Kilka dni po wybuchu powstania, 28 I komisarz na Lubelszczyznę Leon Frankowski przekazał naczelnikowi na pow. zamojski Feliksowi Piaseckiemu instrukcję opanowania twierdzy. Powstańcy pokazali się po murami, ale do ataku nie doszło. Wśród załogi spisek próbował zorganizować powiązany z powstańcami ros. oficer Iwan Mecheda (kilka dni później zginął). Silnie obsadzona przez garnizon rosyjski (d-cy - gen. Andrzej Hartung, potem Filip Kannabich) Zamość nie został zdobyty, nie miał także wpływu na przebieg wojny.
Rosjanie w największy popłoch wpadli, gdy  4 IX 1863 w kierunku Zamościa posuwał się mający wg nich liczyć 12 tys. oddział „Lelewela” Borelowskiego i byli pewni, że uderzy na twierdzę, a wskazać im miał jak to zrobić, uciekły z niej razbojnik chrancoz Wroński. Przez 3 dni i noce panował alarm, wycięto drzewa, pozwierane były mosty, potrojone straży przy więźniach
W samej twierdzy istniała już wcześniej sieć konspiracyjna (gromadzono broń, pieniądze, odzież, werbowano ochotników, kradziono wojsku amunicję, kolportowano nielegalne czasopisma itp). Powstały komitety opiekuńcze kobiet przy szpitalach powstańczych. W Zamościu na czele tego rodzaju działalności stała, aktywna w organizacji narodowej, Karolina Racewicz. Najaktywniejszym działaczem sprzysiężenia był wikariusz kolegiacki ks. Kazimierz Wójcicki - naczelnik Zamościa, dużą rolę odegrali też - Karol Kłossowski (osobne hasło), lekarz Dąbrowski, i Żyd Szaja Margules. Po aresztowaniach (1862) organizacja spiskowa uległa rozproszeniu. Ks. Feliks Kulesza wikary kolegiacki przetrzymywał w mieszkaniu w czasie powstańczych ruchów w kraju obcych ludzi, którzy nie mieli paszportu.
Obok wspierającej powstanie Rady Powiatowej Opiekuńczej z księżmi zamojskimi Walentym Wojtasiewiczem, Marcinem Stefańskim i Mikołajem Lenkiewiczem powstały komitety opiekuńcze przy obu zamojskich szpitalach (d. Rady Opiekuńcze, z zasłużonymi dla nich Aleksandrem Racewiczem, Leonem Maleszewskim, Janem Kłopotowskim i Szają Margulesem.
Dobrze do powstania ustosunkowani byli Żydzi. Ich powstańczym naczelnikiem powiatu był Józef Morgensztern (syn kupca), Perec wymienia go, jako polskiego naczelnika powiatu, który słał do lasu chleb i odzież, a czasami to nawet nieco amunicji skradzionej cekhauzu. Bajrach Harc dostarczył powstańcom 500 kożuszków, inni zamojscy Żydzi szable (Jakub Hechtkopf), ołów (Abraham Safian), proch (Wold Szloma). Z powodu zbrojnego powstania przeciw despotycznemu rządowi moskiewskiemu nie mogła - jak zapisał jej sekretarz 20 IV - obradować kapituła kolegiacka. 
Powstańcy brali jeszcze pod uwagę szturm twierdzy. Podczas przedłużającego się stanu wojennego w mieście ściągano kontrybucje, rekwirowano lokale dla wojska. W I 1864 pojawili się pod Zamościem powstańcy, budząc popłoch rosyjskiej załogi (komendant telegrafował, że twierdza jest otoczona skupiskiem powstańców, a przy napadzie nie można liczyć na mieszkańców Zamościa). Niewielki oddziałek walczył w okolicach Zamościa jeszcze w V 1864.
W Zamościu przy szpitalu z rannymi powstańcami powstał opiekuńczy komitet kobiet. Do końca byli w powstaniu mieszczanie zamojscy: Piotr Klimkiewicz, Szymon Radziszewski, Jan Józef Lewicki, Ignacy Cukier (ur. 1845 Zamość, szkoła w Hrubieszowie. uczestniczył w kilku bitwach). Polegli Ignacy Pleszyński (służył pod Lelewelem), Teofil Niklewicz, Antoni Niklewicz (1841-1863, ur. w Zamościu, s. Józefa). W organizacji powstania uczestniczyli ur. w Zamościu Ignacy Ettinger (1831), Józef Tscharner (1840) oraz Jakub Walda (1842), Julian Konarski (1845). Osobne hasło: Weterani 1863.
W II 1864 na mieszkańców nałożono kontrybucję (3879 rs). Na pocz. IV 1864 dwóch nieznanych z nazwiska czł. żandarmerii narodowej zabiło za zdradę i donosicielstwo Mateusza Kasprzaka rzemieślnika z Przedm. Lubelskiego (z żoną i synem).

 * Namiestnik Berg do Milutina o twierdzy: Garnizon tam słaby i złożony z niewyszkolonych oficerów i żołnierzy. Cała ludność Zamościa i przedmieść należy do konspiracji. Dowódca nie wzbudza zaufania. Powstańcy chcą zdobyć jakiś punkt, usadzić się tam mocno i utworzyć zalążek rządu.
 * Gdy IX Lelewel posuwał się od granicy galicyjskiej w kierunku północno-wschodnim, wprost na Zamość, Moskale w Zamościu byli w największym strachu. W swej  trwodze mówili, że miateżnik  Lelewel idzie we 12.000 żołnierza, i ma przy sobie Francuzów, których – podług ich zdania – miał sprowadzić na zdobycie Zamościa Wroński ów, co uciekł z ogrodu inżynierskiego. Powiadali o nim „Wot razbojnik chrancoz, ujszoł i skażet drugim chrancuzam, kakim obrazom wziat’ Zamość”. Byli pewni, że Lelewel uderzy na twierdzę.
Przez  trzy dni cała załoga była na nogach dzień i noc pod bronią, oficerowie na wałach z lunetami ręku. Kazano wyciąć wszystkie drzewa na strzał armatni od twierdzy. Mosty na noc były pozwierane. Były to trzy sądne dnie. Co chwila – szczególnie w nocy, słychać było strzały fotpocztowe, a za każdym strzałem kanonierzy biegli do dział z lontami i walili na ślepo, rozświecając okolicę rakietami. Przy więzieniach potrojono straże. ("Gazeta Narodowa" z 18 X 1863)
 * Jedna z bardziej znanych uczestniczek powstania Anna Pustowójtówna miała w 1861 organizować manifestacje  patriotyczne  i wygłaszać płomienne przemówienia, obok Lublina, Żytomierza, także w Zamościu
 * Wyznaczony od dwóch miesięcy nowy komendant twierdzy, nie ruszał się ze stolicy, gdyż musiałby jechać z eskortą całej dywizji dla bezpieczeństwa ("Gazeta Narodowa" 18 X 1863).
 * I.L. Perec - Jesteśmy gorącymi polskimi patriotami! Ileż to czasu minęło odkąd zmawialiśmy psalmy, modląc się o zwycięstwo drugiego postania?!
 * Pierwszy raz uczczono pamięć powstania 22 I 1916 w kolegiacie udekorowanej skrzyżowanymi sztandarami z białym orłem. smrekowymi wieńcami i napisem Cześć Bojownikom o wolność Narodu. R. 1863/4, z udziałem Namysłowiaków. Po nabożeństwie  celebrowanym przez ks. Jędrzejewskiego potężny tłum mimo słoty i błota  przeszedł na groby bohaterów 63 na cmentarzu. Hołd powstańcom oddała pierwszy raz ziemia wolna od moskiewskiej przemocyTam przemówił oficer Legionów Makuch. Później odbyło się  zgromadzenie w koszarach (duża sala dawnych koszar kawalerii polskiej z 1825?). Przemówił włościanin Łazarczyk, amatorzy odegrano X pawilon, następnie produkcje wokalno-muzyczne. Następnego dnia w niedzielę odbył się jeszcze uroczysty wieczór pieśni i poezji, zakończony sztuką patriotyczną i żywym obrazem. Zebrano też fundusz na weteranów 63 r. Uroczystościom przewodniczył dr Porębski.
 * Powstaniec z Zamościa Teofil Niklewicz zabity został w potyczce z Kozakami pod Józefowem. Dowódca oddziału Kozaków wysłał dwóch z nich do Zamościa przez wzburzoną powstaniem okolicę aby poinformowali matkę Teofila o jego śmierci i miejsca jego zwłok. Pani Niklewiczowa pojechała tam bryczką i pochowała syna. On miał twarz tak pociętą szablami że go tylko rozpoznała po butach i po koszuli, którą mu sama uszyła.
 * 22 I 2013 czterech zamojskich historyków z dr Danelem i dr Feduszką na czele wydali oświadczenie przywołujące pamięć zamojskich uczestników powstania i oddające im hołd (odczytane podczas sesji RM).
 * NAJJAŚNIEJSZY PANIE!
Aczkolwiek nie mieliśmy udziału w ogólnych zaburzeniach kraju, patrząc atoli na nieszczęścia, jakiemi podobało się Najwyższemu dotknąć ogół, i nam należy podnieść swój głos do Boga i CIEBIE MONARCHO. Bez wątpienia NAJJAŚNIEJSZY PANIE! sam pragniesz szczęścia Twych ludów, ja to nieraz w Najwyższych Manifestach  objawić raczyłeś. Jeżeli zatem wśród ogólnego prądu, pamięcią na przeszłość narodową spowodowanego, wynikły czyny zakrwawiające TWE MONARCHO  Ojcowskie Serce – racz przebaczyć i pozwól mieć ufność nadal, że szczęście kraju ziści się pod TWĄ NAJJAŚNIEJSZY PANIE łaskawą opieką. WASZEJ CESARSKIEJ MOŚCI wierni poddani”
Miasto i twierdza Zamość, w powiecie Zamojskim, guberni Lubelskiej, dnia 28 stycznia (9 lutego) 1864 r. („Dziennik Powszechny" 1864 nr 76)