Liczył ok. 12 tys. tomów, gł. o treści rolniczej, geograficznej, matematyczno-przyrodniczej, także z zakresu historii, literatury, beletrystyki, w tym ok. 5 tys. starodruków, w większości książki obcojęzyczne. Do Klemensowa trafiały dublety z Biblioteki Ordynacji Zamojskiej w Warszawie, zbiory Akademii Zamojskiej oraz jej profesorów i Sz. Szymonowica. Jak twierdzi Marcin Zamoyski biblioteki w Klemensowie i Warszawie nie były osobnymi bibliotekami i książki krążyły między nimi.
Książki z pałacu w Klemensowie przejęte zostały przez państwo po skazaniu Jana Zamoyskiego w 1950 przez sąd wojskowy za działalność w WiN - 10 lat więzienia i przepadek mienia, od 1957 uchwałą PWRN w posiadaniu Biblioteki im. H. Łopacińskiego w Lublinie, jako mienie opuszczone. W oparciu o ustawę rehabilitacyjną z 1991 Jan Zamoyski wystąpił o zwrot 10 tys. książek, a Sąd Najwyższy w 1994 uznał pozew (biblioteki nie podlegały reformie rolnej). Biegli spisali 9331 tytułów książek, map, rękopisów (woluminów 12.233), ostatecznie w 1999 sąd nakazał zwrot 7783 tytułów.
Księgozbiór stał się obecnie własnością Marcina Zamoyskiego i jego sióstr, w 2005 decyzją M. Zamoyskiego umieszczone zostały jako depozyt w Bibliotece Miejskiej w Zamościu. Liczy obecnie 6603 starodruków, 5391 książek XIX-wiecznych i 371 z XX w. (łącznie w 12.365 woluminów). Najstarsze pochodzą z XVI w., m.in. Historia Polonica Jana Długosza z 1615 czy Herby rycerstwa polskiego Bartosza Paprockiego z 1584, traktat o architekturze z tegoż roku, Saxonia Albertusa Krantza z 1575.
W 2015 odbyła się w Książnicy Zamojskiej konferencja naukowa "Księgozbiory rodziny Zamoyskich".

 * Po konferencji w 2015 dołączono do księgozbioru klemensowskiego kolejne starodruki, m.in. Gramatykę z XVI w., w której znajdują się notatki wykonane prawdopodobnie ręką samego kanclerza Jana Zamoyskiego.