W czasie okupacji była księgarnia niemiecka (ul. Żeromskiego 6) i ukraińska (ul. Staszica 25). W V 1941 powstała Hurtownia Materiałów Piśmiennych i Księgarskich, którą 9 IV 1947 przekształcono w Księgarnię Spółdzielczą "Szkolnicę" przejęła sklep  J. Rodaka przy ul. Bazyliańskiej 9 posiadała filię w Szczebrzeszynie i Hrubieszowie.
W IX 1948 otwarto nową księgarnię  mieszczącą w domu Marońskiego (ul. Żeromskiego 5), od 1952 w Domu Centralnym, w lokalu wykupionym od M. Klaudelowej, gdzie po modernizacjach i powiększeniu mieści się do dzisiaj. Było tam wówczas na składzie przeważnie ok. 400 tytułów książek, zwykle w niewielkich ilościach. 4 III 1950 zlikwidowano "Szkolnicę", a jej obydwa sklepy przejął nowo utworzony "Dom Książki". Przez pewien czas w l. 50. był sklep "DK" na Nowym Mieście (Księgarnie "Domu Książki"). "W 1945-47 była też księgarnia Spółdz. Wydawniczej "Książka" (ul. Kościuszki 9). W 1945 miał tu filię swojej księgarni w Tomaszowie E. Witkowski.
"Półksięgarski" charakter ma również otwarty w 1954 sklep "Veritas" (pocz. w wikarówce, od 1973 w biurowcu "Paxu'). Praktycznie jednak do l. 70 była w Zamościu tylko jedna księgarnia. W l. 60. znaną na terenie miasta postacią był Bronisław Świtalski, księgarz-kolporter (stoisko w holu kina, latem na powietrzu, przy ul. Akademickiej). Starsi zamościanie wspominają także w długim podcieniu taborety z rozłożonymi starymi książkami.
Kolejne księgarnie powstawały dopiero w l. 70. - przy Klubie Oficerskim (1970-95) i Klubie MPiK (1977-96) oraz następna placówka "Domu Książki" (1976). Otwarto w niej stoisko antykwaryczne. W 1981 przy ul. Staszica 21 otwarty został antykwariat (Antykwariaty). Sprzedaż książek prowadzi także Kolegiata (od 1984 Apostolstwo Książki Katolickiej), sklep papierniczy DK przy ul. Grodzkiej (1985), "Książnica Zamojska" Tow. Miłośników. Książki (od 1986 w bibliotece miejskiej, a także od 1988 w DT "Łukasz", 1989-95 DT "Tomasz", od 1990 przy Rynku Wielkim 3 potem 1991-92 ul. Akademicka 4, do 1993 Rynek Wielki 9, 1991-95 w pawilonie GS), "Solidarność" (od 1 XII 1989 przy Pl. Stefanidesa), później Niezależnego Ośrodka Kultury i ob. spółki "Attyla". W 1990-94 dużą "Księgarnię Hetmańską" prowadził lubelski księgarz i antykwariusz Marek Gacka (DT "Hetman", pod koniec przy ul. Piłsudskiego 4). W 1991-2003 przy Rynku Wielkim 3 była księgarnia tomaszowskiej s-ki "Agora". W 1992 powstała na krótko księgarnia "Bajka" (d. koszary).
1 III 1990 antykwariat DK stał się księgarnią ajencyjną (ze stoiskiem antykwarycznym), następnie prywatną - G. Furmańczuk. 20 VII 1990 powstała także księgarnia s-ki "Ecu" (ul. Staszica 9), od 1 VII 1991 księgarnia im. B. Leśmiana (ul. Zamenhofa 9). W 2010-2012 czynna Księgarnia "Efemeros".
W 1991 było w mieście 9 księgarń, na pocz. 1996 na Starym Mieście 8 (ul. Żeromskiego, Grodzka, Zamenhofa, Staszica 23, Rynek Wielki 3 i 6, Pl. Stefanidesa i biblioteka). Stoiska księgarskie istniały w "Łukaszu" i "Tomaszu" , dawniej także w "Snopie", obecnie książki sprzedawane są w supermarketach. Krótko czynne były małe księgarnie na Nowym Rynku, przy ul. Partyzantów 78 i w amfiteatrze ("Sztubak" 1992). W poł. l. 90. była Hurtownia KAW (ul. Okrzei 32). W 1998 otwarto w starym zajeździe księgarnię "Opoka" (Nowe Miasto), w 1999 księgarnię prawniczą (Koszary, ob. Kolegiacka 2 - filia lubelskiej księgarni "Iuris Prudentia"), w 2001 księgarnię językową "Print" (ul. Bazyliańska).
Jest jeszcze od od 2001 księgarnia Krasnowskich (Lwowska) z magazynem wysyłkowym "Junior" przy ul. Przemysłowej, od 2006 "Ezop" przy ul. Ogrodowej, i od 2007 "Zamościanka" przy Pl. Stefanidesa, ob. Łukasińskiego, od 2009 Małgorzaty Prus przy ul. Piłsudskiego 17. Od 2011 działa księgarnia sieci "Matras" w Galerii Twierdza.