Nim powstał arsenał, pod Psków 300 kul kazał jan Zamoyski podesłać z prywatnych zapasów. Pierwszy arsenał wzniesiono w bardzo krótkim czasie (V 1582 - VII 1583) wg projektu Bernarda Moranda. Stał po stronie płn. pałacu (na planie oznaczony armamentarium). W obiekcie tym narodziło się polskie muzealnictwo wojskowości. Marmurowa czworograniasta tablica wewnątrz informowała, iż był przeznaczony na armaty tak w wojnie moskiewskiej zyskane, jako od  książąt i miast przyjaznych darowane, też za własnym wreszcie rozkazem ulane, z podpisem Jan z Zamościa 1582). Pełnił więc funkcję nie tylko wojennej zbrojowni, w źródłach cehaus (Artyleria 1584-1815), lecz także muzeum oręża, odwiedzanego przez gości i zagranicznych dyplomatów.
W 1598 uczony i podróżnik Jerzy Douza pisał - w największe zdumienie wprowadziła mnie zbrojownia, oprowadzając mnie Hetman mówił, że mieści ona wyłącznie przyrządy wojenne zdobyte na wrogu, w znacznej mierze na Niemcach i Tatarach, przede wszystkim zaś na Moskwie, gdy dowodził wojskami - nazywając obiekt - Świątynią zwycięstw oręża polskiego.
Z czasem, względy komunikacyjno-wojskowe (sąsiednia brama była zamknięta) spowodowały, że  arsenał "przerzucono" na drugą stronę. Nowy powstał ok. 1630, prawdopodobnie wg proj. Andrzeja Dell'Aqua Był to wówczas krótszy, podpiwniczony budynek, podobnie jak i późniejsze arsenały warszawski i lwowski - dwuhalowy, o rozpiętości sklepień 5 m.
W czasie wielkiego pożaru w 1658 ocalały tylko mury, spłonął doszczętnie gontowy dach i urządzenia wewnętrzne. Żar stopił kilka armatek w jedną bryłę, uszkodził większe armaty. Największą trwogę wywołały wybuchy nagromadzonego prochu. Odbudowany został prawdopodobnie dopiero w l. 70. XVII w., nie wykluczone, że wg projektu J. M. Linka. Arsenał otrzymał nową, znaną nam obecnie długość (63 m) oraz prowadzące na poddasze ("niskie piętro") zewnętrzne schody, nad wcześniej powstałym, rustykowanym, arkadowym portalem (pozostałość po morandowskiej manierystycznej bramie). Pieczę nad arsenałem (cekhauzem) sprawowali ceitwartowie, którzy często łączyli to stanowisko z funkcją inżyniera wojskowego i architekta (B. Morando, Andrzej Nalewajko, Andrzej Dell'Aqua, J. M. Link, Marcin Waybel, J. de Kawe).
Od 1777 w arsenale Austriacy przechowywali armaty z innych prywatnych majątków w Galicji. W 1779 oddali arsenał ordynatom, którzy wypożyczali broń i amunicję nie tylko garnizonowi, ale i poza Zamość, np. do Gródka czy Beresteczka. W czasie oblężenia 1813 w obawie przed pożarem rozebrano dach, pozostawał bez niego jeszcze w 1818. W 1821-25 pod kier. Jana Malletskiego przebudowano arsenał, wznosząc trójarkadowy, klasycystyczny portyk, zmieniając kształt okien na piętrze i zasypując piwnice. W l. 80. XIX w. były tu magazyn żywności i areszt, na przełomie XIX/XX w. stajnie wojskowe (zachowały się kamienne żłoby).
W 1923 po remoncie urządzono tu szkołę rzemieślniczo-przemysłową, po wojnie szkołę przemysłową (w czasie okupacji były tu ponownie stajnie - pozostały żłoby, zamurowano okna). Od 1950 arsenał użytkuje Budowlane Przedsiębiorstwo Powiatowe, a od 1956 mieściły się tu Zakłady Przemysłu Terenowego (stolarnia), przeobrażane kolejno w magazyn "Eldomu", Zakłady Metalowe "Zamet" (hala maszyn, malarnia) i FAM "Spomasz" (montażownia). Niewłaściwie użytkowanie doprowadziło do znacznej dewastacji obiektu (powiększanie okien, skucie części detalu, 1971). W 1978-83 arsenał restaurowano, a w 1984 otwarto w nim Muzeum Barwy i Oręża (osobne hasło), w 2011 w remoncie.
Zasoby arsenału służyły często okolicznościowym salwom, np. w VIII 1742 na przyjazd księcia Radziwiłła hetmana litewskiego trzy salwy z 12 armat (60 kg prochu), w 1772 z karabinów w dzień św. Teresy, 1773, 1776, 1777 - podczas Bożego Ciała, 1775 - 32 salwy z 12 dział podczas trzydniowych obchodów ku czci św. Jana Kantego.


 * Zbrojownię budowano z rozebranego zamku na Skokówce, już w 1582 wystawiona, w której działa różnego kalibru i oręże wszelkie znajdowały się (A. Bielowski Zamość)
 * Arsenał użytkujący arsenał zakład metalowy przekuwa okna i bramy, niszczy mury wyziewami kwasów przemysłowych i rozchwiewa je wstrząsami maszyn. (M. Szejnert, Nikt nie wybaczy nam Zamościa, "Literatura" z 1973)

Lit. Andrzej Stompór Budynek Arsenał w Zamościu, Zamość 1997, s. 33-34