Otwarte 25 X 1987 z inicjatywy, kosztem i staraniem Jana Zamoyskiego (oficjalnie Muzeum Sakralne Fundacji Rodziny Zamoyskich). Zamierzał je utworzyć już w 1938. Współorganizatorem i kustoszem (1986-96) był Leszek Łojewski. Zajmuje 3 pomieszczenia w Infułatce. Posiada ok. 300 eksponatów, głównie ze zbiorów skarbca kolegiackiego, w 90% darów wielu pokoleń Zamoyskich dla Kolegiaty.
Do arcydzieł sztuki złotniczej należy:
 - relikwiarz w krysztale górskim z cząstką szaty NMP, jeden najwybitniejszych tego typu zabytków w sztuce polskiej i jedno z wybitniejszych dzieł jubilersko-złotniczych w Polsce przełomu XVI/XVII w.
Do najcenniejszych eksponatów należą również:
- ampułki na wino i wodę srebrne z tacką, późnorenesansowe "roboty augsburskiej" (1612-18, dar II ordynata), wypożyczane m.in. na wystawę na Wawelu, także inne ampułki z tacą z 1777,
 - relikwiarz Św. Tomasza, kulisty - również w krysztale, zdobiony rubinami - darowany przez Jana Zamoyskiego (XVI/XVII w.),
 - barokowe relikwiarze monstrancyjne: św. Piotra Ap. z okruszkami kolumny przy której był biczowany, z fundacji XI infułata (Jerzy Nawarra, z pochodz. Portugalczyk,  Wrocław, ok. 1740) oraz dwa z fundacji  infułata Arakiełowicza: z Cierniem z Korony Chrystusa i Drzewem Krzyża Św., obydwa z 1738,
 - bogato zdobiona złota monstrancja promienista fund. Marcina Zamoyskiego (1685), rokokowa monstrancja promienista fund. VII ordynata (J. Nawarra 1747), kielich mszalny złoty z wizerunkami na stopie i czarze (1641, zamojski złotnik Franciszek),
 - pacyfikały relikwiarzowe krzyżowe: wielki srebrny pacyfikał z relikwią św. Jana z Dukli, ze stopą z gotyckiej monstrancji (1618, d. w tabernakulum), srebrny pacyfikał św. Jana Nepomucena (1 poł. XVIII w.), bez relikwii, ze sceną, m.in. topienia świętego, pacyfikał z drewna hebanowego św. Felicissimy, z Chrystusem z kości słoniowej (2 poł. XVII w.), pacyfikał z drzewa sandałowego, z dekoracjami z masy perłowej (1 p. XVII w.)
Do cenniejszych należy kolekcja szat liturgicznych - 17 ornatów, 1 kapa, 3 dalmatyki i 4 infuły, a ponadto infułackie - rękawice i pantofle.
W muzeum eksponowana jest
 - jedyna zachowana w Polsce alba koronacyjna Michała Korybuta Wiśniowieckiego (cienkie płótno, wykończona koronkami flamandzkimi), przekazana przez jego matkę, pocz. uchodziła za albę koronacyjną Stefana Batorego. W 1917 jedna z gazet pisała o "kolczudze Batorego".
Są też:
 - relikwiarze szkatułowe - srebrny, duży relikwiarz św. Jana Kantego z berłami Akademii (Kraków 1703) i relikwiarz św. Tekli (Lwów, ok. 1760), komplet relikwiarzy z pałacu w Klemensowie, multirelikwiarz medalionowy Michała Korybuta Wiśniowieckiego,
 - puszka na hostie i kasetka (1620-28, dar ordynatowej), świeczniki z godłami Akademii (ok. 1630) i z fundacji infułata (1621-39), łódka na kadzidło (1714, brąz);
 - późnogotycka misa chrzcielna ze sceną Zwiastowania (pocz. XVI w.),
 - okazała, wysokiej klasy barokowa chrzcielnica z brązu w kształcie muszli z wazą i scenami biblijnymi (Francja, ok. 1628, wys. 190 cm), dawniej stała w Kaplicy Relikwii;
 - srebrny krzyż procesjonalny (1687) na drzewcu chorągwi wielkiego wezyra zdobytej przez Marcina Zamoyskiego ze swoją chorągwią pod Wiedniem, pokazywany na Wawelu, krzyż ten niesiono na czele procesji wprowadzającej do katedry pierwszego zamojskiego biskupa;
 - popiersie fundatora Kolegiaty z blachy miedzianej (wyk. Charles Christofle, ok. 1860, postrzelane w czasie powstania, wydobyte z gruzów Pałacu Błękitnego, później w podziemiach kościoła jezuitów);
 - portrety ordynatów, m.in. Tomasza (Jan Kasiński), Jana Sobiepana (trumienny, Jacek Chylicki, wzgl. Wojciech Mantukowicz, 1665), Marcina (owalny) i Klemensa (1750), także współczesne, m.in. ostatniego ordynata Jana Zamoyskiego i infułata ks. Jacka Żórawskiego (mal. M. Kaszuba, 1988), infułatów: nn (2 poł. XVII w.) i Jana Lubańskiego (k. XVIII w.), prałata Feliksa Kwiatkowskiego (XVIII/XIX w.), papieża Klemensa (Jan Majer, depozyt Muzeum Zamojskiego), ponadto anonimowy portret trumienny.
Eksponowany jest też m.in. baldachim procesyjny (XVIII w.), srebrna barokowa sukienka z obrazu Matki Zamojskiej, feretron (Matka Boska z Dziec./św. Dominik, 3 ćw. XVIII w.), bęben-kocioł (1 p. XIX w.), latarnia przed wiatykiem (2 p. XIX w.), księga czł. bractwa Szkaplerza św. i Różańca św. (1624-1917), mszały rzymskie z 1640 i 1677. Od 2008 także biała sutanna papieża Jana Pawła II.
Muzeum czynne codziennie od V do X, poza sezonem tylko w niedziele. Muzeum zwiedziło wiele znanych osób (m.in. prymas J. Glemp).

 * Jan Zamoyski - Niech to muzeum, aczkolwiek w skromnych rozmiarach, przyczyni się do podniesienia duchowego i kulturalnego naszego społeczeństwa, przez okazanie spuścizny po przodkach zarówno naszej rodziny, jak i różnych mieszkańców, artystów i dobroczyńców.