Godło Akademii Zamojskiej składało się z dwu części: górną połowę owalnej tarczy zajmował herb Aldobrandinich, z których pochodził papież Klemens VIII, który wydał bullę erekcyjną Akademii (złota poprzeczna belka z karbami i 6 gwiazd na błękitnym tle), dolna herb Zamoyskich (złote 3 włócznie na czerwonym polu).