Otwarte 1 IX 1784 w miejsce skasowanej Akademii Zamojskiej, czynne do 1809. Cesarz uczynił wyjątek i w dowód uznania ustanowił kuratorem rządowej szkoły Andrzeja Zamoyskiego, który otoczył liceum opieką, a nawet starał się bezskutecznie przejąć pod swoje skrzydła również gimnazjum. Studia trwały tylko 2 lata. W 1804 uczęszczało do liceum 116 słuchaczy (klasa fizyki i matematyki 42, logiki 74). W zakres nauki wchodził 2-letni kurs filozofii. Ponadto ordynat finansował szkołę rysunków (82) i naukę języka francuskiego (28). Naukę rysunków i architekturę wykładano po polsku codziennie 2 godziny, nadobowiązkową uprawę ziemi i technologię. lekcje trwały od 8 do 16. Na czele liceum początkowo stał dyrektor (Niemiec, chudy, wysoki, z harcapem, mówiący tylko po niemiecku i nienawidzący Polaków), opiekun uczniów i 2 profesorów, w początkowej było 3 nauczycieli, katecheta i 3 pomocników nauczycieli a ponadto 2 nauczycieli matematyki. Przy Liceum powstał zawiązek pierwszej w kraju szkoły technicznej (Szkoła politechniczna). Liceum posiadało muzeum narzędzi fizycznych i matematycznych, laboratorium chemiczne, gabinet zwierząt ssących i ptaków (ponad 20) oraz mineralogiczny (902 szt.). Codziennie czynna była biblioteka.
Najwybitniejszymi profesorami liceum byli: Bazyli Kukolnik (osobne hasło) i Wojciech Gutkowski, a także Jan Hoffman (osobne hasło) - wykładał fizykę i historię, prof. Uniwersytetu W-wskiego (autor memoriału w sprawie reform szkolnictwa zawodowego, prace z dziedziny chemii i technologii); Józef Królikowski - uczeń i nauczyciel liceum literat, językoznawca i teoretyk literatury, Jan Królikowski - malarz, uczył  rysunków, Józef Zappe - autor Mineralogisches Handlexicon (Wien 1817), Stefan Kertesz - Węgier, Michał Winnicki - Rusin i P. Romanowski, Benedykt Ittar - Włoch.
Absolwentami szkoły byli m.in. Jan Siestrzyński - twórca metody nauczania głuchoniemych, pierwszy litograf polski, Ignacy Fijałkowski - znany uczony, lekarz ginekolog i wybitny erudyta, Hieronim Kaliński - poeta, tłumacz, senator, Leon Laurysiewicz rektor UJ, prezes Tow. Naukowego. Do liceum dopuszczani byli też Żydzi.
W ostatnich latach Liceum funkcjonowało jako Szkoła Wojewódzka im. Zamoyskich, przyszła szkoła w Szczebrzeszynie.