Największe sukcesy to zakwalifikowanie się dwukrotnie do ósemki najlepszych w Polsce (1/4 finału) w latach 1993/94 (przegrał walkę o półfinał z "Legią" 0:0 i 0:3) i 1996/97 (z GKS Katowice 0:4), czterokrotne do "szesnastki" w 1955/56, 1994/95, 2002/2003 i 2005/2006 (wyeliminowany m.in. przez "Pogoń" Szczecin i "Legię") a także 4 razy do najlepszych 32 zespołów (przegrywając m.in. z "Legia" i "Wisłą" Kraków). W rozgrywkach eliminował w 1993-96 aktualnych I-ligowców: "Stal" Mielec, "Hutnik" Kraków, "Wartę" Poznań i "Wisłę" Kraków.
Wystąpił na szczeblu krajowym w 25 edycjach PP (1955-2009), rozegrał 59 meczów (w tym 31 zwycięstw), bramki 107:96. Pierwszy historyczny mecz zagrał ze "Spartą" Kłodzko, ostatni z "Wisłą" Kraków, w składzie z Brożkami, Jopem, Cantoro.

 1955/56
 1 r. Hetman (jeszcze jako Unia) Zamość 4-2 Sparta Kłodzko
   1/16 Hetman Zamość 8-2 Kolejarz Ostróda
     1/8 Calisia Kalisz 1-0 Hetman Zamość
 1961/62
  1 r. Hetman Zamość 1-1 i 1-2 Warszawianka Warszawa
 1964/65
  1 r. Karpaty Krosno 1-0 Hetman Zamość
 1965/66
  1 r. Hutnik II Kraków 4-3 Hetman Zamość
 1978/9
  1 r. Stal II Rzeszów 1-1(k.3-0) Hetman Zamość
 1984/85
  1 r. Włodawianka Włodawa 1-3 Hetman Zamość
    2 r. Hetman Zamość 1-0 Stal Stalowa Wola
       3 r. Hetman Zamość 2-1 Lublinianka Lublin
         1/16 Hetman Zamość 1-5 Legia Warszawa (I liga)
 1985/86
  1 r. Avia II Świdnik 0-1 Hetman Zamość
    2 r. Hetman Zamość 2-2 [k.0-3] anul. i 5:1 Stal Rzeszów (sędzia po remisie zamiast dogrywki od razu zarządził karne i mecz powtórzono)                   
      3 r. Hetman Zamość 1-1 (k.2:4) Korona Kielce
 1986/87
  1 r. Chełmianka Chełm 2-0 Hetman Zamość
  1988/89
   1 r. Hetman Zamość 0-0 (k.5:4) Cracovia
     2 r. Hetman Zamość 0-2 Górnik Knurów
 1990/91
   1 r. Unia Tarnów 3-0 Hetman Zamość
 1991/92
   1 r. Hetman-Kadex Zamość 0-3 Avia Świdnik (w.o.)
 1992/93
   1 r. Kamax-Spomasz Kańczuga 1-6 Hetman-Kadex Zamość
      2 r. Karpaty Krosno 4-2 Hetman-Kadex Zamość
 1993/94
   2 r. AZS Biała Podlaska 1-4 Hetman Zamość
     3 r. Korona Kielce  2-5 Hetman Zamość
        1/16 Hetman Zamość 1-0 Stal Mielec (I liga)
           1/8 Hetman Zamość 2-1 Hutnik Kraków (I liga)
               1/4 Hetman Zamość 0-0 i 0-3 Legia Warszawa (I liga)
 1994/95
   2 r. Hetman Zamość  4-1 Motor Lublin
      3 r. Lublinianka Lublin 0-0 (k.4:5) Hetman Zamość
         1/16 Hetman Zamość 1-0 Warta Poznań (I liga)
             1/8 Hetman Zamość 0-3 Legia Warszawa (I liga)
 1995/96
    2 r. Nafta Jedlicze  2-0 Hetman Zamość
 1996/97
    2 r. Polonia Przemyśl 2-3 Hetman Zamość
       3 r. Hetman Zamość 3-0 Świt Nowy Dwór
           1/16 Hetman Zamość 4-2 Sokół Tychy
             1/8 Hetman Zamość  1-0 Wisła Kraków (I liga)
                 1/4 GKS Katowice 4-0 Hetman Zamość (I liga)
 1997/98
   2 r. AZS Podlasie Biała Podlaska 2-0 Hetman Zamość
  1998/99
   2 r. Czuwaj Przemyśl 0-11 Hetman Zamość
      3 r. Kamax Kańczuga 0-2 Hetman Zamość
         1/16 Hetman Zamość 0-4 GKS Bełchatów (I liga)
 1999/2000
   2r. Polonia Przemyśl 4-0 Hetman Zamość
  2000/2001
    1 r. Narew Ostrołęka 2:3 Hetman Zamość
       2 r. Pogoń Staszów 2:1 Hetman Zamość
 2001/2002
    wst. Hetman Zamość 3:0 Lechia/Polonia Gdańsk
       1 r. Widzew II Łódź 0:2 Hetman Zamość
          2 r. (1/16) Świt Nowy Dwór Mazowiecki 1:0 Hetman Zamość
 2002/2003
   1 r. Górnik Brzeszcze 0:2 Hetman Zamość
      2 r. Hetman Zamość 2:0 Śląsk Wrocław
         3 r. (1/8) Hetman Zamość 1:2 dogr. Pogoń Szczecin (I liga, wcześniejsi piłkarze "Hetmana" Przybyszewski i Bielak))
 2003/4
   wst. Ruch Radzionków 3:2 Hetman Zamość
 2005/6
    wst. Hetman Zamość 2:1 Żurawianka Żurawica
       1 r. Hetman Zamość 2:1 Świt Nowy Dwór Mazowiecki
           2 r. wolny los
               3 r. (1/8) Hetman Zamość 0:4 0:6 Legia Warszawa
 2009/10
    pwst.  Hetman Zamość 5:1 Sokół Aleksandrów Łódzki
       wst. wolny los
          1 r. Hetman Zamość 1:1 dogr. (k.5:4) Warta Poznań
              1/16 Hetman Zamość 0:3 Wisła Kraków (I liga)

 * W 2005 na organizację pucharowego meczu z "Legią" wydano ok. 15 tys. zł a przychody wyniosły ponad 60 tys. (sprzedano ponad 4 tys. biletów). Na funkcjonowanie klubu potrzeba miesięcznie 60-80 tys. zł.
 * Pierwszy historyczny udział w PP w 1952 odnotował KS Zamość, kolejno wygrał w u siebie ze "Stalą" Nowa Huta 4:1, w Rzeszowie ze "Stalą" 3:2, po dogrywce (2:2) i o 1/8  u siebie z OWKS (Wawel) Kraków 0:6.
 * Mecze finałowe "Hetmana" na szczeblu okręgu (zwyc. wytłuszcz. drukiem): 1977, 1978, 1979, 1980, 1981, 1982, 1984, 1985, 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 2005, 2007, 2008, 2012, 2013, 2017, 2019, 2020. Ponadto w Pucharze Starosty Zamojskiego: AMSPN Hetman: 2011, 2012, Bombowiec Roztocze Zamość: 2016, 2017, 2018.
 * W 1992 doszło wyjątkowego finału, Hetman I zmierzył się z Hetmanem II, wygrywając 4:1.