Pierwszy w Zamościu niezwykle wartościowy księgozbiór zgromadził Jan Zamoyski. Powstał z myślą o Akademii, której testamentem został przekazany (Biblioteka Akademii Zamojskiej). Jego następcy również gromadzili książki, ale już wyłącznie do biblioteki pałacowej, którą po śmierci Jana Sobiepana ks. Wiśniowiecka poleciła przekazać Akademii, co nastąpiło  w 1674. Na nowo zaczął kompletować bibliotekę Marcin Zamoyski. Wartościowy księgozbiór zgromadził Tomasz Antoni Zamoyski, niezwykle oczytany, nabywał wiele książek także za granicą. Stanisław Kostka Zamoyski obejmując ordynację stał się właścicielem biblioteki pałacowej, na którą składały się księgozbiory ordynatów: Tomasza Antoniego, Aleksandra i Andrzeja (kilka tys. ksiąg prawniczych, historycznych, prawniczych), sam też z zamiłowaniem gromadził swój księgozbiór.
Księgazbiór od czasów I ordynata jako Bibliotekę Ordynacji Zamojskiej założył Stanisław Kostka Zamoyski. Planował umieścić ją w Zamościu ze zbiorami Ossolińskich. Miasto jednak odsprzedano. Liczący tysiące tomów księgozbiór pałacowy wiosną 1811 wywieziony został do pałacu Błękitnego w Warszawie. Zamojski pałac ordynat opuścił już wcześniej. Okazało się to zbawiennym dla bezcennego zbioru, gdyż po oblężeniu Rosjanie splądrowali pałac. Sam ordynat przez 6 tygodni ustawiał przywiezione książki.
W oparciu o ten księgozbiór powołano w 1815 wspomnianą Bibliotekę Ordynacji Zamoyskiej w Warszawie. Wszedł w jej skład m.in. palacowy księgozbiór znalaziony w Koniecpolu, osobista biblioteka Andrzeja Zamoyskiego. Przed II wojną liczyla ok. 150 tys. tomów. Ocala;o tylko 2,7 tys., w tym 1,8 tys. starodruków, które Jan Zamoyski przekazał do BN. Znalazł się w niej od 2024 wykupiony księgozbiór klemensowski. 

 * W 1763 Francuz Pingeron spotkał w pałacowej bibliotece  bogaty zbiór książek o architekturze, dużą liczbę rysunków zawierających plany bitew, ręcznie rysowaną - za pewne dla Zamoyskich - mapę Polski, której autorem był Francesco Placidi, oraz rękopis, który bardzo cenił, spisany w języku polskim i bogato ilustrowany traktat o perspektywie i fortyfikacji (za pewne słynnego Józefa Naronowicza-Narońskiego).