W 1600-1617 czynna była w Akademii katedra teologii, której I-szym profesorem został o. Dominik Convalis, zapoczątkowując obsadzanie jej przez franciszkanów. Od 1640 ponownie studiowano teologię. Na powołany z pozwolenia pap. Innocentego X w 1648 wydział teologiczny składały się katedry teologii moralnej oraz teologii scholastycznej wg św. Tomasza (dominikańska) i wg Scotiego (franciszkańska), a więc dwu odmiennych kierunków interpretacji, co było w Polsce czymś wyjątkowym. Studentów dostarczało m.in. powstałe seminarium duchowne. Szansy tej jednak nie wykorzystano i nauki teologiczne nigdy nie osiągnęły poziomu wyższego niż przeciętny. Po reorganizacji powstała nowa katedra teologii polemicznej, a skotystyczną, zastąpiono sakramentalną, tomistyczną - spekulatywną. W Akademii znajdowało się ponad 1300 dzieł teologicznych (1800).