Obecnie w mieście w ograniczonym stopniu działalnością naukową zajmują się 4 szkoły wyższe. W 1985 obroniony został w Zamościu pierwszy od prawie 2 wieków historyczny doktorat. 30 XI 2012 odebrała w pałacu Prezydenckim  pierwszą w dziejach Zamościa nominację profesorską. (Hanna Klikocka) Mieszkający i pracujący w Zamościu biolog prof. Tomasz Biliński prezentował swoje osiągnięcia na Uniwersytecie Kalifornijskim (Akademia Rolnicza). Poza uczelniami najwyższe profesorskie stopnie naukowe związane są z kurią biskupią i szpitalem im. Jana Pawła II. Obecnie ks. bp Jan Śrutwa historyk kościoła w starożytności, autor dwu monografii i ks. Franciszek Greniuk specjalista w dziedzinie historii teologii moralnej, autor dwu monografii, wykładowca na KUL mieszkają poza Zamościem. Pod redakcją rektora WSHE prof. Marka Żmigrodzkiego ukazała się Encyklopedia politologii (4 t.). Z blisko 20 profesorów zwyczajnych i nadzwyczajnych wykładających na 4 zamojskich uczelniach jest kilku "własnych", a więc zamieszkałych w Zamościu. 5 prof. zwyczajnych posiada Wydział Nauk Rolniczych. W Zamościu mieszka prof. Waldemar Martyn, jedyny z trzech rektorów ze stopniem  profesorskim.
Mieszkańcami Zamościa, stąd pochodzącymi jest także dr hab. Władysław Pańczyk pedagog (4 publikacje książkowe, wiceprezes ZG Tow. Naukowego Kultury Fizycznej), dr hab. Marek Blaszke filozof, autor książek poświęconych XVIII-wiecznej Francji, Andrzej Samborski. Znaczącą aktywność naukową przejawia wiele osób z grona doktorów (Doktoraty). W 2004 zawiązało się Zamojskie Tow. Filozoficzne. osobne hasło: Medycyna, Prawo, Teologia, Astronomia, Wynalazcy. Zamość był miejscem wielu naukowych zjazdów, sesji i konferencji.