Temu to miastu wyznaczamy jako znak publiczny, którym się miasto i jego władze mają posługiwać w pieczętowaniu dokumentów i jakichkolwiek aktów, wyobrażenie św. Tomasza z dzidą i ten to herb czyli znak pieczętny chcemy by służył temu miastu na wieki - oznajmiał przywilej Stefana Batorego z 1580, wg następnego z 1585 św. Tomasz miał być z trzema kopiami w ręku. Zgodnie z intencją Jana Zamoyskiego w herbie znalazł się patron rodu, a następnie godło rodowe Zamoyskich - Jelita.
Na najstarszym wizerunku (pieczęć miejska z 1605) św. Tomasz ma włócznię w lewej (!) ręce, a na przytrzymywanej prawą ręką stojącej u stóp świętego tarczy widnieją trzy włócznie. Inna z tego roku różni się tym, że w prawej ręce ma księgę i nie przytrzymuje już tarczy herbowej (Jelita) - tu owalnej (pieczęć radziecka - 33 mm - z dokumentu w Archiwum Gdańskim). Takie samo przedstawienie znalazło się na rysunku karty tytułowej z 1606 zdobiącym księgę ławniczo-wójtowską.
Z 1660-1765 pochodzą pieczęcie z herbem ukazującym św. Tomaszem z włócznią w prawej i trzema kopiami w lewej ręce (zamiast na tarczy).
Austriacy pozbawili herb znaku rodowego Zamoyskich (zamiast włóczni - księga), a gdy w 1811 dekretem zakazano używania herbów lokalnych poszedł w zapomnienie. W 1847 władze carskie ustaliły nowy herb dwupolowy - patrząc nań - po lewej 3 włócznie, po prawej baszta forteczna (nie zatwierdzony, acz używany w latach ...międzywojennych - w poł. l. 30. nad bramą parkową, od wewnątrz).
U progu niepodległości miasto postanowiło wrócić do pierwotnego herbu. Po archiwalnych poszukiwaniach i dyskusjach za obowiązującą wersję Rada Miejska (6 VI 1917) przyjęła postać św. Tomasza w odmianie z 1788 (włócznia w prawej i trzy skrzyżowane włócznie w lewej ręce). Żeliwną tablicę z takim herbem wmurowano 3 V 1918 nad wejściem do ratusza (ob. w muzeum).
Po renowacji ratusza 3 XI 1937 (uchwała z 17 VI) dokonano zmiany, projektując herb na podstawie wyciągów z Biblioteki Ordynacji - św. Tomasz w 3/4 postaci, twarzą zwrócony w prawo, z księgą pod prawą pachą, a tarczą herbową "Jelita"   u dołu przed sobą, wsparty lewą ręką na włóczni. Szczegółowa kolorystyka - tarcza czerwona, szaty srebrne i niebieskie, nimb złoty, głowa w barwach naturalistycznych, księga o okładkach czerwonych i bokach złotych, drzewce złote ze srebrnym grotem, pole małej tarczy i włóczni na niej j.w. Pojawił się również w bramie do parku. Spotyka się też jego "lustrzaną" wersję.
Współcześnie równolegle funkcjonował w publikacjach (m.in. encyklopediach) herb wzorowany na najstarszej pieczęci (z tarczą u stóp, lecz dzidą przełożoną do prawej ręki). Spotykało się też jego późniejszą odmianę z 3 włóczniami bez tarczy (w l. 70. autobusy MPK, okładka "Przewodnika" z 1975). Św. Tomasz przedstawiany był w białej szacie z zielonym płaszczem, złotą aureolą i włóczniami na czerwonym tle (w wersji "ratuszowej" przewieszony przez ramię płaszcz był niebieski, a księga złota). Pod koniec l. 70. ówczesne władze unikały herbu, lansując jako znak miasta "świecki" wizerunek ratusza. Jego stylizowana sylwetka była symbolem graficznym obchodów 400-lecia.
W 1990 RM za oficjalny przyjęła herb widniejący na ratuszu. Na nowo ustalono herb 28 VIII 1995 - odwrócony wizerunek z pieczęci 1605. Herb Zamościa (oprac. Janina Kaczmarczyk) przedstawia w polu czerwonym postać św. Tomasza (młody człowiek o postawie klasycznej, w sandałach) ze złotą aureolą, w białej tunice i błękitnej todze, z włócznią złotą o srebrnym grocie w prawej, czerwoną księgą o złotych kartkach w lewej i u dołu na tle tuniki tarczą z herbem Jelita.

 * Wg prof. J. Kowalczyka księga w rękach świętego znalazła się za życia kanclerza i mogła nawiązywać do jego działalności misyjnej, względnie aluzją do władz miasta rządzonego zgodnie z prawem. Do przekonania trafia hipoteza Mariana Siegieńczuka - księga jako symbol mądrości, nauki i oświaty mogła oznaczać miasto uniwersyteckie. Wg prof. Ryszarda Szczygła jest to herb Trybunału Zamojskiego.
 * Gdy w 1917 zwrócono się prof. Korzona z Biblioteki Ordynacji o odnalezienie herbu, ten wskazał jako prawdopodobny ...godło drukarni akademickiej, a gdy odnaleziono w Kolegiacie pieczęcie miejskie z końca XVIII w. uznano, że usarz z godła mógł być  pierwotnym herbem. Jednak wobec sprzeczności św. Tomasza z rycerskością wizerunku domniemano, iż - może związany jest z poprzedniczką Zamościa Skokówka - małym zameczkiem kresowym, usarz skrzydlaty to rycerz kresowy - symbol obrony i walki jak nasza niegdyś usaria, niezłomnej? ("Kronika Powiatu Zamojskiego", 1918 nr 7)
 * 16 II 1950 MRN uchwaliła by św. Tomasza w pieczęci zastąpić godłem państwowym.
 * 1 I 1968 herb Zamościa pojawił się na autobusach miejskich.
 * Herb w wersji z 1990 - Święty na czerwonym tle okryty niebieska togą i białą szatą, w prawym ręku z pismem świętym, w lewej z włócznią, głowa w złotej aureoli, tarcza w dole z h. Jelita,  - na czerwonym polu trzy kopie na kształt  gwiazdy - środkowa ostrzem do dołu.
 * Opinia prof. J. Kowalczyka - zalecał powrót do wizerunku z 1605, zwracając uwagę na pionowe ustawienie tarczy u stóp i lekko skośne ustawienie włóczni, głowę en face z nimbem kolistym, ustawienie postaci mniej dynamiczne (niż nad wejściem do ratusza), a bardziej statyczne i pomnikowe.
 * W czasie posiedzenia podejmującego uchwałę o obecnym wizerunku herbu, byli radni, którym nie podobał się w herbie kolor czerwony (wiadomo), względnie mało pokojowa symbolika włóczni.
 * 20 IX 2003 w "Hypernovej" herb Zamościa ułożono z pączków (3200). Zarejestrowany został jako największy pączkowy herb w Polsce (wys. 3,6 m, szer. 2,5 m).
 * w 2016 kontrowersje wywołała multimedialna prezentacja nowego loga promocyjnego "Twierdza otwarta", której elementem był przekreślony herb miasta.