W trzykondygnacyjnych podziemiach kościoła franciszkanów chowano nie tylko zakonników, także niektórych profesorów, znaczniejsze osoby świeckie, darczyńców. Mieli tu swoje wykute w kamieniu nagrobki biskup chełmski Mikołaj Wyżycki (zm. 1705) i dowódca husarzy Paweł Słotowski (zm. 1653). Ukrywała w nich też w trudnych czasach swoje kosztowności okoliczna szlachta. W 1817 z krypt usunięto szczątki ludzkie, lochy kościoła czyszczono też kilka lat później.
W 1821 i 1827 natrafiono tam na skarby (osobne hasło). Później trzymano tam m.in. kapustę dla wojska. Na pocz. l. 20. z podziemi miało nigdy nie wrócić 2 robotników (szukali skarbu), trzeci później wyszedł Rotundą. To połączenie potwierdza relacja z 1918 ówcześnie mających 10-12 lat chłopców (m.in. Wąsik, Łyp, Mróz), którzy po całym dniu mieli wyjść w Rotundzie. Mówiono także o przejściu do figury św. Piątka. 21 IV 1935 udostępniono do zwiedzania pełne tajemniczych zakamarków podziemnych krypty kościoła o.o. franciszkanów (wstęp 20 i 10 gr, org. Oddział PTTK), a M. Pieszko z harcerzami organizował w 1937 wyprawę do III kondygnacji podziemi (zaniechano, gdy z braku powietrza pogasły świeczki). W podziemiach kościoła znajdować się miało podobno wejście do tunelu prowadzącego do Łabuniek.
Niemcy wydobyli z lochów 130 czaszek, a uczniowie podczas adaptacji podziemi na pracownie (pocz. l. 50.) znaleźli - zamurowane z powrotem - szczątki ludzkie. W 1971 adaptowano je na warsztaty. Są 3 kondygnacje sklepionych pomieszczeń: I - pod całym kościołem (27), II - pod nawą północną (7) i w narożu płd.-wsch. (nad d. zakrystią), III - w tym samym narożu (2), także studnia (jeszcze do 1948 z wodą). Współcześnie w najwyższej kondygnacji mieściło się 6 pracowni snycerskich, od strony północnej kotłownia (ze starymi, żelaznymi drzwiczkami). Właz z  II do III poziomu prowadzi na korytarz a z niego do piwnic już pod sąsiednim placem. Podziemia mają 4 i 2,5 m wysokości i układ murom kościoła 
Obok, już pod Pl. Wolności dużo czaszek znaleziono w III 1937, a w 1966 trzy warstwy szkieletów z dawnego cmentarza klasztornego (pogrzebane na Rotundzie w nieoznakowanym grobie). W 1972 trafiono na zamurowaną skrzynię z dokumentami kasowymi KKO w Cieszynie (mogły być ukryte na pocz. ostatniej wojny). Po renowacji kościoła w 2022 w dwupoziomowych kryptach powstała ekspozycja Tradycja pochówkowa doby barokowej.

 * Podczas prac remontowych uczniowie oczyszczali krypty w drugiej kondygnacji. Żeby się tam dostać ześlizgiwali się szybami wentylacyjnymi. W piwnicy widać było ślady wielokrotnego plądrowania. Szczątki ludzkie przemieszane były ze śmieciami, fragmentami broni, bagnetami, zamkami do karabinów itp. Wszystko przeniesiono do środkowej dużej sali, wysokiej na dwa podziemne piętra, rozsypano po całej powierzchni i ułożono posadzkę. Poziom podłogi podniósł się o jakieś pół metra. (K. Czubara, "Tygodnik Zamojski"  1994)
 * Kościół stanął w miejscu oznaczonej na planie Brauna Gildii kupieckiej i prof. Zin w jednej z trudnych do przyjęcia gawęd, że kościół wybudowano na jej piwnicach, w których miano by składować towary (m.in. mięsiwa, bo było w nich chłodniej).