Jan Zamoyski polubił się z nimi i zapoznał jeszcze w Padwie (w 1583 odprawiali 6 mszy za króla i 3 za niego). Założył ich klasztory w Zamościu i Szczebrzeszynie. Ci przeważnie brodaci, wtedy jeszcze w popielatych habitach z kapturami zakonnicy w 1589 osiedli przy kościele św. Krzyża, który otrzymali na własność w 1603. Wzniesiony ok. 1600 drewniany klasztor mógł pomieścić kilkunastu braci. Pierwszym gwardianem był Włoch, następnym pisarz teologiczny o. Rupniewski. W 1615 było ich 17-tu. Być może tam na przedmieściu mieszkał inny Włoch profesor teologii o. Dominik Convalis.
Na darowanym w 1627 przez Tomasza Zamoyskiego placu ("Giełda") dziesięć lat później, 13 VI tenże ordynat swemi rękami z wielką liczbą duchowieństwa położył kamień węgielny pod kościół p.w. Zwiastowania NMP. Na prośbę pierwszego gwardiana o. Ambrożego Wierusza człowieka pobożnego i roztropnego Jego następca, Jan Sobiepan w 1643 polecił mieszczanom mającym swe domy w bliskości kościoła, aby je za sprawiedliwą cenę odstąpili, bo kościół sam bez klasztoru istnieć nie może i wyznaczył do końca budowy roczną sumę 1600 zł (tego roku też ofiarował klasztorowi wieś Zaborce Stanisław Szarbiewski). W ciągu niespełna pół wieku stanęła jedna z najbardziej okazałych świątyń polskich XVII w.
6 III 1655 bp Stanisław Pstrokoński zezwolił na przeniesienie się z przedmieścia do nowego klasztoru, a bp sufragan Mikołaj Świrski poświęcił kościół. W tym czasie gwardianem w Zamościu był Stanisław Neopferano (wzm. 1657). Zakonnicy przenieśli się do piętrowego, krytego czerwoną dachówką klasztoru 14 izb, na piętrz 15, od 1667 dwuskrzydłowego o 36 celach (budowę zakończono w 1687). Stał na obecnym Pl. Wolności i tworzył z kościołem zamknięty z czterech stron starannie utrzymany wirydarz - ogródek dla godziwej ich rekreacji. Skrzydło wsch. (od wałów) tworzyła stajnia, wozownia izba czeladna, kuchnia i browar oraz studnia drewnem ocembrowana.
Franciszkanie należeli do lepiej uposażonych zakonów w mieście. Zamoyscy nadali im wójtostwo szczebrzeskie, mieli wsie (m.in. część Zawalowa), folwarki (1808 - 4), przeszło 100 tys. zł kapitałów. Na Przedmieściu Lwowskim znajdowały się ich ogrody. Warunki bytowania, przyciągały zakonników. Obok braci zakonnych przebywali tu profesorowie wykładający w Akademii na powstałej w 1641 "ich" katedrze teologicznej (znanych 8 nazwisk) i prowadzący studia zakonne (prace ukazywały się drukiem). W 1686 mieściła się tu siedziba jednej z 12 kustodii polskich, skupiającej 56 konwentów (także Górecko K., Horyniec, Puszcza Solska, Szczebrzeszyn). Wcześniej Zamość należał do kustodii przemyskiej. W klasztorze było niekiedy ponad 30 braci zakonnych, zajmujących się m.in. posługami religijnymi, zajęciami gospodarczymi. Franciszkanie posiadali bogatą bibliotekę (biblioteka franciszkańska).
Wielu zamojskich zakonników sięgało po zaszczyty zakonne, m.in. Stanisław Słowacki - prowincjał, przebywali tu często znaczniejsi przedstawiciele zakonu, np. Marek Korona znany teolog zakonny, Jakub Jędrski kaznodzieja i dr teologii, wcześniej pracujący w samym Asyżu. W Zamościu zm. prowincjonał Franciszek Kosowski.Do symbolu urasta postać o. Beniamina Pankiewicza, znanego dla świątobliwego życia oraz pomocy i otuchy niesionej w zapowietrzonym Zamościu.
W czasie zaboru na krótko (1784-91) przeniesiono ich do zabudowań po klaryskach, a "zastąpiły ich siostry miłosierdzia. W 1804 było tu jeszcze 16 zakonników z prowincjałem na czele (zajmowali się duszpasterstwem, prowadzili nowicjat dla 6 kleryków). W 1809 opuścili miasto na czas oblężenia, a w czerwcu otrzymali bezwzględny nakaz opuszczenia miasta, tak iż nie spisano i zabezpieczono bogatego wyposażenia, zaginionego w wojennej zawierusze. Część kosztowności trafiło do depozytu w Kolegiacie, m. in. przetopionych na monety. Kościół zamieniono na magazyn, a klasztor na kancelarię i lazaret (zabrano do niego klasztorne kuchenne naczynia  w miedzi i żelazie). W 1811 z  11 zakonników 1 zmarł, 4 przeniosło się do innych klasztorów, 5 do Galicji, a ostatni gwardian o. Wyzbowski osiadł w Zawalowie i stał się Panem 4 folwarków i procentu od 100.347 złp.
13 II 1812 dekretem króla saskiego został ostatecznie zniesiony. W 1818 bez dachu zupełnie zdezolowany (14 izb parter, 15 piętro) Klasztor rozebrano w 1821, a znaczne fundusze podzielono między klasztory w Warszawie, Górecku i Puszczy.
Po I wojnie światowej franciszkanie wystąpili o zwrot kościoła i placu, ponownie w 1981 z ofertą przybył generał zakonu redemptorystów, na próżno. Franciszkanie wrócili do kościoła dopiero po blisko dwu wiekach, 28 II 1994 przybyli tu o.o. Eugeniusz Wiraszka i Janusz Głazowski (1923-2014), zm. w Zamościu. 25 III 1994 o 17-tej odprawili pierwszą mszę, przejmując następnie także parafię po redemptorystach (1999 - 5 osób), odkupując również pół klasztoru.  W ciągu 10 lat przebywało tu 20 zakonników. W 2017 gwardianem był o. Andrzej Zalewski.


 * Kasper Niesiecki wymienia Franciszka Grabionkę, który niegdy (przełomie XVI/XVII w.) w zakonie franciszkanów umarł w Zamościu.
 * Klasztor kościołowi przyległy jest w stanie najgorszym. Nie masz dachu, który przez połowę był dachówką, a przez połowę gontami pokryty, nie masz okien, drzwi, podłogi, pieców, ściany tylko i sklepienia po części zostały. (z wizytacji bpa Skarszewskiego)