Powstał w 1601 wg projektu Bernarda Moranda, zwracają uwagę niespotykanym w Polsce rozwiązaniem konstrukcyjnym. Loggiowy, trójarkadowy chór wsparty jest na dwu korynckich kolumnach, przy czym skrajne arkady trafiają w pustkę, "zawisając" na niższych, szerokich arkadach poprzecznych. Tę jakby wbrew logice, niezwykłą, manierystyczną wirtuozerię podkreślały jeszcze, nie istniejące dzisiaj wachlarzowe schody po obu stronach. Kamienna dekoracja zadziwia bogactwem motywów roślinnych (np. owoce granatu, różyczki, lilie, lotos) i symbolicznych (np. ptak trzymający 2 splecione obrączki). Mają one podobnie jak i głowy w kluczach arkad (w koronie prawdopodobnie król Salomon) jakieś głębsze biblijne uzasadnienie. W 1825 kamienne schody zastąpiono niefortunnie kręconymi schodkami żeliwnymi.
Pierwotnie na chórze grała kapela kolegiacka. Organy pochodzą z 1895, ufundował je Maurycy Zamoyski, Jan Śliwiński ze Lwowa. Zdobi je muzykujący na harfie król Dawid. Poprzednie sprawiła Kolegiacie w 1696 ordynatowa Anna Zamoyska.