Jego fasada zamykała ul. Ormiańską - ob. hol hotelu "Renesans"). Była to świątynia osiadłych tu Ormian i ich kościoła ormiańskiego. Powstał za zgodą Jana Zamoyskiego, Przybyły ze Lwowa ks. Łukasz wzniósł drewniany kościółek i osadził przy nim ks. Krzysztofa Kałasta. Jego następca ks. Jakub Ałtunowicz zebrał wśród miejscowych Ormian 2966 zł i wzniósł ten murowany już kościół.
Powstał w 1626-33 (zapewne proj. Jan Jaroszewicz, przy współudziale Jerzego Wolffa), na planie krzyża łacińskiego (26 x 16,5 m), stosunkowo wysoki (26 m). Nawa nakryta była wielkim tamburem z 7-bocznym prezbiterium, trzema dekoracyjnymi szczytami i niespotykanym w tych stronach gzymsem tralkowym. Do fasady przylegała 8 boczna dzwonnica. Nawa i wieża nakryte były z ostrosłupowymi dachami krytymi dachówką. Takiego rodzaju ukształtowanie nawiązywało do tradycyjnej ormiańskiej architektury sakralnej.
W 1672 i 1709 zniszczony przez pożar (m.in. stopione dzwony), a na remont w 1710 złożyło się 19 Ormian. 
Wg spisu z 1749 w głównym ołtarzu był obraz z 2 złoconymi koronami i sukienką aksamitową, złotymi kwiatami adorowaną, w bocznych obrazy Jezusa Ukrzyżowanego i Przemienienia, ponadto św. Grzegorz z pozłacaną infułą, Jędrzej ze srebrnym płomykiem, Anna z NMP i MB Łaskawa. Znajdowały się tu obrazy słynące cudami św. Kajetana, MB Łaskawej i św. Onufrego (Cudowne obrazy). W kościele były także przed wielkim ołtarzem wielka srebrna lampa, zwisał wieloramienny świecznik tzw. lustr spiżowy.
W 1709 na odbudowę poświęcono srebra kościelne, złożyło się też 19 Ormian miejscowych i 3 spoza Zamościa. W 1754 oceniono mury jako niegrożące katastrofą, ale dachy przy dalszym zwlekaniu z remontem tak. Kościół w złym stanie czynny był jeszcze pod koniec XVIII w., przy niemal kompletnym już braku wiernych  Kasatę opuszczonego kościoła Austriacy zarządzili w 1802.
Budynek nabył ordynat i podarował miastu (sala teatralna), a wyposażenie rozproszono po okolicznych kościołach (MB Łaskawa w Szczebrzeszynie, dzwony w Hańsku). Później dowództwo twierdzy zamierzało adaptować kościół na magazyny (w 1818 zupełnie zdezolowany, przedtem składowano w nim siano), ostatecznie jednak w 1826-27 został rozebrany. W czasie budowy hotelu odkryto m.in. 2 krypty, ponadto odnaleziono inwentaryzację kościoła. W 2000 wmurowano tablicę upamiętniającą miejsce po kościele.


 * W 1749 w kościele było 35 ornatów, 3 chorągwie, baldachim, 2 podarte dywany, 6 zgniłych kobierców, 2 kilimy, sukno pod ołtarz, wielka waza cynowa do święcenia wody, cynowe i spiżowe lichtarze oraz księgozbiór liturgiczny, m.in. Martyrologium ormiańskie, po trzy mszały ormiańskie i łacińskie, dwa brewiarze ormiańskie, Szaragan [?], "mała polska ewangelia", łącznie 14 pozycji.
* Profesor M. Pawlicki był ze studentami PK gdy prowadzono prace ziemne pod hotel i odkryto podziemia kościoła ormiańskiego. Kazał je zamulić piaskiem z wodą i tkwią one pod hotelem (J. Herc)