Okupacja rozpoczęła się 8 X 1939 (Wrzesień 1939) i trwała w Zamościu 1752 dni. 8 X komendantem wojennym miasta został mjr Harms (też na czele sądu wojennego, odpowiedzialny za pierwsze egzekucje), następnym hauptmann Paul Wagner. Koszary obsadził 98 pułk artylerii XVII korpusu 14 armii, a po reorganizacji dwa pułki z 221 DP. Po 18 dniach władzy Wehrmachtu, 11 XI przybył niemiecki starosta Helmuth Weihenmeier (wszyscy urzędnicy opuścili stanowiska, mocno go rozczarowując) natomiast pozostawiono początkowo burmistrza Wazowskiego (w 1941 zginął na Rotundzie), dodając mu komisarza fanatycznego nazistę Waltera Krügera (od X 1942 Willy Grutzek). Później do końca wojny burmistrzem był profesor gimnazjum Otto Werner. 
Dowództwo wojskowe w Lublinie utworzyło 3 okręgi - w Zamościu południowy krypt. "Wintzer" z 4 rejonami. Od XI 1939 funkcjonowała policja bezpieczeństwa - Gestapo (gmach Czerskiego, początkowo tylko mieszkanie Kuncewicza), z I-szym komendantem Marcinkowskim i z-cą Krügerem. Wzmocniono je silnymi oddziałami policji porządkowej SIPO. Od XI 1939 stacjonował sztab 2 kompanii 91 batalionu odwodowego policji z Kassel (Monachium?), później  nr 104 z Hamburga, od k. 1940 do poł. 1942 r. stacjonował w Zamościu, 314. batalion policji z Wiednia. Wymieniany był również batalion 73 oraz straż graniczna (gmach Akademii).
Sztab żandarmerii dla 4 powiatów mieścił się Domu Centralnym, później ul. Orlicz-Dreszera 2. Jak pisał Sochański - z końcem 1939 w ryzach tutejszy powiat miało trzymać 5 tys. ludzi. W 1940 w baraku przy ul. Odrodzenia stacjonował szwadron pułku kawalerii "Totenkopf". W 1943 stał w mieście 818 batalion z ostlegionu ormiańskiego oraz batalion policji ukraińskiej. W sumie pod bronią stacjonowało do 5 tys. Niemców. Szef gestapo rezydował w willi przy ul. Orlicz-Dreszera 26, przy tej samej ulicy była komendantura garnizonu dla policji i SS oraz NSDAP (później ul. Piłsudskiego 9). Przy ul. Orlej był klub oficerów i podoficerów SS (SS Kameradschaft). Starosta Weinheimer mieszkał w Gmachu Czerskiego zajął też dom Bodaków przy ul. Narutowicza 18. Wykwaterowano mieszkańców Domu Czerskiego, nowej kamienicy Epsztejnów przy ul. Sienkiewicza (mieszkania dla gestapowców), potem z ul. Orlicz-Dreszera i Jasnej.
Wiosną 1942 w Zamościu i okolicy stacjonowało 25 tys. żołnierzy niemieckich. Powstały baraki wojskowe (Koszary niemieckie). Latem 1943 skupiono tu duże siły policyjne, m.in. batalion i sztab krwawo wsławionego 25 pułku policji SS. W IV 1944 utworzono pułk samoobrony SS (batalion policji SS + miejscowa żandarmeria).
Już 15 X otwarto Arbeitsamt (najpierw krótko w koszarach, ul. Partyzantów 25, później w Ubezpieczalni) z oddz. w Krasnymstawie i Biłgoraju. W Szkole Rolniczej na bazie istniejącej od 1941 Gł. Stacji Zbiórki i Wymiany Koni dla Kawalerii SS działała w 1942-44 szkoła SS Jazdy Konnej kierowców i kawalerii SS (SS-Reit und Fahrschule) - cykl dla wcielanych ochotników (4 plutony) i cykl podoficerski (1 pluton). Zbudowano ujeżdżalnię i stajnie (krążyły opowieści, że ich mury podparte są szczątkami wymordowanych tam Żydów i jeńców radzieckich) na 100 koni i garaże. Wg innych stacjonowało tam ok. 300 koni i 140 Niemców. Kadra i kursanci zapisali się ponurą sławą (rozstrzeliwania, pacyfikacje).
1 III 1943 w mieście (oprócz wojska i policji) było 267 Niemców oraz 605 volksdeutschów i deutschstämigów (I 1944 - 2100 i 820). Byli w Zamościu też Niemcy pozytywnie zapisani, jak np. komendant koszar mjr Kersten, komisarz "Snopu" Ernst Wenk, czy inżynier ukrywający Żyda Feldmana, albo żona gestapowca Margarita Tils właścicielka hotelu. Działało tu biuro werbunkowe fabryk Opla. Wśród miejscowych Niemców był kominiarz Friedrich Wahl, rzeźbiarz Johann Gerber, cukiernik Rother (Żeromskiego 11), modystka Jasniska (Staszica 19).
Osobne hasła: Ośrodek przesiedleńczy w Zamościu, Martyrologia okupacyjna, Zbrodniarze hitlerowscy.

 * Ze wspomnień starosty Sochańskiego o pierwszych dniach okupacji - Ulice miasta wypełniło żołdactwo niemieckie poszukujące polskiej kiełbasy i polskiego masła. Codziennie ciężarowe wozy "Feldpost" odwoziły na dworzec kolejowy góry paczek żywnościowych do "Heimatu", jako "pozdrowienia świąteczne ze zdobytego kraju.(...) Wiele dobra społecznego poginęło już lub uległo rozgrabieniu. Niemcy nie oszczędzali nikogo, palili szkolnymi ławkami, stołami, kradli co tylko przydać im się mogło - makaty, dywany z biur, obrazy i inne urządzenia.
 * W polskojęzycznej gazecie niemieckiej z XI 1940 - Pod opieką niemieckich władz Zamość stał się miastem schludnym, zaopatrzonym w najlepszy szpital. Posiada wiele bogatych sklepów. Z podcienia usunięto Żydów, razem z ich brudem i hałasem.
 * Z. Klukowski (IX 1943) - Miasto wzięło w swe ręce SS i chce je konieczne w szybkim  tempie zniemczyć. Przerażająca jest jest liczba Niemców, zwłaszcza cywilnych. Na ulicach pełno typowych Niemek i dzieci ze sfastyką. Wszędzie widać niemieckie sklepy, niemieckie szyldy i słychać niemiecki język. I wszystko to na tle zawsze pięknego rynku zamojskiego, który trochę poszarzał  i posmutniał.
 * Dla rozrywki mieszkających tu Niemców organizowano występy artystyczne, jak np. Gastspiel der italianischer Opersanger, Grosse kabaret revie Mensch urgere dich Nicht (1941), Deutsches Lachtspieltheather – Heitere kunst, Pieśni ludowe, Rewia – tylko raz w roku kwitnie maj, Hitlerjugend - śpiew taniec gimnastyka (1942), Operetka Kunstlerspiele (1943).