Ważną rolę w życiu kościoła odgrywały bractwa - świeckie zrzeszenia wiernych. W 1610-1809 działało w Kolegiacie Bractwo Literackie (osobne hasło) p.w. Zwiastowania NMP skupiające ówczesną elitę miasta: profesorów, co znakomitszych mieszczan. Później powstały jeszcze Bractwo Bożego Ciała (przywilej odpustowy nadał  9 V 1612 papież Paweł V), w 1617 najliczniejsze Bractwo Różańcowe (osobne hasło), oraz Bractwo Trójcy św. (1753) i Bractwo Niepokalanego Poczęcia NMP (1758) przy kaplicy w gmachu Akademii. Do najbardziej znanych Literackiego i Różańcowego należały znaczne dochody, wyposażenie kaplic, pod którymi chowano znaczniejszych członków bractwa. Przy kościele franciszkanów istniało Bractwo Szkaplerza Św.