W IV 1947 w otwarto Muzeum Rotundy (w celach usunięto drzwi obite blachą, umieszczono symboliczne mogiły, pomniki, tablice, epitafia). Budowlę zwieńczył betonowy krzyż (8 m). Pracami kierował społeczny Komitet Rotundy (przew. Jan Ogórkiewicz). 8 IX 1948 otwarto stałą ekspozycję. W 1966-67 przeprowadzone zostały gruntowne prace porządkowo-konserwatorskie (proj. Lucjan Ocias, Marian Świst), uroczyste otwarcie 15 X 1967. Oznaczono miejsca egzekucji (osobne hasło, niżej ruiny celi), palenia zwłok (tablica W tym miejscu zbrodniarze hitlerowscy masowo spalili na stosie zwłoki pomordowanych...), zsypywania prochów pod fosą. Zachowano drewnianą bramę z oryg. niemieckim napisem. 
13 cel ma charakter mauzoleów poszczególnym grup społecznych, lub zawodowych z pomnikami i symbolicznymi grobami, w 5-ciu celach ekspozycja muzealna.
I - Ruiny celi. Tablica (...tu dokonywano masowych rozstrzeliwań i egzekucji), krzyż brzozowy (Katyń), zasieki z oryg. drutu kolczastego. (II - Cela służy jako magazyn gospod.).
III - Cela Wołyniaków (otwarta w 30 V 1992). Sarkofag (Zmarłym tragicznie Polakom na Wołyniu 1939-43), urna (Ziemia przesiąknięta krwią 68.700 Polaków), herby miast Wołynia, tablice z kilkoma tysiącami nazwisk pomordowanych.
IV - Cela Więźniów Politycznych (d. Powstańców Warszawy). Granitowa płyta (poległym i pomordowanym ofiarom terroru komunistycznego na Zamojszczyźnie w latach 1939-89), w ścianach cegiełki z nazwiskami, obok syrena warszawska.
V - Cela Prawników i Sędziów. Krzyż z cierniową koroną (na cokole), sgraffito - więzień i więźniarka.
VI - Cela Sybiraków (d. Nieznanego Więźnia Politycznego). Symboliczna mogiła, od 1992 ze znakiem Związku Sybiraków, tablice z miejscowościami deportacji (1940-41) i zsyłek żołnierzy AK i BCh (1944-56).
VII - Cela Stowarzyszenia Kupców Polskich. Drewniany krzyż z 12 nazwiskami, w kracie znak SKP.
VIII - Cela Harcerzy (osobne hasło).
IX - Cela Więźniów Majdanka. Kamienny pomnik - graniastosłup z krzyżem, tablice i epitafia pomordowanych, w kracie żelazne orły.
X - Cela - kaplica. Ołtarz z surowej cegły i drewniany krzyż, tablice i epitafia.
XI - Cela Więźniów Oświęcimia. Analogiczna do celi Majdanka, tablice i epitafia pomordowanych (m.in. 11 nazwisk zamordowanych 25 XI 1942), w kracie korona cierniowa.
XII - Cela Pocztowców. Tablica (symboliczny grobowiec ku czci zamordowanych ... kolegów pocztowców) z 12 nazwiskami, w kracie znak poczty, Celę poświęcono 27 IV 1947.
XIII - Cela Nauczycieli. Pomnik z 90 nazwiskami nauczycieli z 4 powiatów, epitafia, w kracie cierniowa korona.
XIV - Cela Partyzantów. Cokół z orłem od 1947 (Ku czci poległych b. Partyzantów... Ziemi Zamojskiej - Związek uczestników Walki Zbrojnej o Niepodległość i Demokrację w Zamościu), 2 kamienne postacie żołnierzy, tablice (od 1998 upamiętniająca walki BCh) i epitafia.
XV - Cela Spółdzielców. Pomnik (Pamięci Pracowników Spółdzielczych zamordowanych przez okupanta) ufundowany w 1947 przez Związek Zawodowy Prac. Spółdzielczości Oddział Zamość.
W celach XVI - XX znajduje się otwarta 15 X 1967 ekspozycja obrazująca martyrologię Zamościa i Zamojszczyzny (obok zdjęć, afiszów, m.in. znalezione tu kajdany, pejcze, beczka po smole). W murze Rotundy w 1945-47 umieszczono 175 kamiennych cegiełek z nazwiskami ofiar.


 * Program pierwszego Oratorium "ROTUMDY" 5 XI 1944 w Zamościu. 1. Nikorowicz - Ujejski "Z dymem pożarów" - chór i Orkiestra, 2. Przemówienie - prof. S. Miler, 3. "Rotunda" (prof. S. Milera) - S. Płocharz, 4. Szopen "Preludium C-mol" - Orkiestra, 5. Nie zapomnimy (prof. S. Milera) - A. Kormańska, 6. Szopen "Marsz żałobny" - Orkiestra, 7. Prolog, Spełniło się! Epilog - wygłosi autor J. Ogórkiewicz, 8. Wysiedlenie ("Ausrotten" prof. S. Milera) - W. Junik, 9. Konopnicka - Nowowiejski "Rota" - Chór z Orkiestrą.
Chór Stow. Miłośników Sztki pod dyr. K. Tchórzewskiego, Orkiestra Stow. Miłośników Sztuki pod dyr. W. Splewińskiego, fortepian H. Burzyński.
 * Ze sprawozdania muzealnego - wystawa otwarta w 1948 obejmowała przedmioty dotyczące martyrologii Ziemi Zamojskiej w czasie okupacji. 1100 przedmiotów obrazuje straszne warunki życia i pracy więźniów, prasę podziemną, prasę gadzinową, zarządzenia okupanta, afisze, wykazy straconych itp.

  * W 1968 Rotunda znalazła się wśród 5 znaczków serii "Pomniki Walki i Męczeństwa", obok Grobu Nieznanego Żołnierza w Warszawie, pomników w Poznaniu, Kartuzach i Polichnie. Na Ogólnop. Przeglądzie plakatu Muzealnego i Ochrony Zabytków w 1969 wyróżnienie otrzymał plakat "Rotunda w Zamościu 1940-1944. Pomnik Walki i Męczeństwa Zamojszczyzny" (autor Lucjan Ocias).
 * Nazwiska z cegiełek w Celi Więźniów Politycznych: 1944 - Szczur Antoni ps. Ton, Prus Stanisław ps. Adam, Jasiński Edward ps. Pyć, Kasprzak Henryk ps. Eryk, Kapłon Henryk ps. Żuraw, Bakuniak Wacław ps. Beczka; 1945 - Mijalski Marian ps. Maf, Lew Witold ps. Wit, Sarzyński Wojciech ps. Żbik, Kuncewicz Zygmunt ps. Podkówka; 1946 - Dziadosz Edward ps. Ponury; 1947 - Szczur Roman ps Urszula, Adamczuk Franciszek ps. Mars; 1948 - Jasiński Józef ps. Grom, Załęski Lucjan ps. Sęk, Szustakiewicz Roman ps. Żuraw; 1949 - Gmys Katarzyna; 1950 - Smaczała Piotr ps. Stary, Sobieraj Stanisław ps. As, Wołoszyn Czesław ps. Klon, Żarnecki Stanisław ps. Kasztanek; 1952 - Bizior Stanisław ps. Eam, Pilarski Marian ps. Jar, Węcławik Franciszek ps. Boa, Kalinowski Paweł ps. Francuz, Szewczuk Mieczysław; 1953 - Klukowski Tadeusz ps. Krzysiek; 1956 - Altmajer Adam ps. Burian.
 * Zbigniew Strzałkowski Nekropolis ("Tyg. Zamojski", 1981)
Oto aleja żałobnej zadumy - czarne tuje na warcie,
brzozy szpalerem zakonnym nucą psalm miłosierny.
Fiolet i podzwonne wokoło.
Rotunda.
Rotunda - obręcz śmierci
wciśnięta cynicznie wokół szui samotnego miasta.
Rotunda - czarny ołtarz napowietrzny
Głęboko wbity w pamięć miasta. (10-15, 57-58)
* Zygmunt Falatycki "Rotunda" ("Kamena" 1956)
Zakratowana jesień / jesień czerwona / w oknie, /nad przełęczą życia / czarna śmierć / przy grobie zakrzepła krew / cementu / - ja nie chciałem / umierać.
Pyłem światła / zostałem, / mój ostatni testament / wydrapany na cegle, / mój rozstrzelany oddech / niedomówiony sekret / jak kamień.
Nocą śpiewają krzyże / krzyże nad kołyską, / dzwon z Kolegiaty / białą dłonią / matki /kwiaty / kładzie /na wieczną przystań.
Bezimiennym krzykiem / dnia czekam, / czekam / w oślepłej celi, / śmierć ciemniejsza / od nocy... / - Nie strzelaj - / nie strzelaj do / człowieka.