Dawna Kolegiata, od 1992 kościół katedralny, jest jednym z piękniejszych kościołów na naszych ziemiach, najwspanialszą świątynią powstałą na przełomie renesansu i kontrreformacji, dziełem na europejskim poziomie, którego pierwowzorów należy szukać w sztuce północnej Italii. Architektura i wystrój Kolegiaty utrzymane są w duchu manieryzmu weneckiego, z widocznymi oznakami cech rodzimych. Zadecydowała jednak indywidualna koncepcja przestrzenna Bernarda Moranda, którego twórcza inwencja zrodziła dzieło niepowtarzalne, o wysokim standardzie artystycznym. Swoim znaczeniem Kolegiata niekiedy zestawiana jest z Kaplicą Zygmuntowską na Wawelu - obie jakby klamrą spinają dzieje architektury polskiej XVI w. Kolegiata zapoczątkowała nawrót tradycji budowy wielkich bazylik, stając się także wzorem dla sporej grupy świątyń południowo-wschodnich ziem Rzeczypospolitej.
DZIEJE. Kolegiatę ufundował Jan Zamoyski. Do kopania fundamentów przystąpiono w 1587. Wzniesiona została zasadniczo do 1598 pod ścisłym nadzorem architekta, który ją zaprojektował. 5 XII 1594 zatwierdził Kolegiatę i ustanowił przy niej Kapitułę papież Klemens VIII. Sprowadzono relikwię św. Tomasza - patrona kościoła i rodziny Zamoyskich, następnie najcenniejszą relikwię - rąbek szaty (velum) NMP z kościoła św. Anastazji w Rzymie (osobne hasło: Relikwie). Budziła podziw gości Kanclerza, m.in. wysłannika papieskiego (murują teraz kościół wspaniały i piękny, wewnątrz i zewnątrz dobrze ozdobiony. Ten kościół będzie kolegiatą. Jest opatrzony i już sprzętami kościelnymi wzbogacony został. Poświęcony został pod tytułem św. Tomasza Apostoła). Jak zaznacza Vanozzi w kolegiacie nie odprawiano jeszcze nabożeństw, tylko w starym kościele, gdzie złożone były również cenne relikwie. Akt fundacyjny Kolegiaty ogłoszono 5 VII 1600, a w nieukończonym kościele odbyło się uroczyste nabożeństwo połączone z erekcją parafii kolegiackiej.
Kolegiata otrzymała wezwanie Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła i - jak podkreślił Zamoyski - miała być wotum dziękczynnym za zwycięskie wyprawy, dziele - dzień Zmartwychwstania Chrystusa, dlatego ten tytuł uznała odpowiedni dla świątyni. Św. Tomasz znalazł się natomiast w wezwaniu dla czci, jaką darzony był wśród Zamoyskich, oraz ze względów osobistych, gdyż będąc w młodości kalwinem, do katolicyzmu doszedł drogą wątpienia i rozumowania podobnie jak "niewierny" apostoł.
Śmierć Hetmana (złożony został w podziemiu Kolegiaty) odsunęła ukończenie budowy, aż do czasu przejęcia ordynacji przez syna Tomasza. W ciągu kilkunastu lat doszło do ostatecznego zakończenia prac przy dekoracji i wyposażeniu Kolegiaty. Tomasz podobnie jak i ojciec zamawiał bogate przedmioty u najlepszych artystów. Starania te uzasadniał fragment kanclerskiego dokumentu, w którym określał sumy przeznaczone na biskupa - jeśli by się Rzeczypospolitej zdało przenieść stolicę biskupią z Krasnegostawu do Zamościa i podniesienie Kolegiaty do godności katedry. Projekt ten został zrealizowany dopiero nie dawno, ale i tak świątyni przyszło pełnić rolę wyjątkową w państwie zamojskim, być tym czym katedra wawelska w państwie polskim. Tu kolejni ordynaci składali przysięgę, tu witano ich po długiej nieobecności, tu też sprawiano uroczyste pogrzeby zmarłym ordynatom, składając w podziemiach kolegiackich doczesne szczątki także wielu innych osób.
18 XI 1637 przy licznym zjeździe duchowieństwa i szlachty konsekrował Kolegiatę biskup wołoski Jan Chrzciciel Zamoyski. W 1658 dosięgnął ją szalejący w mieście pożar, niszcząc dach i wieżę z cennymi dzwonami. W 1671 umieszczono nową kopułę z dzwonkiem. U ołtarza kolegiackiego stawali kolejni królowie Polski. Wiele zawdzięczała zawsze Kolegiata kolejnym ordynatom. Hojną ręką zaznaczyli się też duchowni i dobrodzieje szlacheccy. Ofiarowano monstrancje, naczynia i szaty liturgiczne, księgi kościelne. W XVIII w. wymieniono niektóre ołtarze na nowe. W 1727 było ich 17. Dwa mniejsze stały dodatkowo w kaplicy ordynackiej, a 4 przy filarach w nawach bocznych, na przeciw kaplic. Przybyło nowe wyposażenie. W jednym ze spisów wymieniono m.in. 154 ornaty, 23 dalmatyki, 34 kapy, 11 infuł i prawie 150 wszelkich złotych i srebrnych naczyń i sprzętów. Wśród obrazów były darzone specjalnym kultem zob. Cudowne obrazy.
Uroczyście obchodzono liczne święta z udziałem rodziny ordynata, dworu, gremium profesorskiego, młodzieży akademickiej, mieszczan. Początkowo miały też miejsce w Kolegiacie barwne ceremonie promowania na doktorów. U szczątków św. Jana Kantego (osobne hasło) spotykało się grono profesorów i studentów Akademii. Bardzo uroczyście obchodzono święto Relikwii. Z większą wystawnością i zgromadzeniem odbywały się tylko uroczystości rodzinne i ingresy ordynatów. Rotę przysięgi Tomasza Józefa Zamoyskiego odbierał nie infułat lecz biskup, a podczas pogrzebu do środka ówczesnym zwyczajem wjechali husarze. W 1720 przez kilka tygodni obradował w Kolegiacie słynny Synod Zamojski. Nie przetrwał do dzisiaj pomnik tego wydarzenia - malowidło nad chórem. W Kolegiacie odbyły się też trzy konsekracje biskupie (1728 Józef Olszański, 1735 Jan Krasiński, 1998 Mariusz Leszczyński), a u schyłku Rzeczypospolitej zdarzyły się 2 wizyty nuncjuszów apostolskich. Ważną rolę odgrywały kolegiackie bractwa.
W 1784 cesarz Józef II skasował Kapitułę, a Kolegiatę zamienił w zwykły kościół parafialny. Po 8 latach staraniem ordynata przywrócono obydwie z powrotem. W tym dość trudnym okresie nie zaprzestano prac około Kolegiaty, dość istotnie zmieniając niektóre jej wnętrza. Wykonano pąsowe obicia filarów w nawie głównej. O świeżym restaurowaniu dowiadujemy się w 1808. Nie oszczędziły jej działania wojenne w 1813 (rok później remont 2 tys. zł). Na potrzeby załogi poszły liczne kosztowności kolegiackie.
W 1824-26 doszło do gruntownej przebudowy Kolegiaty kosztem 100 tys. zł, wyłożonych przez rząd Królestwa Kongresowego. Nadzorowane ściśle przez księcia Konstantego prace miały przede wszystkim na celu zatarcie wotywno-zwycięskiego charakteru świątyni, zbyt wiele mówiącej o żyjącym w pamięci Narodu Hetmanie. Obniżono dach. Przebudowa boleśnie dotknęła fasady z wspaniałym szczytem. Kolegiatę pozbawiono też innego wyróżnika, ze szczytu wyniosłej i odpowiedniej całej budowli facjaty zdjęto wielką okrągłą pozłacaną banię (od której pospolicie Zamość Złotą banią nazywano). Zmianie uległa szata architektoniczno-dekoracyjna świątyni.  Zdarto herby Zamoyskich. Elewacje powleczono na żółto. Zastąpiono starą ambonę i ołtarze nowymi. Zamalowano polichromie, usunięto portrety ordynatów i część epitafiów. Wg współczesnych były i dobre strony tych działań: natłoczona grobami, herbami i napisami, swojem ponurem tajemniczem groźnem półświetlem, głęboka, ciemna, po usunięciu napisów, uszczupleniu liczby pomników, spotykanych co krok wspomnień, ujrzała się w stanie odmłodzenia, świeża, widna, obszerniejsza, przestronna nawet. Jeśli nawet z zamiarem pozbawienia dawnej świetności, to przecież gruntownie zabezpieczono Kolegiatę na długie lata.
Wkrótce pozostała jedyną z wielu dotąd świątyń w Zamościu. Grupka księży szczytnie wypełniała obowiązki duszpasterskie. Dla ludu Kolegiata była w tych ciężkich czasach ostoją polskości, autorytetem moralnym, siedliskiem kultury. Na jej kolejne remonty łożyli: Kapituła, ordynat i parafianie. W 1897 zmieniono pokrycie dachu, mieszczanin Julian Gałaszkiewicz  by spełnić obietnicę daną Bogu odnowił ściany zewnętrzne, a w 1904 Maurycy Zamoyski na restaurację ofiarował 12 tys. rb. Wiele zawdzięcza infułatom: Walentemu Baranowskiemu i Tomaszowi Petrykowskiemu, oraz kanonikowi Joachimowi Jędrzejewiczowi i wikaremu Mikołajowi Kulaszyńskiemu - pierwszym historykom Kolegiaty.
Przyjeżdżają pierwsi inwentaryzatorzy zabytków i historycy sztuki. Powstają pierwsze naukowe opisy Kolegiaty. Na ile tylko pozwala cenzura, czasopisma w pełnych uniesienia relacjach wysłanników składają hołd prochom Jana Zamoyskiego. Mają również miejsce emanujące patriotycznym uniesieniem pogrzeby zmarłych za granicą trzech kolejnych ordynatów. Wielką manifestacją stała się pierwsza od dziesiątek lat wizytacja pasterska w 1905, gdy wokół Kolegiaty skupiło się przeszło 30 tys. wiernych. Po ucieczce z Rosji zatrzymał się w niej Józef Piłsudski (1901). 10 IV 1920 urzędowo uznana została jako pierwsza w Zamościu za obiekt zabytkowy. W 1927 u głównego ołtarza słuchał Te Deum prezydent Ignacy Mościcki (w mszach św. uczestniczyli prezydenci Lech Wałęsa w 1995 i Lech Kaczyński w 2007).
19 IX 1939 pod murami Kolegiaty miała miejsce ostatnia próba odbicia Zamościa. Niemcy wpadli na trop zdeponowanej w Kolegiacie bezcennej biblioteki z Pelplina.  Przedmioty ze skarbca wywożono po kryjomu do Szczebrzeszyna, Górecka i Zwierzyńca. W Kolegiacie trzymano w 1940/41 wysiedleńców z poznańskiego, następnie  urządzono w niej magazyn zboża. Od III 1944 znów służyła wiernym z Zamościa i okolic. W VII 1944 od kul armatnich powstały we frontonie dwie duże wyrwy - szczęśliwie chór nie zawalił się, gdyż podtrzymujące filary nie zostały w większym stopniu uszkodzone, natomiast wyleciały wszystkie szyby oraz witraż z herbem Zamoyskich.
Nieprzeliczone tłumy wiernych  ściągają na doroczny odpust parafialny (8 IX, w święto Narodzenia NMP), w 1926 na odpust przybyło 15 tys. wiernych (Komunię przyjęło 10 tys.). W l. 80. odpust połączony został z dożynkami wojewódzkimi. Jest jeszcze odpust Kapituły (I niedziela po Wielkanocy).
W 1949-52 pod kierunkiem arch. Adama Klimka, dokonano gruntownej restauracji kościoła, odkrywając m.in. część pierwotnych detali kamiennych. W Kolegiacie położono posadzkę - nawiązującą do pierwotnej z XVII w. z marmuru bolechowickiego i murawickiego (1975 M. Kaczorowski) i zainstalowano centralne ogrzewanie (1980, wcześniej zdobyte w Belgii "Harrisy" piece na ropę). W 1983 założono efektowną iluminację. Szczególnie wiele zawdzięcza Kolegiata proboszczom, ks. kan. Franciszkowi Zawiszy (1945-76) i ks. inf. Jackowi Żórawskiemu (1976-1994).    
W jej murach wielokrotnie przebywał jeszcze jako biskup lubelski, ks. kardynał Stefan Wyszyński - "Prymas Tysiąclecia". Przed śmiercią zdążył jeszcze zobaczyć Kolegiatę jego poprzednik ks. kardynał August Hlond (1 VI 1948), był też prymas Józef Glemp (23 V 1993), w 1971 modlił się tu ks. kardynał Karol Wojtyła, a w 1999 tenże - papież Jan Paweł II.
Świątynia doczekała się niezwykle wnikliwej monografii architektonicznej prof. Jerzego Kowalczyka (1968), albumu (2007 wyd. 2) oraz popularnego przewodnika. Każdego roku odwiedzana jest przez dziesiątki tysięcy turystów. Kilkakrotnie doszło do publicznej prezentacji jej skarbów, m.in. zbioru bezcennych szat kościelnych (z inicjatywy W. Zina 13 IX 1970). W 1987 otwarte zostało przy Kolegiacie Muzeum Sakralne.
Koncertowali tu wybitni polscy kompozytorzy Feliks Nowowiejski (1936) i Krzysztof Penderecki (2001, To wielka przyjemność grać w tak cudownej katedrze i dodatku z taką akustyką). Słynni artyści występowali tu ramach Tygodnia Kultury Chrześcijańskiej. Od 1980 w Kolegiacie odbywa się część koncertów Zamojskich Dni Muzyki, w czasie których wysłuchać można było europejskiej sławy chóru "Cantores Minores Vratislaviensis", znanych orkiestr symfonicznych, wybitnych organistów, jak np. Feliks Rączkowski. W 1976 po raz pierwszy w murach świątyni wystąpił zespół "mocnego uderzenia" (z Drezna). W 1990 koncertował Czesław Niemen.

KATEDRA - ZABYTKOWA ARCHITEKTURA
KATEDRA - ZABYTKOWE WNĘTRZE  
KATEDRALNE PREZBITERIUM

KATEDRALNE KAPLICE
KATEDRALNY CHÓR
 
KATEDRA - CMENTARZ PRZYKATEDRALNE
DZWONNICA KATEDRALNA
KATEDRALNE OBRAZY
KATEDRA - IKONOGRAFIA


* Architektura kościoła jest także piękna, ale w nowszym guście. Powiadano nam, że cały był wewnątrz malowany, ale W.Ks. Konstanty nielubowiciel sztuk pięknych, kazał wszystko zamalować i kościół jest tylko czysto wybielony. (ze wspomnień Ignacego Maciejowskiego żołnierza gen. Dwernickiego, 1831)
 * Kollegiata, pyszna to świątynia Pańska.  Pod względem  architektury, obszerności, bogactwa, niewątpliwie do pierwszych należy  w Lubelskiem. ("Kronika Wydarzeń Krajowych" 1859 nr 42)
 * Po odnowieniu na rozkaz ks. Konstantego -  Wewnątrz zaledwie, że te same mury i kilka dawnych nagrobków pozostało. Ołtarze powleczono białą farbą; liczne obrazy rozmaitej treści, nawet familijne domu Zamoyskich, wyrzucono, obicia aksamitne, czerwone, gęsto galonami złotemi obszyte, usunięto, a cały kościół elegancko wybielony, dawną swą postać poważną i przemawiającą do serca i wyobraźni modlących się, na zawsze utracił. ("Tygodnik Katolicki" z 1872)
 * 17 VII 1875 rozpoczęto odnawianie Kolegiaty, ale po interwencji u prawosławnego archireja zostało przerwano.
 * Kolegiatę, tę szacowną świątynię – Niemcy – ci mający tak pełne gęby frazesów o bolszewickich prześladowaniach religijnych, ci obrońcy kultury zachodu zachodniej zamienili na brudne składy towarowe. ("Rzeczpospolita" z 30 VIII 1943).
 !!! Lat temu kilka – kolegiata brudna i ponura wszakże poważna stała, ołtarz z marmuru i srebra, kaplica Zamoyskich z dekoracją jak pałac Dożów, drzwi do grobów pokryte kurzem, opuszczone, udrapowane pajęczyną… Aż prałaci wzięli się do odnawiania, no i odnowili ten w liniach szlachetny gmach. Krzyczą ściany i kapliczki domu bożego. Obielono gmach, jak się bieli spichrz bez uwzględnienia sztukaterii, wymalowano od łokcia co się wymalować dało, odrobiono na model największej niemożliwości anatomicznej posążki, na wzór afisza Variete ucharakteryzowano, wyzłocono, wysrebrzono (…). Warto zobaczyć, jak święte podnoszą suknie do kolan, pokazują niebieską pończochę, świecą klamrami pantofli, łyskają cielistym biustem. ("Kurier" nr 44 z 23 II 1910).