W poł. XIX w. wobec nowych technik wojennych (artyleria), odchodzenia od twierdz na rzecz fortyfikacji terenowych Zamość przestał spełniać rolę strategiczną, nie dawał się unowocześnić. W 1858 gen. Edward Totleben dyr. Departamentu Fortyfikacji  w Ministerstwie Wojny twórca systemu nowoczesnych umocnień, rozpoczął przygotowania do likwidacji twierdzy, w 1865 do Dęblina przeniesiono pułk forteczny a do Cytadeli batalion garnizonowy. Formalnie zniesiona została postanowieniem cara z 3 XII (21 XI) 1866 o likwidacji umocnień fortyfikacyjnych. Na rozkaz Ministra z 25 XI 1866 - twierdza Zamość, jako nieodpowiednia celom obrony kraju ma być zniesiona.
Zamość na kilka lat stał się terenem wielkich prac rozbiórkowych. W 1867 zasypano fosy i wysadzono górną część murów, usunięto urządzenia zewnętrzna przed trzema wjazdami do miasta, rok później były już w kurtynach obok bram nowe przejazdy. Całkowicie zniwelowano bastion V, większość bastionu III. Większość umocnień likwidowano jednak niedbale, bez planu, władze pozwoliły na pozyskiwanie cegieł z likwidowanych obiektów. Pozostały nietknięte nadszańce, bramy, rotunda, prochownie, kojec, most na Łabuńce. W 1874 "Gazeta Warszawska" pisała - Miasto Zamość od lat kilku zamienione z fortecy na powiatowe, smętną przy wjeździe do niego ma postać: rozwalone wały, obronne mury, gdzieniegdzie jeszcze w gruzach leżące, przykry dla oka sprawiają widok. Jeszcze 11 lat później można było przeczytać - Zamość robi ponure wrażenie, ze względu na rumowiska dawnych budowli przy wjeździe do Nowego Miasta.

 * Rozkaz Ministra Wojny z 25 listopada: Z Najwyższego polecenia Najjaśniejszego Pana, twierdza Zamość, jako nieodpowiednia celom obrony kraju, ma być zniesiona, stosownie do nakreślonego przez Jenerał Feldmarszałka Hrabiego Berga projektu. (Kurier Warszawski nr 1 z 1867)
 * Rozbiórkę twierdzy zaczęto wcześniej. Z pisma Dozoru Kościelnego z 13 IX 1865  - Dziś kiedy forteca rozbiera się, jest przy rozwalaniu massa
taniego materiału murowego i nastręcza  się sposobność łatwego nabycia... (APL, RGL, Adm. 1669). Dozór Parafialny do Konsystorza 30 II 1870 -  skutkiem rozsadzań murów prochem nastąpiło gwałtowne rozszerzanie spękań kolegiaty i dzwonnicy.
 * Rozbierano zamojską twierdzę. Rozwalano mury i przerzucano gruzy wałów do fosy. Płacono od metra kwadratowego. Do pracy zgłosiło się też kilku Żydów. Pamiętam huk i hałasy, kiedy burzono twierdzę, a także strach rabina, że mury domów popękają. (Wspomnienia I.L. Pereca)
 * Przejeżdżając przez Zamość, zdziwiłem się mocno i nie poznałem go wcale, gdyż Moskale zburzyli dawną polską twierdzę, która kosztowała Polaków kilkanaście milionów rubli. Rozebrali szczebrzeską i lubelską bramę, zasypali gruzem i ziemią głębokie fosy i wyrównali je do tego stopnia, że dziś nikt by nie uwierzył, że Zamość dawniej był fortecą. (S. Matraś Podróże do Syberii w 1864, 1895)
 * W VI 1866 Zamość liczył 6255 mieszkańców, w tym Stare Miasto 3266, Nowa Osada 2278, Lubelskie Przedmieście 403, Majdan 308. Najwięcej było Żydów - 4130, katolików 1803, unitów 294, prawosławnych 24, ewangelików 4.