Już w czasie okupacji powstała przy Szpitalu (ul. Peowiaków) apteka szpitalna, w której pracowała siostra Józefitka Sylwia, a po wojnie kolejno kierownikami byli: Ryszard Górski, Edward Emeryk, Jolanta Borkowska, Maria Rozkres, St. Szymanik, Beata Denkiewicz i Maria Piskorska. Od 1996 przy Szpitalu Papieskim zorganizowano drugą aptekę szpitalną w Zamościu (kierownicy: R.Czajkowski; później Józefa Król).