Od 30 III 1606 istniało ruskie bractwo prawosławne p.w. MB Pokrowskiej (Prawosławie), założone staraniem mieszczanina F. Wołosowicza przez egzarchę patriarchatu konstantynopolitańskiego lwowskiego bpa Gedeona Bałabana i należało do najstarszych w kraju. W 1615 otrzymało wraz cerkwią prawa stauropigii. Od 1656 przy cerkwi było też drugie określane bratstwem młodszym Opieki Bogurodzicy przy czczonej ikonie o tym wezwaniu (dar Greka Dymitra Glejtnensa). Razem opierały się naporowi uniiJan Sobiepan na prośbę mieszczan religii greckiej zatwierdził statut bractwa z 1621. W 1690 delegaci bractwa, starszy bracki Matiasz Lewkiewicz i prowizor Samuel Tarnopolski, zwrócili się do metropolity kijowskiego o przyjęcie do unii (nie zgodzili się jednak na pozostanie w jurysdykcji biskupa chełmskiego), przeszli do niej 10 IV 1699.
Prawosławne Bractwo św. Mikołaja (Nikołajewskoje) reaktywowane zostało w VII 1876. Zachowała się wówczas stara XVII-wieczna chorągiew używana podczas pogrzebów i procesji. Prowadziło od 1898 bibliotekę i sklep "bracki", naukę śpiewu chóralnego i gry na skrzypcach, utrzymywało szkółkę cerkiewną na Podtopolu, pomagało cerkwiom w terenie, prowadziło działalność charytatywną. W 1877 liczyło 392, a w 1903 - 314 osób.W 1909 zamojskie bractwo prawosławne, jak donosiła "Gazeta Narodowa" (nr 128) postanowiło zaprotestować przeciwko wyłączeniu Chełmszczyzny z Królestwa Polskiego. W 1913 zorganizowało gubernialny zjazd chórów.
Ok. 1764 powstało też unickie bractwo św. Onufrego (Cerkiew św. Mikołaja). W 1840 stojący na jego czele trzej zamożni unici Jan Kiełbiński, Wojciech Pikuziński i Teodor Tałandowski sfinansowali remont cerkiewnych organów.

* W 1912 Cesarz Rosji przychylił się na przyjęcie Bractwa św. Mikołaja w Zamościu pod protektorat cesarzowicza następcy tronu.