W 1578 Jan Zamoyski osiągnął szczyt drabiny społecznej (kanclerstwo, ślub z Radziwiłłówną), mieszkał jednak ciągle w starym, z czasem murowanym zameczku w Skokówce. Wtedy właśnie postanowił wznieść nową rezydencję. Zatrudnił 1 VII 1578 architekta Bernarda Moranda.
Decyzja o budowie miasta, a nie tylko uzgodnionego pałacu zapadła późną wiosną 1579 i podjęta została korespondencyjnie (wyperswadowano Zamoyskiemu miejsce na terenie Żdanowa - jak mówi legenda - za wsią na Białej Górze). Było to niewielkie wyniesienie - wyspa Ostrów w zlewisku dwu rzek, która od południa przechodziła w tzw. Kępę Stawową. Wg "szkoły krakowskiej" pałac powstał w miejscu rozebranego skokowskiego zameczku, a więc w poprzek Starówki płynąć miała rzeka! zob. Średniowieczny Zamość Z końcem 1979 B. Morando przedstawił gotowy plan miasta (malowanie rozmieszczenia placu na miasteczko), prawdopodobnie później modyfikowany - "Miasto idealne". Jesienią rozmierzono Przedmieście Lwowskie, wzniesiono pierwsze drewniane domy i rozpoczęto prace przy pałacu zob. Budownictwo 1579-1605 Zakończeniem fazy przygotowawczej było ogłoszenie w 1580 aktu lokacyjnego. Zamość lokowany (założony) został na prawie magdeburskim (niemieckim).
Od 1581 wznoszono domy z funduszy Zamoyskiego. Ustanowiony został zasadźca - wójt Wojciech Wnuk. Pierwsi osadnicy przybywali m.in. z Gdańska, Lwowa, Warszawy, Torunia, Lublina, Sandomierza, Kazimierza Dolnego, Garwolina, Sulejowa, Chęcin, a nawet z zagranicy. Od 1585 Zamość otworzony został także dla innych wyznań (Ormianie, potem Grecy, Żydzi). Otwarcie to nie dotyczyło prawosławnych Rusinów, gdyż nie byli obcym wyznaniem, lecz  rodzimym żywiołem ówczesnej Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Rzecz znamienna, przed samym założeniem Zamościa egzystowały na tym terenie, obok siebie drewniany kościółek i cerkiewka. Rusini zasiedli zwłaszcza przedmieścia.
Werbunek prowadzili słudzy kanclerza, wzywano do osiedlania pisząc listy do innych miast (tym sposobem niemałą liczbę sprowadzono). Lokację organizacyjno-prawną zakończyło wydanie w 1585 przywileju królewskiego, w tym czasie kończono również lokację przestrzenną miasta. Początki Zamościa.

 * Vanozzi - Miasto Zamość założył pan kanclerz z powodu, że się w tej okolicy urodził.
 * Mosze de Mosze Kohen do brata - Zamoyski powiada, że chce obsadzić swoje nowe miasto, które bardzo będzie lepsze aniżeli Lwów, albowiem jest pośród Królestwa i jest w pięknem położeniu i cztery mile od portu, który bieży do Warszawy i do Gdańska, i miejsca tu dostać można  na budowanie domów i pola do tego dostatek darmo, a we Lwowie to bardzo drogo. (...) A mieszczanie mają przywilejów, co chcą i Pan jest tak dobry człowiek, że i kamienie się garną do niego, a cóż ludzie. A jeśliżeby tam byli, którzyby się chcieli osadzić w Zamościu, tedy będą mieli plac i wszelakie wolności. ((W. Łoziński, Patrycjat i mieszczaństwo lwowskie..., 1890)