Wielkim protektorem medycyny był Jan Zamoyski - utworzył katedrę medycyny w Akademii, finansował studia medyczne w Padwie. Zamoyski - jak pisze W. Maciejowski - że na wszystko zwracał bystrą uwagę, sprowadzał  i uczonych lekarzy do swego miasta, ale krótko w jego Akademii trwała sława medycznego wydziału.
W Zamościu ukazały się interesujące prace medyczne z zakresu osteologii De ossibus J. Ursinusa (1610) wprowadzającego do ponad 300 polskich terminów koścca i balneologii O cieplicach E. Syksta (1617), o epidemiach Piotra Ciachowskiego Księgi o powietrzu (1 p. XVII w.) i Wojciecha Szylarskiego (kanonik lwowski) Nauka krótka o powietrzu morowym, z opisaniem... (1705), poradniki medyczne Waddinga Vade mecum medicum, to jest krótkie y doświadczone sposoby leczenia różnych chorób męskich białogłowskich, dziecinnych, o pulsach, urynach, o krwi puszczaniu, o powietrzu etc. z przydatkiem apteki domowej, które mając przy sobie, każdy nie tylko sobie ale i bliskiemu poradzić może (1724, wcześniej w 1721 w Częstochowie, 340 s.), Pawła Biretowskiego Wiadomość ciekawą... o skutkach i mocy zbóż wszelkich, jarzyn i ziół różnych, tak ogrodowych jak i polnych... (1772, wcześniej w Łowiczu, s. 217), Jerzego Berkele'a Dwa sekreta doświadczone (1747).
W Akademii dużo wysiłku wzniecenie życia na wydziale medycyny, wykładali tam późniejsi lekarze nadworni: Alojzy Anzelieri z Florencji (XVII w.), Jan Leoniceus z Padwy (1648) - wykładał anatomię, Krzysztof Cyboni (k. XVIII w.), i Jan Awedyk - doktorat w Rzymie (XVIII w.) oraz Anioł Legrentius z Wenecji (krótko w 1708). W swoich pamiętnikach 15 jednostek chorobowych opisał Bazyli Rudomicz (znał łącznie 60 takich jednostek). Doktorat z medycyny uzyskał w Zamościu Stanisław Niewieski (1676) i prowincjał bonifratrów (1765). W 1674 w Bibliotece Akademii było ok. 500 dzieł medycznych. Znany komediopisarz oświeceniowy Franciszek Zabłocki bohaterem Doktora lubelskiego  (1781), jako symbol zacofania uczynił dra Receptę, który swe wiadomości medyczne zawdzięczał Akademii Zamojskiej.
Współcześnie 12 prac głównie w "Polskim Przeglądzie Chirurgicznym" opublikował Edmund Jasiński, a obecnie z zamojskich lekarzy największe osiągnięcia naukowe notuje prof. Krzysztof Marczewski, dr hab. Andrzej Kleinrok autor ok. 60 prac z zakresu kardiologii (1998), dr Marek Durakiewicz. Od 2015 w Szpitalu Jana Pawła II pracuje dwóch profesorów medycyny (K. Marczewski, A. Kutarski). W Zamościu odbywały się zjazdy chirurgów i laryngologów (1980), oraz stomatologów (1986). Osobne hasło: Lekarze. W maju 2006 odbył się wielki zjazd naukowo-szkoleniowy ultrasonografów.


 * Medyczne rady  Barbary Zamoyskiej z listów do syna Tomasza (18 V 1609) - Rozumiałam, żeś ty jusz ospe odprawił, ale mało jej coś było, dobrze-ć to, że w tych leciech przyszła, kiedy byś jeszcze mało bardzo niebezpieczna. Jednak ja rozumiem, że to odra nie ospa, nie trwa odra jeno do trzeciego dnia. To co piszę do pana Średzińskiego  czyń i to pij, dlatego, żeby i przecie szła ospa nie wszystka na wierzch. A w cieple leż, zimna i wiatru się strzeż, wodą ani rąk nie maczaj, ażebyś zatwardzenia ni miał, tem szafirem często pociraj oczy, uszy, nos, usta i tą wodą szafranną, abysz się tam ospa nie sypała. Nie masz nic niebezpiecznego, jenosz szanowania trzeba! Piwa zimnego nie pij, kasz go odleżeć. Gdy rok wcześniej spadł z konia i żadnego bólu ponoć nie czuł, matka pisała, że profilaktycznie dobrze się kamienia [?] w winie zaliwie napić albo wolbrotu [tranu].
 * Mimo uznanych przez współczesnych umiejętności medycznych Bazylego Rudomicza, charakteryzowały je np. wiara w szczególne znaczenie wpływu księżyca, w to że reumatyzm powoduje jakaś nieznana substancja chorobotwórcza, wrzody inna rozproszona, krążąca w organizmie materia, z niewiadomych przyczyn skupiająca czasami w jednym miejscu, a choroby oczu materia catcharchoza.
 * Pełny tytuł pracy Pawła Biretowskiego - Wiadomość ciekawa, każdemu wielce potrzebna, o skutkach, y mocy zbóż wszelkich, iarzyn, y ziół rożnych tak ogrodowych, iako y polnych. Iakie skutki, y pozytki przynoszą człowiekowi w rożnych okolicznościach, osobliwie na poratowanie zdrowia ludzkiego służąca, z poważnych autorów dla wygody ludzkiey krótko zebrana nayprzód Roku Pańskiego 1769 w Łowiczu wydrukowana, a teraz z rozkazu [...] Iana Ordynata Zamoyskiego [...] przedrukowana. Zamość 1772. W Drukarni Akademic. 8, s. [2], 255, [20]. Od s. 190 Addytament pierwszy sekretow JMści Pana Hirneysa wielce sławnego cesarskiego doktora. Dla poratowania w rożnych paroxyzmach zdrowia ludzkiego bardzo pożyteczny, a wielkiemu iego przyjacielowi kommunikowany, od s. 230 Addytament drugi osobliwszych, a bardzo pożytecznych ciekawości, do domowych potrzeb y wygód należących. Na końcu rejestr ziół i zbóż oraz chorób i lekarstw na nie. Krosty na głowie iątrzące goią, y spędzaią otręby co naymieley utłuczone, a z miodem plastrowane. Cwikła biała żołądkowi użyteczna, y stolec pobudza w miodzie pitnym warzona, y mleka obficie mamkom daie, także śledzionę zamuloną otwiera, surowo z octem albo z gorczycą używana.

 * Działo się to  to 23 III 1765 - wszedł na katedrę Jan Nepomucen Awedyk doktor medycyny i professor zamojski i mówił długo o tem, jaki to powinien być doktor mianowicie według Hippokrata, potem wychwalał naukę i metodę księdza Paschala i jego zakonne prace. Potem zadał mu temata, wręczył oznaki nowej dostojności, i ogłosił Paschala doktorem.
Doktor Recepta z komedii F. Zabłockiego Doktor Lubelski - Byłem na jednem posłuchaniu z pewnem doktorem niedawno wyzwolonym w Lomdynie. I cóż ten Londyn. Niech wie o tym ten zuchwały śmiałek, że ja licencjonowałem się w Zamościu. Nieboszczyk ś,p. Duńczewski, wielki był mój przyjaciel.