Ustanowiona została w 1589 przez Sejm na prośbę Jana Zamoyskiego. W jej skład weszły 2 miasta i 39 wsi (6 majętności i 2 starostwa). Włączano do niej kolejno nabywane dobra, m.in. wielką włość szczebrzeską. W 1605 ordynacja miała obszar 3710 km2 z 6 miastami i 149 wsiami, tworzącymi 10 tzw. kluczy. Oprócz Zamościa, należały do niej: Tarnogród (od Tarnowskich), Szczebrzeszyn (od Górków), Turobin i Goraj (od Gorajskich), Kraśnik (od Radziwiłłów). Później nadano jeszcze prawa miejskie innym miejscowościom: Tomaszów (1622), Janów (1640), Krzeszów (1641) i Józefów (1725). Nazywana była "państwem zamojskim".
Kryzys przeżywała ordynacja bo bezpotomnej śmierci III ordynata (osobne hasło: Ordynacja bez ordynata). Również kwestie majątkowe doprowadzały do kryzysu, grożącego likwidacją ordynacji, doszło nawet w 1751 do zajazdu w jej obronie i odcięcia miasta od świata. Roczny deficyt majątku ordynacji wynosiły wtedy 435 tys. zł. Po zaborze znalazła się w dwu państwach (przysięgę składali ordynaci w obu częściach - Turobinie i Zamościu). Od 1783 w myśl nowej struktury dzieliła się na 26 kluczy (klucz to 4 - 8 folwarków) i 6 dóbr. W 1800 liczyła 10 miast i 195 wsi (w Galicji większe posiadłości posiadali Potoccy, Lubomirscy i Radziwiłłowie, a za Zamoyskimi znajdowali się Ossolińscy, Mniszchowie i Cetnerowie). W 1820 Zamość wyłączony został z ordynacji (Upaństwowienie Zamościa). Zarząd ordynacji przeniesiono do Zwierzyńca - gdzie urzędował plenipotent generalny, a rezydencję do Klemensowa. Przez kilkadziesiąt lat ordynaci przebywali z dala od ordynacji, nierzadko za granicą. Posiadali w Warszawie Pałac Błękitny, z cenną Biblioteką Ordynacji Zamojskiej przy nim. Duże dochody przynosiło leśnictwo i dobrze rozwinięty przemysł. W 1937 została całkowicie oddłużona. Po reformie uwłaszczeniowej zmniejszył się znacznie obszar ordynacji. W 1938 liczyła 1910 km2 i była największą własnością obszarniczą w kraju.
Kres ordynacji położyła reforma rolna PKWN (dekret z 6 IX 1944) - Jan Zamoyski wcześniej opuścił Zwierzyniec, przenosząc się do Ojcowa (nie miałem ochoty witać gości, których nie zapraszałem).

 * Ordynacja - majątek, niepodzielny, dziedziczony przez najstarszego potomka, a nie równo między wszystkich. Pierwsza ordynacja powstała w Hiszpanii (1505). W Polsce mniej liczne, zamojską ordynację utworzono jako drugą, po radziwiłłowskiej (1586);
 * Ordynacja zamojska przy niskiej cenie ziemi przed wojną warta była około miliarda przedwojennych złotych. Było to 62 tys. hektarów ziemi, dziesiątki zakładów przemysłowych, setki domów, samych folwarków było 14. Na dzisiejsze pieniądze byłoby to ok. 5 miliardów nowych złotych (Jan Zamoyski w wywiadzie do "Agory" z 1999)
 * Któregoś dnia w Łowiczu zatrzymał się Jan Zamoyski. Byliśmy z prof. Kolankowskim i z nim na wspólnym obiedzie. W czasie rozmowy powiedział: "Sprawdziła się przepowiednia, która przekazywana była w naszej rodzinie, że ordynacja zaczęła się od Jana Zamoyskiego i na Janie się skończy. Ja jestem ostatnim" (rozmowa z prof. Lorentzem, ""Literatura" z 12 VII 1978)
 * 30 grudnia 1944 Ordynacja przestała istnieć - zameldował Komitetowi Wojewódzkiemu PPR pełnomocnik ds reformy rolnej w powiecie zamojskim Stefan Fudko (z wywiadu do "Kameny" w 1974)
 * Na Wawelu znajduje się chorągiew ordynacka (awers MB, rewers h. Jelita), eksponowana na słynnej wystawie w Zamku Królewskim.