Najcenniejszy księgozbiór posiadała Kolegiata (osobne hasło: Biblioteka kolegiacka). W Zamościu znajdowały się niegdyś dwa duże księgozbiory klasztorne. Była tu największa na Lubelszczyźnie biblioteka franciszkańska  (osobne hasło). Jeszcze okazalszy księgozbiór posiadali reformaci (osobne hasło: Biblioteka reformacka). Do Uniwersytetu Lwowskiego trafiła niewielka ilość książek z klasztoru klarysek. Biblioteka bazyliańska mieściła się na piętrze wieży cerkiewnej, dostępnej z przyległego budynku klasztornego. W 1775 liczyła ok. 300 pozycji. Po kasacie zostały tylko 134 książki. Brakuje wiadomości o bibliotece bonifratrów. Jednak z uwagi na charakter ich działalności należy wnosić, iż była tam jakaś skromna liczba najniezbędniejszych książek. Była biblioteka przy kościele ormiańskim złożona z ponad 100 woluminów (34 włoskie, 35 łac., 8 ormiańskich i 22 polskie), a ponadto 14 ksiąg liturgicznych (1749). Przy Kolegiacie obok starego księgozbioru kolegiackiego w 1960 założono bibliotekę ogólnodostępną  (ok. 2,5 tys. książek).