Pododdziały 8 Korpusu Strzeleckiego (44 dywizja) - 2 bataliony strzelców na ciężarówkach, batalion czołgów i bateria artylerii - weszły do Zamościa 25-go po południu (wieczorem?)  od strony Hrubieszowa (wg plakatu 25-go).  Następnego dnia w ratuszu doszło do spotkania przedstawicieli wojsk niemieckich i sowieckich, a o godz. 9 wieczorem zwiadowcze patrole sowieckie podeszły drogą szczebrzeską. Na wysokości stacji kolejowej Oczekiwał je Ludowy Komitet Przywitania Czerwonej Armii.
Komendant miasta Zamościa st. por. Ochrynienko ogłosił stan wojenny. Komendant garnizonu mjr Kowalow (później por. Lewycha) "przekazał" władzę cywilną Tymczasowemu Komitetowi Samorządowemu, (wcześniejszy Komitet Powitalny) złożonemu z polskich i żydowskich komunistów, w jego skład weszli Stanisław Kardyga - przewodniczący, sekretarz - Michał Błaszczak, Michał Hakman, Jan Bartoszczyk,  Józef Dziuba, Michał Brones, Aleksander Kozłowski, Marek Fink Mojżesz Epstein. Do najaktywniejszych należeli także Hasiec, Winiarski, Oszkodar, Skiba, Pleskaczyński. Komitet wydał kilka odezw i zarządzeń. Powstała nazywana "czerwoną" Milicja Miejska (ok. stu osób) z Michałem Błaszczakiem i Janem Skibą na czele.
Komuniści i Żydzi z czerwonymi opaskami, jeszcze przed wejściem Sowietów rozbrajali polskich żołnierzy, poniżali, a oficerów zatrzymywali. Na ul. Lwowskiej (ob. II LO) ustawiono bramę triumfalną i komunizujący mieszkańcy witali wojsko chlebem i solą.
Władzę sowiecką poparła olbrzymia większość Żydów. Ogłoszono godzinę policyjną (od 22 do 5), zatrzymano zakładników, aresztowano m.in. oficerów WP (wielu w Domu Czynszowym), pracowników starostwa, trzymanych pod gołym niebem w obozie przejściowym przy ul. Okrzei, splądrowano wiele mieszkań. Żydowscy milicjanci wielokrotnie przychodzili po ukrywających się księży, Kupców doprowadziło do ruiny zrównanie kursu złotego i rubla. Po donosie dotarli do ukrytego Hołdu Pruskiego, ale po 7-krotnym przekłuciu bagnetem, wyjęciu, nie uznali go za przedmiot interesujący.
3 X wywieziono jeńców, a do 8 X opuściły Zamość wszystkie oddziały. Opuszczając Zamość Sowieci zabrali kilkuset jeńców (12 wagonów), ponadto ogromne ilości żywności, węgiel szyny i podkłady, rowery, łóżka z koszar itp. Wraz z nimi wyjechały czerwone władze Zamościa (ok. 50) i blisko 1000 Żydów, głównie młodych (w niektórych opracowań wielokrotnie więcej, 4-5, a nawet 7-8 tys.). Zatrzymywali się m.in. we Włodzimierzu, Lwowie, Brodach, Łucku, Kowlu, a nawet w Białymstoku. W mieście miało zostać ponad  4 tys. Żydów.
Rozkaz garnizonu nr 1 z 26 września 1939 r. w Zamościu
 1. Dnia 25 września 1939 r. Armia Sowiecka zajęła miasto Zamość, Władzę cywilną obejmuje tymczasowy Komitet Samorządowy.
 2. Komendantem miasta Zamościa mianowany został st. porucznik tow. Ochrymenko.
 3. W mieście ogłasza się stan wojenny. Po godzinie 22 wg czasu moskiewskiego (wg naszego czasu 20) nie wolno przebywać na ulicy.
 4. Dowództwo garnizonu wzywa ludność miejską do okazania pomocy Komitetowi miejscowemu i dowództwu w zaprowadzeniu porządku i normalnego życia w mieście.
 5. Rozkazuję oddać całą posiadaną broń palną i białą do Komitetu miejscowego do godz. 22 dnia 28-go września. Winni nie złożenia broni zostaną pociągnięci do odpowiedzialności.
 6. Obywatele, którzy będą stawiali opór władzom miejscowym i naruszą porządek, zostaną pociągnięci do odpowiedzialności na podstawie prawa wojennego.
Komendant Garnizonu major Kowalow

 * Przed wejściem sowieckich wojsk rano w mieście ludzie z czerwonymi opaskami szukały ukrywających się oficerów i żołnierzy WP oraz policjantów, w pierwszej kolejności w Domu Czynszowym. Zastali pozamykane drzwi Nie znajdując nikogo, plądrowali mieszkania, zabierając co cenniejsze rzeczy i meble (Kazimiera Ponikowska)
 * Z plakatu Do ludności m. Zamościa - W dniu dzisiejszym przywitamy na ulicach naszego miasta oddziały bohaterskiej Armii Czerwonej. Czerwona Armia przynosi nam wyzwolenie z faszystowskiego jarzma obszarniczo-kapitalistycznego i zapewni uciskanym narodom (...) chleb, ziemię, wolność i pokój. Zniesie wszelki ucisk narodowościowy. Wzywamy ludność miasta Zamościa do najgorętszego przywitania bohaterskich żołnierzy bratniej Armii Czerwonej (...) Zamość, 25.09.1939. Ludowy Komitet Przywitania Czerwonej Armii.
 * Sowieci rozstawili w mieście wozy,  których rozdawali chleb. Jeden z nich ustawiony był na rogu ul. Sadowej i Piłsudskiego. Także w sadzie Antoniszewskiego rozłożyły się grupy żołnierzy sowieckich, palili ogniska i coś tam gotowali. Część żołnierzy sowieckich rozlokowana była w koszarach zamojskich, część w bliskości dworca kolejowego przy ul. Szczebrzeskiej (wspominała w 1990 Kazimiera Ponikowska, "Tygodnik Zamojski").

 !!! 26 IX 1939 na ratuszu doszło do kurtuazyjnego spotkania niemiecko-sowieckiego (pułkownik i komisarz).
 * Wśród kilkuset wywiezionych był policjant z Hrubieszowa, który po przekroczeniu Bugu wyłamał deski w wagonie i uciekł z transportu. Po wojnie mieszkał w Zamościu i utrzymywał się ze skupu złomu.
 * Jan Sztern - Z przemówienia młodego pułkownika dowiedzieliśmy się, że miasto znów ma podlegać Niemcom i kto chce może wyjechać na wschód. "Wyjazd" był urządzony zgodnie naturalną selekcją. Wdrapać się po stromej ściance wagonu mogli tylko młodzi i fizycznie sprawni ludzie. Starszym, niezbyt zdrowym , niestety, to się nie udawało. Wagony te długo nie czekały... Zdążyłem się wdrapać do "tepłuszki", jak nazywano po rosyjsku towarowe wagony.