Dawny kościół reformatów p.w. św. Piotra z Alkantary. Wykorzystywany ostatnio jako teatr, 18 VII 1922 oddany został na potrzeby duszpasterstwa szkolnego. W 1923-27 staraniem ks. Henryka Cybulskiego, z pomocą młodzieży całkowicie wyremontowany, z nowym ołtarzem, 4 IX 1927 rekoncyliowany, jako kościół gimnazjalny p. w. św. Katarzyny, od 1936 całej zamojskiej młodzieży szkolnej. 7 IX 1938 sprowadzono relikwię św. Andrzeja Boboli (udział 30 tys. wiernych) - cząstkę  kości  złożono w bocznym ołtarzu po prawej stronie. W 1939 ukrywany tu był "Hołd Pruski" Jana Matejki. W czasie okupacji kościół pełnił funkcje parafialne. Przez ponad 40 lat rektorem był ks. Mieczysław Michalski. W 1952 dobudowano zakrystię (proj. Adam Klimek).
Kościół pozbawiony został większości pierwotnych cech architektonicznych, poza sklepieniami, chórem na 3 arkadach z kolumnami. Posiada drewniane ołtarze, w głównym późnobarokowy obraz z 1 poł. XVIII w. patronki przed Madonną z Dzieciątkiem oraz figury świętych i aniołów pochodzące z dawnego kościoła św. Katarzyny. Ołtarze boczne otrzymały wezwanie Serca pana Jezusa i  oraz MB Częstochowskiej (wykonali, tak jak ambonę, zamojscy rzemieślnicy).
W prezbiterium znajdują się obrazy, stronie zach.: św. Hubert Edwarda Kopcińskiego (fund. w 1931 myśliwi), św. Jan Kanty Wacława Palessy i Włodzimierza Bartoszewicza z Bractwa św. Łukasza (1930 z polecenia Pruszkowskiego, za 500 zł), po drugiej współczesny z Janem Pawłem II i Stefanem kard. Wyszyńskim oraz św. Piotr z Alkantary (obydwa mal. Jan Szarlip). W ołtarzach bocznych: św. Teresa (1934) i św. Andrzej Bobola Zofii Twardoszowej (wg sygnatury Ł. Bałzukiewicz - prawdopodobnie konserwowany przez nią), Św. Piotr z Alkantary nn autora oraz obrazy Łucji Bałzukiewicz św. Józef z Dzieciątkiem (1959), także jej Najśw. Serce Jezusa i Niepokalane Serce Maryi  (1957), Miłosierdzie Boże i MB Częstochowska.
Żyrandole pochodzą z ...kasyna garnizonowego (uratowali je p. Bojarczukowie). Kościół posiada 15-głosowe organy (F. Biernacki, 1958, wcześniejsze z Kolegiaty) i dzwon (osobne hasło: Dzwony). Ambonę wykonała szkoła rzemieślnicza, konfesjonały i chorągwie zakupiono w l. 60-tych. Znajduje się też pomnik nauczycieli i uczniów gimnazjów i liczne tablice pamiątkowe (osobne hasło). W poł. l. 90. przeprowadzono renowację kościoła (z braku środków zaproponowano nawet kościół reformatom). W 1997 odtworzono domniemany pierwotny wygląd elewacji, dachu i szczytów (proj. Jan Radzik), odnowiono wnętrze (J. Radzik, S. Ćwierz).
W 2004 otwarto w dolnym kościele proj. przez B. Smyrskiego Kaplicę Katyńską (osobne hasło). Wcześniej stanął przy kościele Krzyż Katyński. W 2005 otwarcie kościoła po 1,5 rocznym remoncie połączono z przekazaniem relikwii św. Teresy. W realizacji jest Kalwaria Zamojska z 14 stacjami (proj. S. Ćwierz). Od II 2008 raz w miesiącu odprawiane msze trydenckie. Przez kilkadziesiąt lat służyła w kościele pochodząca z Adamowa zakrystianka Janina Momot (1923-2011).
Obrazy: J. Szarlipa, E. Kopcińskiego, W. Malessy i W. Bartoszewicza, Z. Twardoszowej i nn autora, w drugim rzędzie obrazy Łucji Bałzukiewicz.

 * Nie znane są wymieniane w publikacjach obrazy z lat międzywojennych: posiedzenie senatu akademickiego pod przewodnictwem św. Jana Kantego św. Feliksa Podobińskiego św. Józefata Kuncewicza i Hołd młodzieży szkolnej przed Chrystusem Czesława Kiełbińskiego.
 * W 1995 przy kościele św. Katarzyny działał Legion Maryi, Rycerstwo Niepokalanej, Krucjata Modlitwy w Obronie Poczętych Dzieci, III Zakon Franciszkański, Pomocnicy Matki Kościoła. Wspólnota Najświętszej Krwi Chrystusa.