życia Kaspra Drużbickiego relacja D. Pawłowskiego (1700) i mistyczne Ziarno gorczyczne gorzkiej Męki Zbawiciela... J. Andrzejkiewicza (1701). 
Osobna grupę tworzą wydawnictwa o charakterze użytkowym, jak Nauki i kazusy o jubileuszu i odpustach (1759), modlitewniki, książeczki do nabożeństwa, wybory litanii i hymnów oraz informatory kościelne. Należy wymienić też zamojską edycję Psalmów Dawida (1765). Zachowały się częściowo drukowane tu rubrycelle i listy pasterskie biskupów chełmskich oraz inne urzędowe druki kościelne, np. indeks ksiąg zakazanych (1604, II wyd. w Polsce). Odrębną grupę stanowią kazania, także głoszone poza Zamościem. Z drukarni wyszło ok. 600 panegiryków (osobne hasło: Drukarnia Akademicka - panegiryki). 
Wśród wydawnictw publicystycznych (ok. 50 pozycji) przeważały tematy polityczne, m.in. Mowy, listy, relacje, np. o oblężeniu Zamościa (1648), Diariusz prawdziwy zwycięstwa nad Tatarami (1624). Ponadto reprezentowana była  problematyka historyczna i religijna, m.in. druk w obronie unitów Próba weryfikatiej omylnej T. Szymanowicza (1621), praca bpa J. Morochowskiego Relacja o zamordowaniu okrutnym Jozaphata Kuncewicza (1624), tłumaczone na polski D. Nicetasa Żywot świętego Ignaciusa (1623). obszerna Historya schizmy... (1698), polemiki z arianami (1617), względnie talmudystami (1761). Ukazało się 9 druków kwestionujących powstanie rywala - Uniwersytetu Lwowskiego oraz jedyna pseudonaukowa polemika związana z obserwacją astronomiczną (1761).
Z pozostałych wydawnictw zamojskich na szczególną uwagę zasługują popularne w kraju kalendarze (osobne hasło Kalendarze zamojskie). Ponadto należy jeszcze wymienić publikacje urzędowe (statuty ordynackie, uniwersały i odezwy krajowe). Z literatury pięknej ukazały się tylko w początkowym okresie 2 zbiory poezji, poemat i 2 dramaty, przy czym tylko Sielanki Szymonowica  (1614) i Potrójny z Plauta Piotra Cieklińskiego (1597) należą do dzieł wybitnych. Wyszło też ok. 20 programów okolicznościowych przedstawień teatralnych (w tym 12 dotyczących spektakli urządzanych przez Akademię). Powstał tu słowniczek wyrazów do wyrozumienia trudnych, zbiory epigramatów, prognostyki. W Zamościu, jak błędnie podaje się za Birkenmajerem miał być wydrukowany Herbarz S. Duńczewskiego (faktycznie w Krakowie, 1757).
Druki zamojskie miały na ogół skromny wystrój graficzny. Obok sygnetów, na kartach tytułowych pojawiał się duży orzeł na tarczy (Statuty Herburta), przeważnie jednak drobne elementy w rodzaju stylizowanych płatków czy gałązek, względnie dekoracyjne ramki (na przełomie XVII i XVIII w. tworzą je niezwykle bogate, alegoryczne ryciny i gęsta ornamentyka). Do nielicznych ilustrowanych wydawnictw należy "albumik" z 11 portretami przodków Hetmana (1609) i podobny poświęcony królowi Michałowi Korybutowi (1669) oraz Nauka około pasiek, a także książki z ostatniego okresu z figurami do fizyki czy wzorami narzędzi rolniczych. W wydawnictwach religijnych spotkać można wizerunki Matki Boskiej, Chrystusa na Krzyżu (m.in. na arkuszu dołączonym do książki), otaczanych czcią obrazów świętych (np. 6 bogatych rycin w Skarbach św. Brygidy), jak też portret ...Lutra (1619). Ukazał się też plan twierdzy (1759). Licznie występowały również herby szlacheckie we wspaniałych często oprawach. Z drukarnią współpracował utalentowany miejscowy rytownik Jan Kanty Siarczyński (osobne hasło). Obok paru innych zamościan (poł. XVIII w.) pracowali dla drukarni rytownicy z Gdańska i Lwowa (osobne hasło: Malarze i graficy). 
Wytwory zamojskiej drukarni nie różniły się zasadniczo od innych publikacji swego czasu. Największą starannością, a niekiedy wręcz elegancją charakteryzowały się najstarsze wydawnictwa, o przemyślanych układach kart tytułowych, szerokościach kolumn, rodzajach czcionek. Dominował format in quarto. Z czasem zmniejszyła się dbałość o estetykę publikacji. Stały się mniej przejrzyste kompozycyjnie, uciążliwe w czytaniu (duże formaty, tekst w jednej szerokiej kolumnie). Sytuacja ulegnie zmianie w ostatnim okresie. Zmniejszają się formaty książek. Najmniejszy zamojski druk miał wymiary 7,5x12 cm (Graves N. Ruggeriego, 1759). Papier sprowadzano początkowo z podkrakowskich Krzeszowic i Lublina, w XVII w. z Włocławka, Krakowa i Rakowa, a od XVIII w. z ordynackiej Hamerni.
Z drukarni wyszło ok. 1700 publikacji (najwięcej w XVIII w. ok. ok. 900). Akademicki charakter drukarni potwierdza autorstwo 55% związane bezpośrednio z kręgami akademickimi. Ponadto autorami 15% druków byli duchowni nie związani z uczelnią. Tylko kilkadziesiąt pozycji było dziełem autorów klasycznych, cudzoziemców, znanych pisarzy polskich. Zaledwie co trzecia publikacja była w języku polskim, pozostałe, nie licząc kilkunastu tytułów po łacinie. Ponad 70% wszystkich tytułów stanowiły formy broszurowe, nietrwałe, okolicznościowe (kalendarze, rozprawy akademickie, panegiryki). Z oficyny wyszło tylko około stu wydawnictw objętości ponad stu stron.
Po pierwszych latach działalności, które wyznaczały ważne dokonania edytorskie, twórczość Szymonowica, druk w języku greckim, poziom typograficzny nie odbiegał od przeciętności, tak pod względem wydawniczym, jak i typograficznym. Ponownie swój dobry czas przeżyła drukarnia akademicka  w ostatnich latach istnienia. Z pewnością należała do znaczących oficyn w dziejach polskiego drukarstwa.