Zachowało się kilkadziesiąt, m.in. współczesnych mu wizerunków w drzeworytach i miedziorytach, najstarszych autorem jest  Dominicus Custos, Tomasz Treter, G. Bruckner, Franco Forma, Giacomo Lauro, a  późniejszych F. Cignozzi, Jean Michel Moreau, Jean Massard, Antoin Maurin, Bernard Lemercier, Rafael Jacquemin, Lemaitre, L. Harwart (Horwart), J. Ligber, Karol Mayer, C. Ehrgott, L. Courlin, F. Clousse, A. Caunois, Steffens, Vernier, Antoni Oleszczyński, Jan Chodźko, Jan Feliks Piwowarski, M. Podoliński, Jan Nepomucen Żyliński, Walery Eljasz. Jest kilka grup wizerunków Zamoyskiego - popiersia en face, profilowe, całopostaciowe, konne, naśladujących jakieś najwcześniejsze przedstawienie, ujęcie postaci.
Najstarszy portret olejny Jana Zamoyskiego znajduje się we Florencji (Cristofano dell'Altissimo, przed 1587, Galeria Uffizi, 60x44 cm) i we Lwowie (eksponowany w 2005 w Zamościu). Powstały dwa identyczne, różniące się napisem nad głową, w tym w j. włoskim, drugi z datą 1600, łączony z zamojskim malarzem Krzysztofem Bystrzyckim, malującym portret na zamówienie kanclerza dla margrabiego von Burgau (znany z reprodukcji). Wg Mycielskiego jest on najbliższy malarstwu weneckiemu owego czasu. Cała jego technika, soczysta i płynna, traktowanie karnacyj, włosów, futra, materej, wszystko daje się odnieść do wielkiej, kończącej już wówczas swój świetny okres weneckiej szkoły. Portret został wykonany  przez artystę, który znał ostatnie portrety Tintoretta, albo współczesne Bassano. Uważa, że kanclerz kształcił nadwornego malarza w Wenecji, w czym może kryje się niewyjaśniona dotąd kwestia identyczności obu portretów. Jeszcze jeden portret znajduje się we Lwowie był eksponowany w 2005 w Zamościu.
Znalazł się na płótnach M. Bacciarelliego (portret - Łazienki, Królikarnia), J. Matejki (Zamoyski pod Byczyną 1884 - zaginiony podczas powstania warszawskiego, Batory pod Pskowem 1872, Kazanie Skargi 1864 - obydwa Zamek Królewski Warszawa, Zamoyski idący odczytać wyrok śmierci Samuelowi Zborowskiemu - szkic ok. 1860 - MN Kraków i Elekcja r. p. 1573 - MN W-wa), Jana Styki (Hetman Zamoyski 1906 Poselstwo polskie odczytujące Walezemu akt elekcyjny - był w Bibliotece OZ), Jacek Malczewski (pastel), Wojciech Gerson, Rafał Hadziewicz, Jan Styka. Z mniej znaczących malarzy jest to Jan Plersch, Wincenty Lesseur,  Józef Buchbinder (obraz w Kozłówce), Karola Millera (Jan Kochanowski i kanclerz Zamoyski w Czarnolesie - MN Kraków), Feliksa Sypniewskiego (Urszula Kochanowska przed Janem Zamoyskim), Miłosza Kotarbińskiego, Piotra Balińskiego. Osobne hasło dotyczy obrazów poświęconym bitwie pod Byczyną.
Istnieje znakomite popiersie rzeźbiarskie z ok. 1780 autorstwa królewskiego rzeźbiarza Andre Le Bruna (Popiersie Zamoyskiego A. Lebruna),
Pomnik Jana Zamoyskiego stanął w Krakowie (k. XIX w.), są również popiersia w Padwie i Zamościu (ob. w muzeum), tablica w d. Akademii (2004). Od 2005 Zamość posiada okazały konny pomnik założyciela miasta (autor Marian Konieczny), tego roku w Zamościu można było obejrzeć jego buławę (zb. Muzeum Czartoryskich) i głownię miecza (Muzeum WP). 
Oprócz dzieł artystycznych - obrazy, rysunki, grafika, rzeźba podobizny Jana Zamoyskiego znajdowały się na innych walorach, wykorzystując przeważnie znane, wymienione wizerunki Zamoyskiego, takich, jak medale (1584, XIX-wieczne, współczesne), banknoty, znaczki pocztowe: 1943 - poczta obozowa, 1979 - z okazji 400-lecia Trybunału Koronnego, 1,50 zł i 1994 - z okazji 400-lecia Akademii, 5000 zł), także naszyjnikach, t-shirtach. Najwybitniejszą znawczynią ikonografii portretowej J. Zamoyskiego jest Izabela Winiewicz, badania nad najstarszym, florenckim obrazem olejnym prowadziła Olga Niwińska.


 * B. Vanozzi - Wzrost jego jest wyższy nad mierny, postać piękna i rześka, twarz okrągła, rumiana, wesoła, przytem bardzo poważna. Włosy i broda, którą goli, zupełnie są siwe (55 l.).
Wg Rangoniego - Nos miał wąski, lecz niezbyt długi, jasne oczy, białą brodę i długie, prawie całkowicie zakrywające usta, wąsy, wyraźne braki braki w uzębieniu i osłabiony wzrok stwarzający wrażenie zeza nie zmieniały ogólnego wrażenia człowieka o zdrowej i silnej budowie, zdolnego do znoszenia obozowych trudów (62 l.).
 * Ubiera się z ruska, płaszcz czyli ferezya z szkarłatu długa po kostki, żupan miał z adamaszku karmazynowego. Ten ubiór odmienia co do materyi podług pory roku, który zawsze jeden zachowuje. Buty nosi podkute po polsku, zawsze szabla przy boku, a kandziar (nóż turecki) za pasem. (B. Vanozzi)
 * Jerzy Mycielski - Portret florencki Jana Zamoyskiego uważany za jeden z najlepszych w powyższym zbiorze, a związanych z Polską malowideł. Niskie to popiersie naturalnej wielkości. Głowa pełna siły, charakteru, poważnego wyrazu w oczach, zwrócona nieco ku prawej stronie. Twarz podłużna, raczej sucha, dłuższy nos, wydatny, szlachetny, siwych włosów sporo jeszcze na głowie, wysokie czoło tylko nieco łysiejące, siwy wąs 58-letniego hetmana zacienia obie wargi. Strój ciemno-czerwony. Pod spodem widny żupan z trzema okrągłymi guzami, zarzucona nań delia spięta spinką pod brodą, futrem podbita, z sobolowym kołnierzem. W górze nad głową napis: „Joannes Zamoiski 1600”.