Ponownie pociągi ruszyły z Zamościa 1 IX 1944, ale z utrudnieniami. Jeszcze niedawno trasę Zamość - Lublin przemierzano z prędkością 10 km/h - pisano w 1946 - teraz 30-40 km/h, przed kilkoma tygodniami 7 g. teraz 4 godziny. Przebudowano też na normalny szeroki rosyjski tor z Rejowca do Zamościa. W 1945 odbudowano dworzec, w 1962-63 częściowo zmienił częściowo architekturę (osobne hasło: Dworzec PKP Zamość).
W 1945 na kolei pracowało ok. 600 osób - najwięcej w parowozowni 200 (w tym 36 maszynistów i 37 pomocników), oddziale drogowym 160 w służbie ruchu 140, (m.in. 22 konduktorów, 17 kier. pociągu, 14 dyżurnych ruchu, ponadto hamulcowi, zwrotniczy, spinacze, odprawiacze, ustawiacze, przetokowi, rozdawca bagaży). W 1949 do Oddziału Drogowego w Zamościu przyłączono Oddział w Chełmie. W latach 50. do  linii kolejowe podłączają się bocznice kolejnych zakładów, w szczytowym okresie było kilkanaście boczni (osobne hasło: Kolej - bocznice). W 1963 w zamojskiej PKP pracowało 680 osób. W 1973 przeładowywano średnio 148 wagonów na dobę (osobne hasło: Transport kolejowy).
Zamość pełni w ruchu kolejowym ograniczoną rolę, sprawiło to niefortunne uzależnienie od stacji w Zawadzie (nazywana zawadą ruchu kolejowego), mające analogię w sytuacji Łodzi i Koluszek. Dyskusje wzbudzał oddalony od miasta dworzec. W 1950 wystąpiono o przystanek Nowe Miasto, lecz kolej odmówiła, argumentując odległością 1979 m (!) od stacji. Ale już w 1969 w tamtym miejscu, między ul. Peowiaków i Orlicz-Dreszera, zaplanowano lokalizację nowego dworca, tj. w centrum tak, jak w Warszawie, Krakowie czy Katowicach.
W 1951 Przewodnik po Ziemi Lubelskiej - Budowa nowej linii kolejowej łączącej Zamość z bogatymi powiatami południowej Kieleczczyzny przyczyni się do rozwoju miasta. W 1957 rozważano projekt połączenia Zamościa ze Śląskiem linią I klasy (aktualnie drugorzędne).W granicach miasta powstała obwodnica stanowiąca fragment wybudowanej w tym czasie Linii Hutniczo-Siarkowej (osobne hasło). W 1978 powstał tzw. błękitny biurowiec (osobne hasło) z nieukończonym peronem. Do kontrowersyjnego przeniesienia dworca na obwodnicę płn. nie doszło. Przez pewien czas jednak funkcjonował "Zamość Płn." (osobne hasło: Dworzec północny). W 1981 struktury PKP tworzyły: Stacja Zamość (zawiadowca Jerzy Wierzbowski), Lokomotywownia Pozaklasowa Bortatycze (dyr. Kazimierz Mrzygłód), Oddział Zarządu Robót Drogowych (naczelnik Czesław Zduniak) oraz Linia Hutnicza w budowie (osobne hasło: LHS).
W III 1983 wyprowadzono z miasta do Bortatycz lokomotywownię (przed przeniesieniem "wydawała" średnio na dobę 3,4 lokomotywy, przegląd wagonów w 1980 - 43,3, w 1990 - 29,1.
Ochrona Starego Miasta wymaga wyprowadzenia kolei z jego okolic (zniszczyła bastion, część wałów ziemnych, a także d. cmentarz ros.). 1 II 1991 wygaszono ostatnie parowozy w Zamościu.

 * W 1994 na terenie miasta znajdowało się 17 km kolei, a w dzielnicy przemysłowej 14 bocznic.
 * Tajemnica szybkości pociągów między Lublinem i Zamościem tkwi w geometrii torów. Bezpieczna jazda z szybkością pow. 90 km/godz. wymaga łuków min. 600 m, tymczasem, tutaj mają 200-300 m.
 * Podczas spotkania autorskiego w 1990 Urszula Kozioł żałowała wielu ginących pamiątek - ot choćby budki dróżnika kolejowego na miejskim przejeździe.