Za pośrednictwem swojego mistrza uniwersyteckiego zbliżył się do Jana Zamoyskiego (korespondencja między nimi datuje się od 12 IV 1587), dzięki któremu uzyskał w 1590 tytuł poety królewskiego i nobilitację - herb i nazwisko Bendoński (od Będzina, w którym zawarto wówczas ugodę z Habsburgami). Nadal jednak używał mieszczańskiej formy "po ojcu", albo jak to było podówczas w zwyczaju wśród humanistów podpisywał się z grecka - Simon Simonides. Uhonorowany też został wieńcem poetyckim przez papieża Klemensa VIII (1593).
Kanclerz upatrzył go na swego ministra oświaty i kultury. Z jego poruczenia stał się współtwórcą Akademii. Późnym latem 1593 udał się do Krakowa, skąd sprowadził pierwszych 3 profesorów. Poświęcił się wówczas sprawom Akademii. Obmyślał z Kanclerzem programy nauk, udzielał rad i wskazówek w szeregu spraw. Później troszczył się o jej działalność, inspirował badania naukowe. Zorganizował wzorową drukarnię. Zajął się też powstającą biblioteką akademicką. Miał duży wpływ na panującą wtedy twórczą atmosferę naukową i kulturalną Zamościa. Jego wychowankiem był czołowy uczony Akademii Tomasz Drezner. W 1599 osiadł na stale w Zamościu. Był powiernikiem i przyjacielem Zamoyskiego. Nie najlepiej jednak czuł się w atmosferze dworu i coraz więcej czasu zaczynał spędzać w wydzierżawionym rok wcześniej Czernięcinie pod Turobinem.
W Zamościu ukazało się jego 14 utworów okolicznościowych, prawie wyłącznie łacińskich, o łącznej objętości ok. 25 arkuszy (1599-1620), dramat łaciński (1618), przekład rękopisu greckiego oraz edytorskie opracowanie tłumaczenia z języka greckiego (obydwa z 1604). Utwory Szymonowica ukazywały się również w Krakowie i Lwowie.
Doskonała pod względem formalnym, jego twórczość odznacza się niezwykłą wprost erudycją i w większości wykazuje związek z tak bardzo bliską mu kulturą antyczną. Sławę mistrza słowa i największego poety schyłku polskiego renesansu ugruntowały Sielanki, które należą do pereł literatury polskiej, a ich popularność porównać można tylko z Trenami. Łącznie z pierwszym wydaniem zamojskim (1614) wydane zostały w ciągu XVII-XIX w. 13-krotnie. Pisał językiem zwartym i płynnym, pełnym prostoty i lekkości, a zarazem artystycznie oszlifowanym, wygładzonym i wypolerowanym. Nie było do jego czasów w poezji polskiej tyle uroku i wdzięku, ile go mają niektóre sielanki (A.A. Witusik). Do zamojskich Sielanek dołączono 34 pisanych w młodszym wieku 4-wersowych Nagrobków zbieranej drużyny.
Już za życia cieszył się Szymonowic europejskim rozgłosem. W 1608 jego utwory drukowane były w Niemczech. W 1619 wyszedł w Lejdzie zbiór łacińskich wierszy. Angielski uczony Tomasz Seghet (gościł u poety), nie wahał się twierdzić, iż w języku łacińskim nie powstało nic, co mogłoby się równać z jego poezją (napisał 37 utworów łacińskich). Był autorem dramatów: Castus Joseph o cnotliwym Józefie ze Starego Testamentu (1587, przełożony na polski w 1597, wystawiony w 1914 w krakowskim teatrze Słowackiego) i Pentesilea tragedia w stylu antycznym o władczyni Amazonek (z okazji wesela T. Zamoyskiego)
23 XII 1590 na sejmie walnym król Zygmunt III mianował go poetą królewskim, z przynależnymi temu tytułowi uprawnieniami - zwolnieniem od obowiązków i ciężarów pokoju i wojny, uwolnieniem jego domu od przymusu gościny, z przyjęciem jako obywatela w każdym wybranym przez siebie mieście królewskim.
Był miłośnikiem starożytności i uczonym filologiem - grecystą. Korespondował z wybitnymi uczonymi ówczesnej Europy. Interesował się polityką, czemu dawał wyraz w okolicznościowej twórczości literackiej, przepojonej patriotyzmem i dużą znajomością ówczesnych realiów. Należał do cenionych lekarzy praktyków - znał wyśmienicie czego uczy Hipokrates. Uchodził za powagę lekarską, wzywany, gdy inni odmawiali, lub gdy podjęto niewłaściwe leczenie, leczył m.in. żonę, syna i bratanka Kanclerza. Pozostawił kilka rękopisów treści lekarskiej, m.in. O zachowaniu zdrowia, z polskim słownikiem leków i ziół. Był tęgim prawnikiem, w ciągu całego życia piastował godność przewodniczącego sądu wyższego w Zamościu i zajmował się praktyką sądową. Interesował się także teologią i rolnictwem (gospodarował na 2 wsiach).
W 1601-12 był nauczycielem (dyrektorem nauk) powierzonego mu na wychowanie Hetmanowica, opracował nawet specjalną instrukcję. Boleśnie odczuł śmierć Jana Zamoyskiego. Jeszcze dwa miesiące po pogrzebie pisał - dotychczas do zwykłych zmysłów ledwie przyjść mogę i pióro ilem razy w rękę wziął, zawsze od zdrożenia i zapamiętania się wypadło (dopiero rok później powstała umieszczona w Sielankach - Rocznica).
Gdy zabrakło Hetmana, coraz gorzej znosił pobyty w Zamościu, z którego umykał jak z kwaśnego dymu na wolny wiatr - skarżył się w listach. Kiedy indziej narzekał, iż gdyby nie obowiązki nauczycielskie - dawno już skryłbym się w jaką ustroń samotną i oddał muzom i ulubionemu wczasowi, skąd by mię żadna siła, żaden rozkaz wyciągnąć nie zdołał. W końcu osiadł na 60 łanach czernięcińskich, by pędzić żywot ziemiański, zająć się piórem, poznawać obyczaje ludu. Pisał, czytał, korespondował, podejmował przyjaciół, czasem udzielał rad lekarskich, prowadził gospodarstwo i rozkoszował się urokami Czernięcina. Ostatnie lata upłynęły mu wcale na nie tak miłej samotności. Skłaniał się ku dewocji. Żałował niejednokrotnie, że się nie ożenił. Pogarszał się też stan jego zdrowia. Zmarł w swym Czernięcinie 5 V o godzinie 9 rano.
Pochowany został w Kolegiacie, gdzie jego siostrzeniec Kacper Solski - profesor Akademii - wystawił mu tablicę nagrobną z brązowego marmuru. Swój przebogaty, w części dziedziczony po ojcu, księgozbiór darował poeta Akademii (z 1428 tomów znakomitych autorów do dzisiaj odnaleziono ok. 100, w większości w Bibliotece Narodowej). Spadek po nim oszacowano na sporą sumę 70 tys. zł, z których 13 tys. zapisał na uposażenie katedry teologii scholastycznej w Akademii.
Pozostawał w pamięci współczesnych, jako człowiek prawy, w głębi ducha skromny, uczciwy i pracowity mieszczanin. Był naturą refleksyjną, łagodną i wrażliwą, marnującą - jak sam gorzko wyznał u schyłku życia - nazbyt wiele czasu na usługach dworskich, zamiast w zaciszu oddać się muzom i nauce, do których predysponował go przede wszystkim - wielki talent, olbrzymia erudycyjna wiedza, rozległe zainteresowania i głęboko humanistyczny stosunek do otaczającego świata.
W 1929 zorganizowano w Zamościu Zjazd Naukowy im. Szymona Szymonowica (osobne hasło), wmurowano wówczas w gmachu Akademii tablicę pamiątkową i wydano o nim książkę. W ramach "Roku Odrodzenia" odbył się obchód szymonowiczowski (1954), a w 1979 (10 referatów i komunikatów) i 2008 miały miejsce rocznicowe sesje naukowe, była też wystawa, z okazji której opublikowano bibliografię szymonowiczowską (1994). Jego imię otrzymała jedna z najkrótszych w Zamościu uliczek (boczna ul. Orlicz-Dreszera) i szkoła podstawowa nr 6, a także szkoła w Czernięcinie, a od 2009 Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Zamościu. Jedną z jego sielanek (Pietruchę) śpiewała do muz. Kurylewicza Wanda Warska (LP z 1972).
* Wg części dawnych opracowań miał być Ormianinem, wymienionym w Żywotach dawnych Ormian (1856), współcześnie wg kijowskiej z 1995 publikacji uznano go za autora ormiańsko-polsko-ukraińskiego!
* Artystą był Szymonowic całą duszą i to odróżnia go wybitnie od Klonowica i innych współczesnych mu. Poezja wieku złotego znalazła w nim po Kochanowskim najwybitniejszego przedstawiciela (Piotr Chmielowski Historia literatury polskiej)
* Miło wspomnieć nierozerwaną przyjaźń między pierwszym w kraju obywatelem, a mieszczaninem, rymotwórcą, co siedząc pod rozłożystym bukiem, opiewał trzody, zdroje i lasy. Nie mniej także Szymonowicz wsławił się łacińskimi rymami. Papież Klemens VIII zaszczyciło go wieńcem laurowym, a Justus Lipsius z Katulem porównał. ("Tygodnik Ilustrowany" 1878)
* August Bielowski - Jego gęśl, to klucz wygięty żurawi, / Co popod niebo, ku obcym narodom. / Ciągnie, a pieśnią gniazdo swoje sławi, / Aż z młodą wiosną znowu wróci do dom.
* Z listu do Tomasza Zamoyskiego z 1609 - Gdy dziś jechać miałem do ciebie, zrobiło mi się tak słabo, że zaniechać jazdy musiałem. Wszakże to już i sam pięćdziesiąty rok upomina mię, abym o spoczynku i i spokoju pomyślał. A ja cóż robię? Oto tu, to tam jeżdżę i zdrowie na szwank narażam. Gdyby mnie nie wstrzymywał twoje nauki, dawno już skryłbym się w jaką ustroń samotną i oddał muzom i ulubionym wczasom, skąd by mnie żadna siła, żaden czyjkolwiek rozkaz wyciąnąć nie zdołał.
* W "Naszej Myśli" (1929) ukazały dwa odcinki powieści o Szymonowicu napisanej przez Dawida Szterna, ucznia zamojskiego Gimnazjum.
* Utwory Szymonowica wydane w Zamościu: 1599 Ad Nicolaum Firleum (b.d.), 1599 Auleum Nuptiale (knlb 14), 1600 Philaenorae / Philaenon Arae [dwa odbicia z odmiennym tytułem] (knlb 6), 1602 Hercules Prodiceus (knlb 17), 1604 Imagines Diaetae Zamoscianae (knlb 7), 1604 Herenion Philosophon Exegesis (s. 160), 1606 Trophaeum Stanislai Zolkevii (knlb 8), 1608 Halcyonia Poloniae (knlb 3), 1610 Do Wacława Zamoyskiego (knlb 4), 1610? Manes Barbare de Tarnow Ad Thomam de Zamoscio (knlb 5), 1612 Thomae Zamoscio Ode (knlb 9), 1613 Elegia (knlb 4), 1614 In Nuptias Simonis Birkowski (b.d.), 1617 Elegia na pogrzeb … Zophiey Sieniawskiey (knlb 3), 1618 Pentesilea knlb (37), 1620 Ode in Repotiis (b.d.).
* Z programu obchodów 31 I 1954 (kino "Stylowy" - odczyt prof. Janiny Garbaczowskiej (o realizmie Sielanek) i Henryka Gawareckiego (miasto Odrodzenia), inscenizacje "Żeńców" i "Kołaczy" w reż. H. Rogińskiej, muz. A. Bryka, dyr. chóru T. Bryka, dyr. F. Bachniaka, w wyk. uczniów PLSP, Szkoły Muzycznej w Zamościu i Lublinie, dekoracje B. Bartnik, C. Skarbek i W. Ukleja, tekst druku J. Dragan.