W przeszłości brak było przemysłowych i komunalnych zanieczyszczeń powietrza, miasto jednak ...śmierdziało. Śmieci pochodzenia organicznego może mniej były szkodliwie ale bardziej dokuczliwie. Ludzie byli z pewnością mniej wrażliwi pod względem higienicznym i sanitarnym. Nawet dla nich zmorą i utrapieniem, zwłaszcza z pewnością dla mieszkańców pałacu, usytuowane za Bramą Lubelską szczególnie uciążliwe: rzeźnia i garbarnia. Problemem stały się z czasem zalewy pod murami miasta z gnijącą zielenią, Na Starym Mieście do k. XVIII w. grzebano zmarłych, jeszcze z pocz. XX w. trzymano zwierzęta domowe. Do l. 60. XX w. zwyczajowo odpadki domowe wyrzucano do ulicznych rynsztoków, na podwórkach stały wspólne dla mieszkańców wychodki, panowała wieczna wilgoć. Tworzyło to wspólnie konglomerat wyziewów trudnych do zniesienia zwłaszcza latem. W centrum miasta znajdował się też intensywnie oddziaływujący zapachem ciasny ogród zoologiczny, a przez ulicę pełen furmanek w czwartek targ
Zimą nad miastem, zwłaszcza ranem snuły się gęste dymy z palenisk, dokuczliwsze gdy drewno zastąpił węgiel. W środku miasta dymił intensywnie komin Mleczarni. Dopiero od l. 50. gdy nastąpił szybki rozwój przemysłu doszło do szkodliwych zanieczyszczeń powietrza. Na szczęście nie weszły w przeszłości do realizacji, szczególnie uciążliwe zakłady elektroizolacyjne. W 1979 największe zanieczyszczenie powodowały Zakłady Mięsne, ZFM, Delia i POM.
W 1990 zanieczyszczenia emitowały przede wszystkim Ciepłownia w Szopinku i Zakłady Mięsne, w 1997 Szopinek (są to już wielkości 2-4 razy mniejsze) i kotłownia przy ul. Kilińskiego, oraz w znacznie mniejszym stopniu ZSM i ZFM. W 1990 Zakłady mięsne emitowały 162 mg gazów i 433 pyłów (w tym SO2 208, tlenku azotu 67 i CO 156).
Na przełomie l. 80 i 90. okresowo pojawiał się docierający do osiedla Planty odór łączony z zakładem przetwórczym pasz treściwych.
W Zamościu przez ćwierć wieku najbardziej zanieczyszczona dwutlenkiem siarki i dwutlenkiem azotu była w mieście ul. Kilińskiego. Od pocz. l. 90. zanieczyszczenie powietrza SO2, NO2 i opadem pyłu spadło o połowę. Bardziej zanieczyszczony był np. Bytom (4-krotnie, samą siarką 14-krotnie), Gdańsk (3-krotnie), Kraków (2-krotnie). Zanieczyszczenia atmosfery na terenie miasta są teraz głównie typu energetycznego: pyły CO2 i SO2, oraz CO i NO; najwięcej na ul. Kilińskiego (SO2 i NO2). Najwięcej niebezpiecznych odpadów ropopochodnych emituje PKP.
Na liście najbardziej zanieczyszczonych w 2016 miast w Polsce Zamość był na 90 miejscu. Zimą  2018 normy pyłu PM10 przekraczały 200 mikrogramów, a nawet 300, co jest już stanem alarmowym.
Nie jest prawdą, że za zadymienie miasta odpowiada ciepłownia. Używa miału węglowego, ale ma zamontowane nowoczesne urządzenia odpylające i nie emituje zanieczyszczeń. Chmura nad kominem to para wodna. Jest problem ze szpitalem, który ma przestarzałą kotłownię. Na stan powietrza ma wpływ emisja z kominów domów jednorodzinnych, zwłaszcza o ciasnej zabudowie. Jakość pogarsza się zwykle koło godz. 18.


 * O Zamościu przed renowacją - Starożytność tej dzikiej zabudowy, specyficzne zapachy składowanych przedmiotów, a głównie potężna woń odpadów resztek jedzenia, produktów żywnościowych i wyziewy wspólnego na podwórku wychodka, stanowiły specyficzną aurę zamojskich podwórek. Trzeba nadmienić, że niektóre podwórka nigdy nie oglądały promieni słońca, a to z powodu usytuowania północnego, a być może i owej ciasnej zabudowy. Ta wiecznie panująca wilgoć dodawała swoistego zabarwienia całemu klimatowi drażniącemu ludzkie powonienie, chociaż trzeba pamiętać, że właśnie zmysł powonienia ulega bardzo szybko zjawisku adaptacji. Być może, iż stali mieszkańcy tych podwórek, uznali utrwaloną woń, szczególnie w czasie upalnego lata, za coś naturalnego, nieodzownego.
Innym wrażeniem był specyficzny zapach, a może fetor, jaki wytwarzał się z połączenia odoru sąsiadującego z placem targowym Ogrodu Zoologicznego, z zapachem siana, zapachem bądź smrodem (jak kto odbierał) końskich odchodów, potu zmęczonych zwierząt, szczególnie gdy dzień był upalny, a w otoczeniu brak było naturalnego zacienienia od skwaru. (S. Popek Dwunaste skrzypce, 2011)