Wraz z powstaniem miasta Rusini przy podmiejskiej cerkiewce przystąpili do unii, a 5 V 1699 też z cerkwi miejskiej p.w. św. Mikołaja (jednorazowo przy okazji synodu incydentalnie pojawił się wezwanie parafialnej cerkwi p.w. Opieki Najświętszej Marii Panny - od istniejącego przy niej bractwa). Do 1699 księża uniccy i dyzuniccy wiedli ze sobą spory kończące się czasem przed zamkowym sądem.
Przy końcu XVIII w. istniał zamojski okręg kościoła unickiego (grekokatolickiego). W 1828 było 521 unitów, 1841 - 232. W l. 40. XIX w. upowszechniało się przechodzenie na obrządek łaciński, Zakonnicy zaniedbywali wyjazdów do cerkwi w Łabuńkach. W 1850 z 67 domów unickich (co 7-my w mieście) większość znajdowała się na Majdanie (36) oraz Przedmieściu Lubelskim (16) i Nowej Osadzie (13), a należały prawie wyłącznie do niezamożnych właścicieli, zajmowali się głównie uprawą roli, był jeden dziad żebrzący. Wg liczby mieszkańców w Ze względu na odległość na Majdanie powstała obszerna kaplica (z obrazem MB Krasnobrodzkiej). W 1860 parafia zamojska  liczyła 566 osób, w Zamościu 50, ponadto Nowa Osada 43, Przedmieście Lubelskie 54, Majdan 145, Wólka Miejska 6, Podtopole  15, Janowice 14, Wólka Infułacka 8 oraz okoliczne wsie. Przy parafii cerkiewnej obchodzone były odpusty 6 XII (św. Mikołaja), 27 IX (św. Józafata) i 1 X (Opieki Matki Bożej czyli Pokrowy). W 1866 było 294 unitów w mieście, a cała parafia w 1872 liczyła 706 wiernych.
Mimo prześladowań, wielu wracało do swego wyznania, zwłaszcza po 1900. Dużą rolę odgrywali w tym księża Kolegiaty, m.in. ks. Ludwik Bauc (chrzcił dzieci z mieszanych małżeństw) oraz ks. Aleksander Fijałkowski  - przez władze uznany za fanatyka do szpiku kości, nienawidzący prawosławia i wszystkiego co rosyjskie – miał problemy, bo nie dość, że święcił unitom pokarmy na Wielkanoc, to jeszcze nauczał ich katechizmu i udziela sakramentów. Po ukazie tolerancyjnym w 1905 dawni unici w większości przechodzili na katolicyzm.


 * Z pamiętnika Rudomicza - Kapłan unicki kościoła (cerkwi) z przedmieścia  skarżył się w sądzie zamkowym na dyzunitów kościoła miejskiego - cerkwi) o to, że czynią mu przeszkody w administrowaniu sakramentów. Ale Na podstawie przywilejów zachodziła wątpliwość, czy kapłani dyzuniccy mają zezwolenie na administrowanie sakramentów [na przedmieściu]. Z tego względu sprawę odesłano do Najjaśn. Księżnej, gdyż przywileje nie określały tego jasno.
 * Z przejściem cerkwi św. Mikołaja do unii biskup rozgraniczył sporne tereny miasta, parafia św. Mikołaja obejmowała miasto w murach a na przedmieściach ulice Łanową, Sadowisko, Podgroble i Janowice, parafia wniebowzięcia Przedmieście Lwowskie i ul. Nowy Świat, Gęsią, Postawie i Wólkę Kalinowską.
 * Ze starodawnych akt, jakimsiś cudem ocalałych w tutejszem archiwum kościelnem, okazuje się, że w 1720 w grecko-unickiej zamojskiej parafii liczyło się do 70,000 głów obrządku unickiego, a w 1867 pozostało ich tylko 50 głów. Za to w ostatnich czasach parafia pomnożyła się o tyle, że w samym Zamościu, po 10 miesiącach liczy już przeszło 500 unitów. Taki ruch, zupełnie dobrowolny i całkiem  z poczucia (...). Grecko-unicka cerkiew parafialna w Zamościu, w starożytności prawosławna, przebudowywa się i odnawia. W ostatnich latach doszła do takiej zbutwiałości, że bez dobroczynnej ręki rządu, który  wyasygnował na to 8 tys. rs, nie pozostała by i 4-5 lat. Przy dawnym porządku byłaby runęła, żeby zniknąć bez śladu. Tymczasem nabożeństwo odprawia się w gmachu progimnazjum, w kaplicy, na przyozdobienie której udzielono 100 rs. Cerkiew do tego stopnia jest uboga w przybory kościelne, że bez prywatnej pomocy nie może dojść do należytej wspaniałości. Z inicjatywy naczelnika powiatu, pomiędzy wojskowymi i cywilnymi Rosjanami zebrano 200 rs na nabycie całunu i chorągwi. Dzięki Sidorskiemu, szanownemu ruskiemu działaczowi, cerkiew zbogacona została przez pięknie oprawne księgi do odprawiania nabożeństwa, a cerkiewna tutejsza biblioteka najlepszemi dziełami ruskiemi treści kościelno-historycznej, teologicznej, ogólnie kształcącej literackiej. Za staraniem tegoż  obrońcy ruskiej sprawy przysłano  mnóstwo ruskich książek do nabożeństwa, krzyżyków i obrazków. Ofiara jest tym szacowniejszą, że przedmiotów tych w Zamościu nie można dostać za żadne pieniądze. Rząd udziela 900 rs rocznie na wsparcie  kilku unicko-ruskim uczniom zamojskich szkół. ("Dziennik Warszawski"  z 1869)