Część członków organizacji podziemnych pozostała jednak nadal w konspiracji. Działalność kontynuowało utworzone na bazie - BCh Dowództwo Armii Podziemnej i AK ze Stanisławem Sobierajem ps. "As" na czele. Sieć wywiadowczą we wszystkich instytucjach na terenie miasta organizowała Leokadia Lewicka ps. "Rezeda".  W VI 1945 w siatce wywiadowczej pracowało w mieście 55 osób. Szefem wywiadu na Zamość został Józef Gielmuda ps. "Biały", łączniczkami Bąkowska ps. "Lalka", Helena Horodelska, Maria Serafin ps. "Alicja", a dowódcą lotnej żandarmerii Adam Altmajer "Jodła", w jej skład wchodził m.in. Jerzy Matuszewski. 12 XI 1945 ujawniło się 312 ludzi "Wikliny". Najbardziej nieugięta część przekształciła się w IX 1945 w WiN z Marianem Pilarskim "Jarem", komendantem obwodu zamojskiego na czele. W XII 1945 wykryto w mieście organizację "Ruch Oporu" (aresztowano 16 czł.), a 2 II 1946 ujęto przy ul. Lwowskiej 20 czł. "bandy". W II 1945 zlikwidowano miejscową placówkę NSZ.
W pierwszym etapie  podziemia poakowskiego na czele inspektoratu "Zamość" stał Stanisław Prus ps. "Józef", po nim Marian Gołębiowski ps. "Ster", na czele obwodu "Zamość" - Michał Polak ps. "Żelazny".
2 XII 1944 w zasadzce na Majdanie zginęło 11 funkcjonariuszy UB (zob. Wybuch na Majdanie). Pojedynczo giną m.in. kmdt RKU (Józef Kropornicki, 2 IX 1944), I-szy kmdt powiat. MO (Józef Małysz, 16 X 1944 w wypadku), wiceprzew. MRN (Franciszek Kazanecki, 29 III 1945). Podziemie dokonało egzekucji na reprezentantach "władzy" również 19 XII 1944, 28 IV, 5 V, 17 V, 24 VIII 1945. W ciągu niespełna 2 jesiennych miesięcy 1946 wykonano 5 wyroków śmierci na przedstawicielach nowej "władzy". Dokonano napadów na więzienie 7 X 1944 i 8 V 1946. Wyroki otrzymało 6 uczniów gimnazjum wg władz członków istniejącej tam komórki dywersyjnej WiN.
18 I 1947 Wojskowy Sąd Rejonowy skazał grupę zamojskich WiN-owców z gimnazjum: Jerzego Matuszewskiego (dowódca) i Jerzego Kuszela na kary śmierci (zamienione na dożywocie), Tadeusza Ostrowskiego na 15, Jerzego Ponachajbę na 10 lat. W II 1947 w procesie 8 czł. WiN (m.in. napad na więzienie, wykonywanie wyroków śmierci), w "Consulatusie" wydano 2 wyroki śmierci (Franciszek Adamczuk i Franciszek Węcławik).
W 1948 na bazie WiN powstał "Inspektorat Zamojski AK" z "Jarem" na czele, z rozbudowaną strukturą, m.in. Wojskową Służbą Kobiet (komendant Maria Kitka ps. "Maria"), do której należało wiele kobiet z miasta. W 1950 większość kierownictwa aresztowano. 17 I 1950 wykonano we Wrocławiu wyrok śmierci na "Urszuli" (Roman Szczur). 12 V 1950 aresztowano Mariana Pilarskiego "Jara" ostatniego szefa Inspektoratu Zamojskiego WIN-AK, który ze Stanisławem Biziorem "Śmigło" (egzekutor wyroków) zostali straceni w 1952. Długoletnie wyroki otrzymali inni zamojscy WiNowcy, m.in. Kazimierz Kaleta. Po wojnie zamojski inspektorat nosił kryptonim "Muzeum". W 1950 na bazie resztek organizacji utworzono nową - "Polską Armię Narodową" (wywiad, propaganda), zlikwidowaną w II 1951.
Duży rozgłos miała "sprawa zamojsko-lubelska". W 1948-53 działały w Zamościu organizacje konspiracyjne (osobne hasło). Od 1978 kolportaż pism ROPCiO prowadził Marian Gołębiowski, zaangażowani byli też Irena Zakrzewska i Bohdan Gałaszkiewicz. Na pocz. 1978 Zamość wymieniany wśród 12 miast w Polsce (najmniejsze) w których działały Punkty Konsultacyjno-Informacyjne tej organizacji (od k. 1977 w mieszkaniu Stanisława Czopa), jednak o bardzo ograniczonym zasięgu. Też Utrwalanie "władzy ludowej".

 * 12 XI - 300-osobowy oddział partyzancki AK ,,Wiklina" ujawnia się i składa broń - zgodnie z umową z szefem Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego, który z kolei zwalnia z wiezienia dowódcę tego oddziału, ppor. Józefa Kaczoruka ,,Ryszarda" (uwolnionego z więzienia w wyniku akcji AK z 7 X 1944, następnie ponownie aresztowanego 1 XI 1944). Wielu żołnierzy oddziału wkrótce potem zostało aresztowanych (Ilustr. Przewodnik po Polsce Stalinowskiej, Warszawa 1999)
 * Siatka wywiadowcza zorganizowana przez Leokadię Lewicką  w VI 1945 liczyła 31 osób, które znajdowały się w najważniejszych urzędach, m.in. w UB Petronela Niechaj ps. "Zorza" pielęgniarka, w MO sierż. Leonard Schinauer ps. "Świt" przedwojenny policjant, wywiadowca AK, w Starostwie Zofia Tokarz "Rezeda II" sekretarka starosty, w magistracie Władysław Kolbuszewski "Mimoza".
 * 30 VI o 21.00 na ul. Akademickiej kilku uczniów gimnazjum miało wykonać wyrok na dwóch polcjantach z bezpieczeństwa (Kulik, Biernacki). Zamach się nie udał i zostali aresztowani, u jednego znaleziono pistolet 7-mkę. Bezpieczeństwo aresztowało także innych uczniów. (za Z. Pająkiem)