Pierwszych zmarłych grzebano na cmentarzyku przy kościele św. Krzyża (w XVII w. mały cmentarzyk w sąsiedztwie ogrodu szpitalnego) i cmentarzu przy cerkwi na Przedmieściu Lwowskim, później także założono cmentarz przy Kolegiacie. Na pozostawione pochówki natrafiano w podczas wykopów ciepłowniczych w zachodniej części ob. cmentarza kolegiackiego. Znaczniejsze osobistości chowano w podziemiach, mieszczan często np. u drzwi wielkich kościelnych.
Przy świątyni Ormian był cmentarz ormiański. Trzeci w murach cmentarz od k. XVI w. posiadali Grecy, funkcjonował przy cerkwi w okolicy bastionu I, najkrócej, być może zamknięty już w 1 poł. XVII w., gdy Grecy opuszczają miasto (jeszcze w 1953 były 2 późnorenesansowe płyty nagrobne, a w 1986 odkryto szkielety podczas badań fundamentów wzniesionego na nim w XVIII w. klasztoru).
Poza cmentarzami zmarłych tak, jak pod Kolegiatą chowano pod wszystkimi pięcioma świątyniami klasztornymi. Istnieje wzmianka o naszym cmentarzu w aktach zamojskich reformatów. Obok cmentarza i krypt wymieniają trzeci rodzaj pochówku - we wspólnym grobie. Latem 1960 na Pl. Wolności podczas robót ziemnych natrafiono na skupisko kości ludzkich pochodzących z terenu dawnego klasztoru franciszkanów. Odkryte na pocz. l. 60. (kanalizacja) na środku Podkarpia szczątki trumien i szkieletów świadczą, że pochówki odbywały się także na dziedzińcu klasztornym bonifratrów. Są przekazy pisane o pochówkach w podziemiach reformatów i klarysek.
Na przedmieściach Zamościa pod koniec XVIII w. było 8 a być może nawet 9 cmentarzy! Wszystkich miejsc w dziejach miasta zaznaczonych pochówkami, ze staromiejskimi, późniejszymi i współcześnie istniejącymi było w granicach miasta 21, a nawet 27 z kryptami pod kościołami.
Na Przedmieściu Lwowskim i terenach przyległych, oprócz wspomnianych na wstępie świętokrzyskiego i cerkiewnego i - zgodnie z tradycją poza miastem - cmentarza żydowskiego, a wg tradycji też cmentarza tatarskiego, z późniejszych był cmentarz przy kościele Loretańskim, cmentarz parafialny i cmentarz ewangelicki.  Gdy Austriacy znieśli pochówki w obrębie murów miejskich, w 1784 ordynat miejsce pod nowy cmentarz parafialny wyznaczył przy Kościele św. Katarzyny na Przedmieściu Lubelskim. Nie co dalej miał być cmentarzyk szwedzki (podobno na terenie obecnych koszar). Za murami grzebano też biednych, skazańców i samobójców, ofiary epidemii.
W 1812 wyznaczono nowe, kolejne już miejsce pod cmentarz parafialny. Likwidacji uległ wtedy również Cmętarz Śto Krzyski. Prawdopodobnie na jego ślad natrafiono w 1932 wytyczając nowe osiedle, wtedy twierdzono, że jest to cmentarzysko pozostałość szwedzkiego oblężenia. W VIII 1937 dużo czaszek wydobyto w sąsiedztwie Bramy Szczebrzeskiej. W XIX w. powstał także cmentarz prawosławny, a w okresie I wojny cmentarze wojskowe. Po ostatniej wojnie utworzono 3 cmentarze - wojenny na Rotundzie, jeńców radzieckich i komunalny).
Na pocz. l. 60-tych plan przestrzenny miasta proponował lokalizację cmentarza przy ul. Hrubieszowskiej.

 * Z diariusza Jana Golliusza - Pogrzeb Pani Matki odprawował się bardzo pięknie. Pochowana jest u Fary na cmentarzu podle brata swego, właśnie u drzwi wielkich kościelnych, kędy od bramy i od stajni pańskiej  na cmentarz chodzą (1653).
W 1993 przy ul. Kamiennej podczas budowy garaży, pod betonowym parkingiem wzdłuż TSWL odkryto 10 leżących obok siebie szkieletów (być może z czasów I wojny, prawdopodobnie z innego miejsca, bez przestrzelin).