Najstarszy szpital istniał już w końcu XVI w. przy kościele św. Krzyża (na przeciwko, czyli po drugiej stronie ulicy?), gdzie w 2 izbach przebywało 18 "biednych". Opiekowali się nimi franciszkanie. W 1591 wymieniany był też podobny szpital między Kolegiatą i murami (w innym miejscu wzmiankowany jest wzniesiony w 1602 obok kolegiaty obszerny szpital forteczny). Zarząd nad miejskimi szpitalami sprawowała Kolegiata, od 1622 przez naznaczonych prowizorów, a od 1710 przez ustanowionego prepozyta kościelnego. Ówczesne szpitale były właściwie przytułkami dla ubogich, korzystającymi z łask licznych dobroczyńców (biedni zaproszeni na obiad mieli prześpiewawszy Bogarodzicę wracać do przytułku). W 1635 przy ul. Gęsiej wybudowano drugi przytułek (dom o 3 oknach kryty słomą), w 1709 umieszczony w nowym drewnianym budynku o 2 izbach, z folwarkiem szpitalnym obok (1764).
W murach twierdzy działał lazaret wojskowy (4 izby, spalony w 1772), szpital przy kościele ormiańskim (1637-97), ruski przy cerkwi św. Mikołaja (1635-1712), szpital konfraterii niemieckiej (1695-1707) oraz żydowski przytułek przy bożnicy zw. hekdysz.
Od XVII w. istniał również przytułek przy cerkwi podmiejskiej. Na przedmieściu przy ul. Kozackiej był też szpitalik żydowski, a w mieście w pobliżu Rynku Solnego - ormiański. W 1660 zgodnie ze swym powołaniem, bonifratrzy otwarli szpital przy klasztorze, który miał już zapewne charakter lecznicy (wyłącznie dla mężczyzn, do 30 chorych). W 1709 wystawiono również przytułek przy nowym kościele św. Katarzyny (2 izby i komory, również jednak podupadły, a w 1811 z rozwojem fortyfikacji rozebrany.
W 1750 prepozyt szpitalny zarządzał szpitalami w murach miasta (obok franciszkanów) i podmiejskim pod nazwiskiem N. Panny Loretańskiej obszerny z drzewa dobrego i z chałupą (obok kościoła Loretańskiego, pod nr 25), który w 1774-75 zastąpiono nowym o 5 izbach z komorą, na kilkanaście osób, z mieszkaniem księdza, z piecami kaflowymi zielonymi i białymi, gankiem z obrazem św. Anny (budował cieśla Kiełb i murarz Rosołek). Obok też jednoizbowa chałupka pokryta słomą. W 1808 podano odreperowany nowymi gontami, następnego roku  spłonął. W 1775 stanął nowy murowany szpital kolegiacki - ob. poczta przy ul. Kościuszki. 
W 1784 bonifratrów zastąpiły szarytki (Siostry Miłosierdzia), przejmując po upadłym szpitalu klasztornym 16 chorych i trochę zniszczonych sprzętów. W 1788-1812 szpital szarytek mieścił się w dawnym klasztorze klarysek, gdzie pod opieką przeważnie 3 zakonnic przebywało zwykle ok. 50 chorych (rocznie do 500), zwykle niższych warstw, jak wyrobnicy, żebracy, włościanie, osoby pozostające na służbie, jałmużnicy, nieliczni rzemieślnicy, policjant, strażnik, a nawet ...Murzyn. W ciągu ostatnich dwu lat zmarło tam  48 pacjentów. W 1786 utworzono wzorem Lwowa Instytut Ubogich, którego funkcja pokrywała się po części z ówczesnymi szpitalami (osobne hasło: Przytułki).
W 1 ćw. XIX doszło do likwidacji szpitali podmiejskich. Miasto nabrało charakteru wojskowego i zastąpiły je lazarety. W 1800-84 funkcjonował szpital żydowski. W 1826 wybudowano nowy miejski szpital św. Łazarza, w 1886 zastąpiony przez  szpital św. Mikołaja.
Przed I wojną w pobliżu Majdanu był szpital kozacki. Przy końcu 1914 działały szpitale polowe nr 105 i 404 (po 210 miejsc), zastąpiony przez szpital nr 275 (do 4 I 1915). W 1918 szpital rezerwowy na terenie koszar przyjął 300 chorych jeńców rosyjskich. W 1918-25 czynny był także duży  szpital wojskowy. Od 1919 przy ul. Orlej funkcjonował szpital epidemiologiczny.
Pod koniec l. 30. czynny był także prywatny oddział szpitalny dra Stanisława Korczaka.
W czasie wojny doraźnie dla rannych zajmowano inne obiekty: szkołę nr 1 (1914, 1939), gimnazjum (1915, 1939), pałac (1939, 1944), ubezpieczalnię (1939, 1944), kino "Stylowy" (1939), kamienicę Jachymka (1939), d. liceum żydowskie i internaty (1944), kamienicę Marciniewicza przy ul. Orlicz-Dreszera (1944 - 1945). Przez Zamość miało przejść 6 tys. rannych. W 1939 funkcjonowało tu wojskowe Centrum Szpitalne "Zamość". W 1942-44 był też szpital jeniecki, a przejściowo przy getcie szpital żydowski (ul. Ogrodowa).Natomiast w 1945 Wojskowy Szpital Rozdzielczy nr 67.
Szpital św. Mikołaja - po I wojnie świat. Powiatowy, od 1976 funkcjonował jako Wojewódzki Szpital Zespolony. W 1996 WSZ był jednym z największych w kraju: podlegał mu również szpital w Szczebrzeszynie, 9 wojew. przychodni specjalistycznych, 6 przychodni rejonowych (w tym Szczebrzeszyn i Zwierzyniec), 5 przychodni między- i przyzakładowych, 28 podzamojskich ośrodków zdrowia, razem 2473 etaty, przyjmując 14% pacjentów z poza terenu. W 1998-2004 działał jako Samodzielny Publiczny Wojew. Szpital Zespolony, ob. Zamojski Szpital Niepubliczny Sp. z o.o. 
Do nowego szpitala przymierzano się w czasach powiatowych, w 1974 podjęto starania o budowę szpitala okręgowego, następnego roku przygotowano założenia dla szpitala o 793 łóżkach, ze szkołą medyczną, m.in. z  pawilonem zakaźnym i psychiatrycznym, przy ul. Krasnobrodzkiej. Ostatecznie jako wojewódzki przy ul. Hrubieszowskiej. Rozpoczęto budowę, w międzyczasie szpital przeprojektowano, później pojawiła się koncepcja filii szpitala CZD, zrezygnowano m.in. ze szkoły. Ostatecznie funkcje użytkowe zdefiniowano w 1981. Od 1993 czynny jest cieszący się opinią jednego z najlepszych w Polsce Szpital Wojewódzki im. Jana Pawła II.