Zajmuje obszar 18,5 ha (obiekty 5,2 ha), przy Al. Jana Pawła II, przedtem ul. Legionów (początkowo rozważano lokalizację za "Autonaprawą"). Budowę rozpoczęto w 1978. W 1980-81 szpital realizowano  jako Pomnik Dzieci Zamojszczyzny - filię CZD (uchwała z 29 III 1980), zmieniono też projekt na tzw. sieradzki (300 łóżek, hotel 150 m., mieszkań dla pracowników), rząd unieważnia jednak swoją decyzję. Budowa na dobre ruszyła w 1982.
Utworzony został 11 II 1989, dokładnie w 3 miesiące później otrzymując uchwałą WRN imię Jana Pawła II (od 1996 tablica). W 1989 powstała Fundacja Szpitala z Janem Zamoyskim na czele. Najwyższa część posiada 8 kondygnacji zewnętrznych oraz dwie podziemne, tzw. bok A (łóżkowy) prawie 100 m długości. Na rzecz szpitala z inicjatywy ks. M. Cisły (ob. bp) powstała polsko-włoska fundacja. W 1991-98 rząd włoski w ramach programu AISPO (Stowarzyszenie dla Solidarności między Narodami), za pośrednictwem fundacji Monte Tabor przy szpitalu św. Rafała w Mediolanie wyposażył szpital w najnowocześniejszą specjalistyczną aparaturę medyczną (1/3 darem Włochów). Była to jedna z 12inwestycji wspomaganych przez rząd włoski. Włosi kształcili kadry dla szpitala (łączna pomoc 7 mln $ - 1/4 wartości) i utrzymywali tu cały czas swoją placówkę. 
12 IV 1994 szpital wpisano do rejestru zakładów opieki zdrowotnej. 9 IX 1993 otwarto pierwsze 4 poradnie (kardiologiczna, urologiczna, onkologiczna, ortopedyczna). Jako pierwszy, jesienią 1994 zaczął funkcjonować oddział kardiologiczny (Kardiologia zamojska) oddział dziennego pobytu i zakład radiologii (z tomografem komputerowym) i było już 30 lekarzy. Następnie otwarto w 1995 oddział neurologiczny, 1996 wewnętrzny z nefrologią, 1997 wewnętrzny z onkologią, urologia i laryngologia, 1998 okulistyka, chirurgia, położniczo-ginekologiczny, neonatologiczny. Na izbę przyjęć pierwszego pacjenta przywieziono 2 V 1995. W 1998 otwarto Wojewódzką Przychodnię Kardiologiczną. W 1996 otwarto stację dializ ("sztuczna nerka" - 4 stanowiska, do tej pory mała w starym szpitalu). Blok operacyjny: 6 sal operacyjnych, 2 endoskopowe i sala do wybudzeń z 7 łóżkami.
12 III 1999 szpital został uroczyście otwarty z udziałem minister zdrowia z Włoch Rosy Bindi, a 3 m-ce potem poświęcony i pobłogosławiony (z samochodu) przez papieża Jana Pawła II. Następnego dnia zasadzono pamiątkowy jesion. W 1999 na izbę przyjęć trafiło ponad 40 tys. pacjentów. W 2000 zatrudniał 1200 osób (w tym 150 lekarzy i 600 personelu med.), 2014 - ok. 1400 (186 lekarzy, 546 pielęgniarek), 2019 - ok. 1500 (250 lekarzy, 600 pielęgniarek, 60 położnych, 15 ratowników medycznych 60 techników medycznych, 40 rehabilitantów i i fizjoterapeutów, 140 personelu pomocniczego, 110 salowych. W 2011 w szpitalu pracowało 2 lekarzy z tytułem profesora i 38 doktora nauk medycznych. 
Oddziały: 2000 - 12, 2004 - 14, od 2008 - 17, łóżka: 2000 - 487, 2004 - 550, 2010 - 564, 2014, 2019 - 572.
Do 2004 w ciągu 10 lat przeprowadzono 40 tys. operacji, a do 2005 hospitalizowano 153 tys. osób, w ciągu 25 lat (do 2019) - 587 tys. W 2008 przyjęto 35,5 tys. pacjentów, w 2011 - ok. 30 tys., w 2013 ok. 34 tys., także z Chełma i Lublina. Wojewódzka Przychodnia Specjalistyczna wcześniej miała nawet 33 poradnie i Wojewódzka Przychodnia Kardiologiczna - 9 poradni. Do 2004 udzielono ok. 1 mln porad, w ciągu 25 lat 3,3 mln porad. W ciągu 2011 - 170 tys. (dziennie 700-800, a z pomocy nocnej i świątecznej tygodniowo ok. 700), 2013 - 180 tys. porad. W szpitalu wykonuje się ponad pół miliona badań, w ciągu 25 lat - 9 mln, a w Zakładzie Radiologii ok. 1,4 mln badań. W 2003 pobrano pierwszą nerkę do przeszczepu, do 2017 16 nerek, 2 wątroby oraz tkanki (zastawki serca, kości, rogówki).
Od 2007 w szpitalu jest supernowoczesny tomograf wartości 4 mln zł, 5-ty w kraju, a jedyny w nieakademickim mieście (drugi tej klasy w wojew.), 12 II 2010 oddano do użytku pracownię rezonansu magnetycznego. Z końcem 2007 szpital zatrudniał 40 lekarzy z II st. specjalizacji, w toku zdobywania II st. - 114. 2009 na stanowiskach medycznych 1181, niemedycznych 284. W 2012 było ok. 600 pielęgniarek i położnych.
Szpital posiada II stopień preferencyjny (I-szy - szpital przy ul. Peowiaków, III - kliniki). W 2001 znalazł się w gronie 47 placówek medycznych w Polsce posiadających certyfikat jakości (w 2007 po raz trzeci, tylko 61 na 900 szpitali), 20 IX 2006 szpital otrzymał Certyfikat Zarządzania Jakością ISO 9001:2000, a od 2008 certyfikat Szpital Przyjazny Dziecku (w gronie 67 szpitali). W 2005-2007 nie przynosił strat. W rankingu "Bezpieczny szpital" był najlepszy w województwie w 2006-2013 (z wyjątkiem 2012).
W najbardziej prestiżowym rankingu "Rzeczypospolitej" wśród najlepszych szpitali - placówek publicznych gwarantujących opiekę na najwyższym poziomie: 2002 - XXXIV m., 2003 - IV, 2004 - IV, 2005 - XXI, 2006 - IV, 2007 - II, 2008 - III, 2009 - VIII, 2010 - VI, 2011 - I miejsce! , od 2012  pod wzgl. jakości opieki - II m. (zabiegowe,  2013  - III m.), 2014 - I m. (zabiegowe VI), 2015 - I m. ex aequo (zabiegowe - III m.), 2016 - IV m, 2017 - III m. (zabiegowe, wielospec., onkologiczne VII m.). W Rankingu "Bezpieczny Szpital" w sieci poziomu III - w 2017-2018 kolejno 3, 2, 3 miejsce w kraju, a w klasyfikacji zabiegowych, wielospecjalistycznych i onkologicznych odpowiednio 7, 7 i 12.
W rankingu "Newsweeka" za 2002 - najlepszy szpital w Polsce. Ponadto wysoko oceniano oddziały: laryngologię (najwyższe w 2004 - VII m., 2003 - X), kardiologię (2004 - IX, 2003 - XI), neurologię (2003 - X, 2004 - XII), chirurgię (2002 - XII), rehabilitację (2005 - XIV) i okulistykę (2003 - XX).
Dyrektorzy: 1989-92 Maria Czesak-Dudek, 1992 Zbigniew Dalecki, 1992-94 Stanisław Dziuba, 1994-97 Marian Gałka, 1997-98 Waldemar Dziki, od 1998 Andrzej Mielcarek (osobne hasło). W 2004 ufundowano sztandar (na nim słowa papieża Świadczyć dobro cierpiącemu).
Oddziały - osobne hasło: Szpital Wojewódzki im. Jana Pawła II - Oddziały.
Szpital organizuje konferencje i sympozja, m.in. Pol. Klubu Koloportologów (jelito grube, rak), 600 osób, chirurdzy, z Anglii, Niemiec, Ukrainy i "Budka Suflera" (2004), na temat wad i leczenia serca (Kardiologia Zamojska), otolaryngologów (2005), kardiochirurgów (2007), okulistów (2008), urologów (2016), implantologów stomatologicznych (2016), poświęconą diagnostyce i terapii (2016).

 * Chcąc by szpital powstał, zabiegano o protekcję wojskowych i budowę szpitala wojskowego, zaplecza na wypadek wojny. Wskutek takich zabiegów podobno w Zamościu zrealizowano projekt dla Chełma, przez co tam powstał sporo lat później. Argumenty do przyjazdu z klinik - rewelacyjnie wyposażone oddziały, mieszkania, wysokie pensje, praca dla żon i możliwości rozwoju (dyr. A, Mielcarek).
 * Wstępny projekt przewidywał powstanie dużego kompleksu pediatrii (na wschód od obecnego szpitala) i szpitala psychiatrycznego (między Al. JP II i lądowiskiem śmigłowców). 
* Fundacja Szpitala Wojewódzkiego im. Jana Pawła II (zarejestrowany 11 XII 1989): Jan Zamoyski  przewodniczący honorowy, Eugeniusz Cybulski prezydent m. Zamościa - czł. honorowy, Jan Dzieciątkowski architekt - przewodniczący, Wiesław Lipko senator - wiceprzew., Witold Rychter adwokat - wiceprzew., Jerzy Rachwald dziennikarz - sekretarz, Adam Bachta rzemieślnik - skarbnik, Zbigniew Dudek lekarz, ks. Czesław Galek, Jadwiga Kijek wicedyrektor ZFM, Bogdan Kawałko dyr. WKP, Stanisław Majdański poseł, Jerzy Pomorski dyr. "Delii", Bolesław Sobieszczański prezes Inspektoratu Zamojskiego Stow. Żołnierzy AK, Janusz Woźnica senator, Henryk Wujec poseł - członkowie.
 * Comitato Direzionale of the Italian Cooperation or Development przeznaczył na zamojski szpital 7.980.657.000 lirów, w 1991 - 5.436.509.000, 1992 - 2.519.348.000, końcówka w 1993.
 * Nadaniu imienia szpitalowi towarzyszyło postanowienie, że nigdy w tym szpitalu nie będą podejmowane działania przeciwko życiu człowieka od poczęcia. Taki dokument podpisali wszyscy pracownicy.
  * 11 III 1993 w obecności wojewody Marcina Zamoyskiego podpisano umowę na dostawę sprzętu medycznego General Electric - pierwszy taki kontrakt w Polsce, zazwyczaj sprzęt dostarcza kilka firm.
 * Na otwarcie szpitala przybyła minister z Włoch - polską stronę reprezentowali wiceminister i wicewojewoda oraz kanclerz kurii (nie biskup).
 * Fachowcy przyjeżdżają do Zamościa, bo dostają dobrą propozycję: mieszkanie, które szpital wynajmuje, zarobki lepsze niż w klinikach, możliwość rozwoju zawodowego, możliwość robienia zabiegów, do których których młodych lekarzy w klinice dopuszcza się bardzo rzadko. (za Lekarze wolą Zamość "GwL")
 * W 2011 dzienny pobyt pacjenta (wyżywienie, pościel, woda) kosztował ok. 20 zł, a średni pobyt 5 dni.
 * W 2013 przyjęto najstarszego pacjenta w dziejach szpitala - 102 latka (okulistyka - zaćma).