Jego działalność w Zamościu zainaugurował pierwszy misjonarz tego kościoła ks. Marian Piechociński. proboszcz z Krosna, wygłoszonym 18 IV 1926 odczytem, po którym w domu Korbasa zebrał się komitet organizacyjny. Na nabożeństwa ks. Piechocińskiego gromadziły się tłumy w budynku dawnych koszar (ul. Partyzantów 92) odprawiano nabożeństwa. 13 V ogłoszona została tutaj pierwsza na Lubelszczyźnie parafia, z ks. Władysławem Faronem na czele. 6 VI 1926 spotkał się ze zwolennikami kościoła piłsudczyk, poseł Tadeusz Hołówko, 4 X 1926 przybył ordynariusz ks. bp F. Bończak, a 23 XI dwutysięczną rzeszę zamojskich wyznawców odwiedził założyciel kościoła w USA biskup Franciszek Hodur. Tego roku na konferencji diecezjalnej kościoła rzymskokatolickiego uznano Zamość za zagrożony sekciarstwem i doszło do ekscesów związanych z pierwszym pogrzebem.
16 VI 1927 odprawiono pierwszą mszę w wybudowanym przy ul. Odrodzenia 14 kościele p.w. Serca Jezusowego, od 1934 plebania. Odpust obchodzony w 1-szy piątek po oktawie Bożego Ciała. 14 V 1931 parafia obchodziła 5-lecie - w tym czasie odnotowano 87 chrztów, 102 śluby i 44 pogrzeby. 4 VI 1933 z okazji 10-lecia KN na cmentarzu kościelnym postawiono pamiątkowy krzyż. Tego roku parafia zamojska obejmująca zasięgiem cały powiat liczyła 1973 wyznawców. Wielu z nich należało do radykalnych organizacji chłopskich (przy kościele odbywały się zebrania).
Pierwszy proboszcz ks. Władysław Faron został dziekanem, a 29 VI 1928 administratorem kościoła narodowego i wikariuszem generalnym, W III 1929 na synodzie w Zamościu został biskupem, od XII 1929 biskupem PNKK dla całej Polski. Zamość był w tym okresie ogólnopolskim centrum PNKK. Do 1934 mieściła się tu kuria biskupia i kancelaria diecezjalna. Wychodziły tu wydawane i redagowane przez ks. W. Farona ogólnokrajowe Czasopisma Kościoła Narodowego. Była też drukarnia (osobne hasło: drukarnie). 2 IX 1931 bp Faron został wykluczony z PNKK, po rozłamie, na samowolnie zwołanym 2 VI 1932 synodzie w Zamościu został arcybiskupem Polskiego Kościoła Starokatolickiego. W poł. 1933 przeniósł się z Zamościa do Warszawy, założył kościół starokatolicki i został jego zwierzchnikiem, w Zamościu w 1934 konsekrował 2 biskupów (w 1948 wrócił do kościoła rzymskokatolickiego). Po wyjeździe ks. Farona parafia zaczęła podupadać. Stała się miejscem sporów między zwolennikami kościoła narodowego i zwolennikami Farona. Od 1926 posiadali na cmentarzu prawosławnym  (wg ksiąg parafialnych ok. 50 grobów). W 1961 w Zamościu jeden z 12 dekanatów w kraju.
W w Zamościu pracowało kilkunastu często zmieniających się księży. Najdłużej w pamięci pozostali: ks. biskup Adam Jurgielewicz, ks. Perkowski, ks. Władysław Tuszyński i ks. Edward Gajkoś. W czasie okupacji obowiązki proboszcza pełnili kolejno: ks. J. Doktor, ks. Edward Narbuttowicz, ks. Marian Strzałka (wychowanek parafii), ks. Józef Osmólski.
W 1947 parafia skupiała 120 rodzin (600 osób) też poza Zamościem, ob. ok. 80 rodzin i drugie tyle sympatyków. W 1983 i 1989 przebywał w Zamościu zwierzchnik kościoła w Polsce ks bp Tadeusz Majewski (wcześnie biskupi J. Pękalski 1954, L. Grochowski 1957, M. Rode 1959). W 1995 bp Majewski był jeszcze raz (z biskupem z USA), nadając najwyższe odznaczenie proboszczowi oraz najstarszym parafianom Edwardowi Kurzępie i Marii Kopciowskiej. Proboszczowie: 1945-57 Walerian Kierzkowski, 1957-59 Teodor Elerowski, 1959-1964 Edward Jakubas, 1964-76 Marian Strzałka, 1976-2020 Zbigniew Krekora, od 2020 Kamil Wołyński.

 * Kościół polskokatolicki wywodzi się z idei starokatolicyzmu, powstał w USA jako Polski Narodowy Kościół Katolicki, od 1921 także w Polsce (do wojny nieuznawany przez władze). W 1952 przyjął nazwę Kościół Polskokatolicki w PRL, potocznie nazywany "kościołem narodowym".
 * Kwaterę na cmentarzu prawosławnym wyznaczyła w 1926 na wniosek PPS Rada miejska, po tym jak policja rozpędziła w IX pogrzeb polskokatoliczki Józefy Wilczyńskiej, której hierarchia nie pozwoliła pochować na cmentarzu rzymskokatolickim. Trumnę wystawiono na szosę, po pół godzinie starosta usunął policję, która aresztowała 10 osób, m.in. radnego i obserwatora Stefana Sędłaka, zwolnionych następnego dnia po zapłaceniu kaucji. Na zapowiedzianą przez kolegiatę procesję i "wyświęcenie na nowo cmentarza" 20 IX przyszło 11 kobiet
 * W 1931 ustalono 6 okręgów synodalnych - 1. zamojsko-lubelski (5 powiatów, 15 parafii), 2. warszawsko-pomorski, 3. krakowski, 4. sandomiersko-kielecki, 5. chełmsko-włodzimierski, 6. jastkowicki.
 * Od 2002 zamojski kościół polskokatolicki posiada "organistę" na pilota (uruchamia ksiądz w trakcie mszy). Na chórze oprócz fisharmonii głośnik, przy ołtarzu magnetofon z 30 mszami nagranymi przez zaprzyjaźnionych organistów na fisharmonii i keyboardzie.