Pierwsi scholarzy przybyli w 1595 z Lublina, Bełza, Chełma, Przemyśla, Lwowa i Trembowli, głównie stanu szlacheckiego. Wśród ok. 80 nazwisk znalazło się 4 braci Wierzbickich. Wbrew oczekiwaniom szybko jednak zmalała liczba szlachty (w 1609 tylko 5% wstępujących, przejściowo nawet do 2% w 1611-13), zwykle jednak było jej nie więcej niż 20%. Dominowali plebejusze, dla których otwierała się szansa na intratne posady notariatów, czy prebend. Wiedzę zdobywali tu Zamoyscy (na przestrzeni XVI i XVII w. 23-ch) i przedstawiciele innych znanych rodów, jak Łaszczowie, Ostrogscy, Żółkiewscy, Oleśniccy, Puzynowie, Kisielowie, Wiśniowieccy, Czetwertyńscy, Światopełkowie.
Młodzież mieszczańska przybywała tu głównie z ziem południowo-wschodnich (czerwonoruskie, wołyńskie, podolskie, kijowskie), w tym czasie już nawet z diecezji krakowskiej, Mazowsza i Wielkopolski, a z biegiem lat także z Węgier, Siedmiogrodu, Śląska, oraz Prus, Kujaw i Warmii (ok. 140), wśród nich wielu, zwłaszcza miejscowych Anglików, Szkotów (także nie katolicy!), a nawet studenci z Czech (6), Niemiec (5), Francji (3, m.in. 1621 i 1629), po 2 z Hiszpanii (1617) i Włoch (1621 i 1626), po 1 z Danii (1654) i Rumunii. Byli studenci m.in. Wilna, Moguncji, Paryża Pragi, Rygi, Trnawy, Braszowa. Studenci grupować mieli się w 5 nacjach: polskiej, litewskiej, ruskiej, prusko-inflanckiej i cudzoziemskiej. W ciągu pierwszych 50 lat do Akademii wstępowało średnio ok. 80 osób rocznie, w 1635-46 nawet 118-120, w 2 poł. XVII w. ok. 50, potem jeszcze mniej.
Młodym szlachcicom towarzyszyli tzw. korypetytorowie (zwykle ubożsi, na prawach studenta). Młodzież szlachecka była niesforna, o szerokiej naturze, skora do awantur (m.in. zamordowanie profesora 1610, rozruchy antyżydowskie 1598 i 1670, przepisy policyjne dla studentów zakazujące pijaństwa, nieprzystojnych zabaw itp. (1623). Ubodzy studenci zajmowali się różnymi płatnymi pracami (np. sprzątanie, zwózka). W późniejszym okresie profesorowie wybierali często spośród studentów zastępców (substytutów), którzy z czasem awansowali na wakujące katedry.
W okresie największego upadku na ogół wstępowano do Akademii jedynie dla gruntownej edukacji początkowej, przebywając tu zazwyczaj 5-7 lat. W 1730-45 zapisywano średnio ok. 30 nazwisk rocznie (było w tym okresie szereg lat, w których brak było zapisów). Sytuacja poprawiła się w 2 poł. XVIII w. W 1756 kształciło się tu 170 scholarów, w 1760 - 183, 1768 - 157, lecz właściwych studentów - słuchaczy katedr wyższych było odpowiednio 6, 18 i 42 (najwięcej teologii). W 1779 było 23 studentów teologii i prawa (większość na obu jednocześnie, a jeden dodatkowo jeszcze na medycynie), 20 teologii i 3 medycyny, wszyscy w wieku 21-29 lat. Najmłodsi wówczas uczniowie poszczególnych klas niższych mieli po 8 (ortografia), 10 (gramatyka), 11 (poetyka), 13 lat (retoryka), a na wprowadzonym wtedy oddziale elementarnym uczył się 6-letni chłopek (we wszystkich tych klasach byli jednocześnie młodzieńcy 20-letni). Uczniami najniższych klas byli w większości (nawet 80%) synowie zamojskich mieszczan. W 1781 pobierało tu nauki aż 434 uczniów i studentów.
W Akademii kształcili się m.in. Kajetan Koźmian (1771-1856) - poeta, krytyk i publicysta, przywódca "Klasyków", który opisał swój pobyt w Akademii, Ewaryst Kuropatnicki, Wojciech Męciński, Leonard Olizar, Kasjan Sakowicz - pisarze historyczni, religijni i polityczni, znane postacie polityczne swojego czasu, jak Antoni Jabłonowski - kasztelan krakowski, Mikołaj Potocki - hetman koronny, Jakub Sobieski - ojciec króla Jana III, Mateusz Dubiecki, Józef Koźmian - senatorowie, znani z "Trylogii" Adam i Mikołaj Kisielowie - wojewodowie, Mikołaj Ostroróg - podczaszy koronny, Jan i Franciszek Węgleńscy - ministrowie Królestwa Kongresowego, Jan Korsak - metropolita unicki, Sylwester Kossów (zm. 1657) - prawosławny metropolita kijowski, bp Andrzej Albinowski i wielu biskupów, wojewodów. W opublikowanym (1994) "Albumie" studentów figuruje też 23 Zamoyskich z ordynackiej i bocznych linii.

 * Najmłodszy student Akademii. W 1678 Adrian Krobski do albumu studentów zapisał swojego ... dwuletniego syna Wojciecha, który zresztą trzy lata później zmarł.
 * Przepisy dotyczące studentów z 1623 - Żaden student nie ma prawa rzeczy własnych ani cudzych sprzedawać komukolwiek bez upoważnienia swego mistrza (tj. profesora), inspektora (korypetytora), rodziców, gospodarza (u którego mieszka) lub opiekunów. W razie przekroczenia tego przepisu kupujący naraża się na stratę wyłożonych pieniędzy.
Szynkarz, u którego zastano by jakąkolwiek osobę, do akademii należącą, na pijaństwie lub - nieprzystojnych zabawach, winien uiścić Akademii karę pieniążną w ilości czterech grzywien (wówczas 6 zł 12 gr). Za trzecim razem grozi mu zamknięcie szynku.
Przepis powyższy stosuje się i do tych szynkarzy, którzy by osobom pomienionym, w zimie po 4-tej w nocy, a w lecie po godzinie 2-giej  w nocy trunków gorących dostarczali.
 * W czasie przebudowy dachu Akademii transport gontów podwodami z Krasnobrodu do Zamościa organizował w 1734 na prośbę kwestora jeden ze studentów Akademii.
 * Jak podał "IKC" z 16 III 1935 w gimnazjum zamojskim odżył "ceremoniał dawnych żaków - otrzęsiny" (współautorami byli J. Hübner i K. Bork)