Powstawała od 1983, zbudowana 1993-95 w płn.-zach. części miasta (na lewym brzegu Łabuńki). Jest jedną z nowocześniejszych w Polsce (nad 14 ha terenem dominują srebrzyste 2 cylindryczne komory fermentacyjne). Zastosowano w niej szereg niespotykanych dotąd w Polsce rozwiązań. Pierwsze czyste ścieki popłynęły do rzeki 28 VIII 1995 (otwarta 8 XII). Przepustowość oczyszczalni wynosi 28 tys. m3 na dobę (w 2002 przerabia tylko 13,5 tys. m3), gdy starej - 12 tys. Zatrudnia 53 prac. (2002). Rocznie wytwarza się ok. 10 tys. t suchej masy - nawozu organiczno-wapniowej przekazywanego bezpłatnie rolnikom (sprasowane kostki), a na własne potrzeby wykorzystywany jest również otrzymany z fermentacji biogaz, a od 1999 wytwarzana jest energia elektryczna i cieplna (latem własne zapotrzebowanie pokrywano w całości). Wkrótce w pobliże oczyszczalni zaczęły przenosić się ryby. W 2004 z 18 tys. t nieczystości z Zamościa, po utylizacji na wysypisko trafiło tylko 25% odpadów.
W 2005 powstał proj. zakładu utylizacji przy oczyszczalni  (technologia mokrej fermentacji beztlenowej) dla miasta i 13 gmin o wyd. 35 tys. ton, ale został  oprotestowany przez mieszkańców Janowic.