Odbył się 25 III 1996 - 25 III 2001 jako pierwszy diecezjalny, a "drugi" synod zamojski (osobne hasło). Działał w 6 komisjach - ds. Ludu Bożego ks. S. Bachor), ds. Wiary i Moralności (ks. A. Firosz), ds. Życia Liturgicznego (ks. prof. F. Greniuk), ds. Działalności Pastoralnej (ks. Z. Żuchowski), ds. Dóbr Doczesnych (ks. S. Wójtowicz), ds. Życia Społecznego (ks. J. Nagórny). Uchwały i postanowienia syodalne opublikowano drukiem.