26 VIII 1720 w cerkwi bazyliańskiej zainaugurowano obrady głośnego synodu prowincji ruskiej kościoła unickiego. Odbył się z polecenia papieża Klemensa XI, z uwagi na epidemię nie we Lwowie, jak ustalono, lecz na zaproszenie ordynata w Zamościu. Synodowi przewodniczyli: nuncjusz apostolski w Polsce abp Hieronim Grimaldi i metropolita kijowski Leon Kiszka. Do Zamościa przybyli jeszcze dwaj inni arcybiskupi (połocki i smoleński), egzarcha całej Rusi (odpowiednik metropolity), 5 biskupów (4 unickich i ormiański), generał zakonu bazylianów, 8 archimadrytów (opaci), księża dziekani 10 diecezji, duchowni parafialni, zakonni, urzędnicy kościelni, goście, razem ponad 200 osób, nie licząc towarzyszącej służby. Takiego zgromadzenia nie oglądał Zamość w swych dziejach aż do 1999, tak samo w Polsce nie było nigdy większego zjazdu duchowieństwa unickiego.
Słynny synod przypieczętował zjednoczenie kościoła katolickiego i cerkwi unickiej. Znaczenie synodu zamojskiego porównywano z rolą soboru trydenckiego dla kościoła łacińskiego. Jak Lublin zasłynął unią polityczną, Zamość stał się symbolem unii kościelnej, ostatecznie łączącej na ziemiach polskich kościół zachodni i wschodni.
Obrady zakończyły się 17 IX, również w cerkwi, lecz posiedzenia odbywały się w znacznie większej Kolegiacie, w której pozostało malowidło na ścianie za chórem pod samym sklepieniem, z postaciami uczestników synodu mistrzowskim pędzlem z wielkim podobieństwem osób malowane (zniszczone ok. 1824). Ustawę synodu, nazywanego też "ugodą zamojską", zatwierdził papież Benedykt XIII, zebrane w 19 rozdziałach ukazały się drukiem w Rzymie jako Synodus Provincialis Ruthenorum habita in Civitate Zamosciae anno MDCCXX (1724, ss. 143 oraz 1838), ponadto w Wilnie (1777, 1785) i Fryburgu (1865).
25 III 1996 - 25 III 2001 odbył się "drugi" synod zamojski - pierwszy diecezjalny (osobne hasło).