Tworzył ją otoczony napisem herb nazwany w przywileju znakiem pieczętnym. Najstarsza znana pieczęć miasta pochodzi z 1605 i ma w otoku napis Sigilium Consulatus Civita Zamocziae - w środku św. Tomasz i owalna tarcza z herbem Jelita.
Po przejściu miasta pod władzę Austrii herb w pieczęci miasta pozbawiony został herbowych włóczni zamiast których św. Tomasz otrzymał księgę (Sigilium Magistrate Civitatis Zamoscensis)