W akcie lokacji Zamościa Jan Zamoyski wyłączył spod swojej władzy sądownictwo, które działało zgodnie z prawem magdeburskim, a odwołania i apelacje rozpatrywał do 1601 sąd wyższy tego prawa we Lwowie. Jurysdykcję cywilną i karną w mieście sprawował więc sąd wójtowsko-ławniczy z wójtem (pierwszym mianowano Wojciecha Wnuka  oraz wybieranymi od 1583 - podwójcim (pierwszym był Sextus) i 7 ławnikami. Był też sąd radziecki oraz sąd targowy lub jarmarczny (burgrabia, burmistrz, wójt i delegat kupców), a ponadto samorządowy sąd ormiański (wybieralny wójt i 3 do 10 ławników). Kompetencje sądowe posiadała też gmina żydowska. Działał również Trybunał Zamojski.
Od poł. XVII w. znane były także zbierające się w miarę potrzeby na zamku wyższe sądy apelacyjne, "ostatniej instancji" - Sąd Ultimae Instantiae, rozpatrujący odwołania nawet od Trybunału i sąd komisarski zw. Skarbowym oraz w 1768-72 Rada Ekonomiczna Ordynacji, początkowo zw. sądem delegackim.
W zamojskich sądach zeznania wymuszano torturami (przypalanie gorącym żelazem), stosowano kary chłosty (np. "50 plag"), wypędzenia za mury, więzienia - wieża ratuszowa, odwach (Więzienie ratuszowe). Egzekucje wykonywano publicznie - ścięcie mieczem przed ratuszem (Pręgierz), bądź za murami. Jedynym z imienia i nazwiska znanym katem był Michał Suchodolski - ja rzemiosła mego mistrz... (1673). Innego kata, wcześniej zmarłego (1662) również Michała wspomina Rudomicz. Kat (mistrz do chędożenia miasta) obsługiwał przeważnie 2-3 miasta. W 1710 do Lublina w sprawie o mord rytualny - do tortur ściągnięto kata z Zamościa (ich kat zmarł nagle).
Procedury sądów wójtowskich usprawnił Bazyli Rudomicz, m. in. wprowadził rejestry spraw, zbudował "perystyl" dla oddzielenia sędziów, podsądnych, świadków i publiczności.
Od 1786 wymiar sprawiedliwości sprawował magistrat tj. burmistrz z pomocą syndyka i asesorów. Austriacy ustanowili tu w 1787 cyrkułowy sąd kryminalny. W 1792-1808 był tu przeniesiony ze Szczebrzeszyna Sąd Grodzki. W 1809 zastąpił go Sąd Pokoju - 2 sędziów, podsędek, notariusz, pisarz, komornik (uprawniony do spisywania dobrowolnych aktów). Przeniesiony został z końcem l. 20. do Szczebrzeszyna. Wykroczenia rozpatrywał sąd policji prostej, zaś występki Sąd Policji Poprawczej (pow. zamojski, kraśnicki, tarnogrodzki, tomaszowski i hrubieszowski) do Janowa.
Sąd Pokoju (także dla Szczebrzeszyna) wrócił w 1876 (I-szym sędzią Aleksandr Denisenko, ostatnim aż 15 lat Wasilij Orłowskij - miał pobory równe naczelnikowi powiatu), mieścił się na 2 p. ratusza. Działał przy nim wydział hipoteczny (sekretarz, ostatnim przez 16 lat Henryk Gisges). Pod koniec XIX w. Zamość odwiedzał na wyjazdowych sesjach Wydz. Kryminalny Sądu Okręgowego w Lublinie, w 1896 na trzydniowym posiedzeniu rozpatrzono 23 sprawy.
Wraz z Sądem Pokoju umieszczono tu Zjazd Sędziów Pokoju II. Okręgu. Urzędował też powiatowy sędzia śledczy. W 1914 władze rosyjskie powołały II Sąd Pokoju. Podczas okupacji Austriacy utworzyli dla nich instancję odwoławczą - Sąd Obwodowy z wydziałem cywilnym i karnym. Funkcjonujące w Zamościu w l. 20. dwa Sądy Pokoju (miejski i wiejski, 1919 - A. Gatnikiewicz i A. Sajkiewicz), 1 I 1929 zastąpiono Sądem Grodzkim, jego pierwszym naczelnikiem został Adam Szmidt. Sąd Grodzki po odejściu Niemców zaczął działać 28 VIII 1944, jako pierwszy w wyzwolonej Polsce.
1 VI 1918 powstał w Zamościu Sąd Okręgowy dla 4 powiatów. Wcześniej odbywały się sesje wyjazdowe lubelskiego S.O. (nawet po 13 spraw). Niezależnie od kontrolowanego przez Niemców Sądu Okręgowego (prezes Henryk Cybulski), 27 V 1940 rozpoczął pracę Sąd Specjalny dla 5 powiatów (na czele dr Giersberg), po roku przeniesiony do Chełma. Do SO prokurator kierował tylko sprawy osób narod. polskiej. Z 35 sędziów okręgowych i grodzkich wojnę przeżyło 11. 28 VIII 1944 rozpoczęły prace sądy - okręgowy i grodzki.
Wraz Sądem Okręgowym powstał urząd Prokuratora SO. Podlegały mu 2 rejony (pod dwa powiaty), z czasem 4 osobne terytorialne i V rejon ds. politycznych (wszyscy podprokuratorzy urzędowali w Zamościu). W 1938 w sądach i prokuraturze pracowały 202 osoby, w 2004 w okręgu zamojskim 104 sędziów, 16 asesorów, 3 referendarzy, 3 asystentów, 10 aplikantów, 52 kuratorów, a wszystkich łącznie 530 osób.
W 1950-75 działał Sąd Powiatowy. W 1975 powstał w Zamościu Sąd Wojewódzki (1990 sędziów 11, aplikantów 13), w 1999 przekształcony w Sąd Okręgowy. W 1975 w miejsce powiatowego powołano Sąd Rejonowy. W 1989 powstał wydział (sąd) gospodarczy, od 2005 działa Sąd Pracy (dla 5 powiatów).
W 1992 SW wraz z podległymi sądami zajmował się 50.444 sprawami przy 65-osobowej obsadzie sędziowskiej. Sąd Gospodarczy w 1992 załatwił 1908 spraw.
W czasach PRL działały kolegia ds. wykroczeń. W 2003 obok SO i SR w mieście jest również Sąd Gospodarczy ds. gospod. i upadłości (dla 6 pow., sprawy Rejestru Sądowego w Lublinie), Sąd Pracy (dla 4 pow.), a przy SO również Wydz. Pracy i Ubezpieczeń Społecznych.
Do 1996 sądy mieściły się wyłącznie w d. pałacu, później przejściowo przy ul. Peowiaków (wydział Pracy), a od 2000 przy ul. Ormiańskiej 11 (Sąd Rejonowy) i ul. Orlicz-Dreszera 10 (Wydz. Pracy i Ubezpieczeń Społ.) oraz od 2003 w dawnym NBP (Wydz. Cywilny SO, od 2006 także Wydział Gospodarczy SR).
W 1971 wybierano 100 ławników Sądu Powiatowego, 40 czł. kolegium ds. wykroczeń, 11 ławników do SW i 10 do Sądu Ubezpieczeń, w 2003 - 60 do SO i 70 do SR oraz po 20 do orzekania w sprawach pracy i ubezpieczeń społecznych.
W 1925-38 czynny był oddział Towarzystwa Prawniczego (25 osób), w l. 30. Stow. Urzędników Sądowych (prezes B. Kozyra) oraz koło Zrzeszenia Sędziów i Prokuratorów. W 1996 goszczono 24 sędziów i 3 prokuratorów z Hamburga. Obecnie na czele oddziału Zrzeszenia Prawników Polskich Krzysztof Bork.
Wśród sędziów jedną z barwniejszych postaci Tadeusz Koziorowski - d. starosta, olbrzymiego wzrostu, bohater i twórca anegdot, Bolesław Kozyra - sędzia powiatowy, społecznik, Jakób Steuermark (od 1924 krążyły w odpisie jego Obrazki sądowe, znawca muzyki Szopena), Leon Mirza Kryczyński - wiceprezes SO (litewski Tatar, autor prac i red. "Rocznika tatarskiego", po kilka latach wyjechał do Gdyni), Ottokar Jun, kolekcjoner), Stanisław Matkowski, Piotr Obniski, Włodzimierz Adlof, Lucjan Podwiński (z Odessy, stale mówił o niej i ps. "Odessit"), Gustaw Gisges, Józef Karpowicz.


 * W 1920 akta Sądu Okręgowego ewakuowano  i przez ponad miesiąc działał jako urzędujący w Częstochowie.
 * Obsada Sądów Pokoju w 1925 I Okręgu - Franciszek Franczak, Zygmunt Zawadzki oraz zapasowi Antoni Księżopolski i Karol Korjus; II Okręgu Michał Wiszniewski i zapasowy Wiesław Jaśkiewicz oraz w wydziale Hipotecznym S.P. pisarz hipoteczny Feliks Niewiadomski, notariusz Stanisław Sagan. Komornik Sądowy pow. zamojskiego Wiktor Klaude.
* W Zamościu był sędzią niejaki Prążak, który urzędował ze swoją żoną. Wyznaczał 200 spraw na 2-godzinne posiedzenie, a treść wyroku, motyw układała żona. ("Nowa Ziemia Lubelska" 1925)
 * W 1964 powstały w Zakładach  Mięsnych i PSS przewidziane ustawą sądy społeczne.